More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3474 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_5916  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.66 
 
 
988 aa  833    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.564133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2450  sarcosine oxidase, alpha subunit  79.44 
 
 
968 aa  1587    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0353624  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1696  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  46.89 
 
 
963 aa  825    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2222  aminomethyltransferase  80.37 
 
 
968 aa  1592    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.282485  normal  0.38236 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3474  aminomethyltransferase  100 
 
 
965 aa  1974    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1349  aminomethyltransferase  44.8 
 
 
961 aa  786    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0486795  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0454  aminomethyltransferase  41.73 
 
 
961 aa  722    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.343433  normal  0.24512 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2102  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  81.74 
 
 
967 aa  1585    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2496  aminomethyltransferase  46.93 
 
 
977 aa  846    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1598  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  37.57 
 
 
1000 aa  617  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.898229  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3331  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  37.14 
 
 
999 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.967331 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5050  sarcosine oxidase, alpha subunit family  37.56 
 
 
1000 aa  601  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.268825 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4828  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  37.21 
 
 
1003 aa  600  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.527733  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5067  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  37.82 
 
 
1003 aa  601  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.844501  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0998  sarcosine oxidase, alpha subunit  36.95 
 
 
1002 aa  600  1e-170  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3506  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  37.08 
 
 
1003 aa  597  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4544  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  37.82 
 
 
1003 aa  598  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0325  sarcosine oxidase, alpha subunit family  38.14 
 
 
1004 aa  595  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.684006  normal  0.0259905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4882  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  37.9 
 
 
1005 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815421  normal  0.441482 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2115  sarcosine oxidase subunit alpha  35.55 
 
 
1000 aa  594  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71500  sarcosine oxidase alpha subunit  38.39 
 
 
1005 aa  595  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0347  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  38.14 
 
 
1004 aa  595  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.584295  normal  0.398352 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1103  sarcosine oxidase subunit alpha  37.61 
 
 
1003 aa  590  1e-167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0428535 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0048  sarcosine oxidase subunit alpha  36.74 
 
 
1028 aa  590  1e-167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.416697 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0348  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  38.1 
 
 
1004 aa  592  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.223565  normal  0.24512 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6206  sarcosine oxidase subunit alpha  38.3 
 
 
1005 aa  592  1e-167  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5130  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.96 
 
 
1003 aa  586  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564835  normal  0.907469 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2689  putative sarcosine oxidase, alpha subunit  36.48 
 
 
993 aa  587  1e-166  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1860  sarcosine oxidase, alpha subunit  36.81 
 
 
1002 aa  586  1e-166  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769627  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0488  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  36.79 
 
 
1003 aa  587  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1347  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.68 
 
 
993 aa  588  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0394007 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3218  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.79 
 
 
1003 aa  586  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.6611  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5149  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.79 
 
 
1003 aa  586  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.685714  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0393  putative sarcosine oxidase alpha subunit  36.9 
 
 
1002 aa  585  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1952  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  37.2 
 
 
1002 aa  585  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1874  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.23 
 
 
993 aa  579  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0231  sarcosine oxidase, alpha subunit  36.43 
 
 
999 aa  570  1e-161  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5205  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  36.77 
 
 
1005 aa  572  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0352677 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1000  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  37.26 
 
 
1019 aa  571  1e-161  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.99192  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2480  sarcosine oxidase, alpha subunit  35.4 
 
 
1007 aa  567  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4034  sarcosine oxidase, alpha subunit  35.4 
 
 
1007 aa  567  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0458  sarcosine oxidase, alpha subunit  36.87 
 
 
1006 aa  568  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4715  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  36.35 
 
 
1006 aa  568  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764897  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4129  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.86 
 
 
1005 aa  568  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2758  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.83 
 
 
1010 aa  563  1.0000000000000001e-159  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4048  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.68 
 
 
1005 aa  563  1.0000000000000001e-159  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.802614 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0593  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.22 
 
 
997 aa  553  1e-156  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.967493  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0303  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.05 
 
 
999 aa  553  1e-156  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3287  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.94 
 
 
987 aa  545  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0943  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.45 
 
 
974 aa  539  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535106  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0515  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.9 
 
 
977 aa  538  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2186  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.54 
 
 
1009 aa  535  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8586  sarcosine oxidase, alpha subunit family  36.87 
 
 
999 aa  528  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.523076  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3658  sarcosine oxidase, alpha subunit family  34.51 
 
 
997 aa  521  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.259851  normal  0.147827 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0971  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.23 
 
 
1011 aa  520  1e-146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5744  sarcosine oxidase alpha subunit  35.67 
 
 
987 aa  514  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100825  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0994  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  37.13 
 
 
998 aa  509  1e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2485  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.13 
 
 
995 aa  509  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.269886  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0892  sarcosine oxidase, alpha subunit, truncation  35.69 
 
 
889 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3356  sarcosine oxidase, alpha subunit family  34.14 
 
 
997 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3377  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  34.06 
 
 
984 aa  504  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.958217 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2145  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  34.2 
 
 
981 aa  503  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3993  sarcosine oxidase, alpha subunit family  35.45 
 
 
995 aa  500  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3738  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.59 
 
 
995 aa  501  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.161816  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1947  sarcosine oxidase, alpha subunit  36.14 
 
 
992 aa  500  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.861688 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7231  sarcosine oxidase, alpha subunit family  35.15 
 
 
985 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118066  normal  0.098262 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3777  sarcosine oxidase alpha subunit  33.2 
 
 
997 aa  498  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152645  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1143  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.95 
 
 
987 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.983501 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4033  sarcosine oxidase, alpha subunit family  35.39 
 
 
995 aa  499  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.319981  normal  0.145852 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2750  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  34.51 
 
 
997 aa  496  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3391  sarcosine oxidase, alpha subunit family  35.23 
 
 
995 aa  497  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782992  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0867  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.81 
 
 
1003 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1934  sarcosine oxidase, alpha subunit family  33.99 
 
 
1008 aa  475  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.857913  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3447  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  33.17 
 
 
976 aa  475  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.54882 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1652  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  33.73 
 
 
1009 aa  474  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.90362 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5633  sarcosine oxidase, alpha subunit family  35.81 
 
 
984 aa  472  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4907  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  34.93 
 
 
976 aa  467  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.232501 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2638  sarcosine oxidase, alpha subunit family  34.93 
 
 
984 aa  463  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1579  sarcosine oxidase, alpha subunit family  33.5 
 
 
1009 aa  464  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4702  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.76 
 
 
989 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.272798  normal  0.7148 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2364  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  34.56 
 
 
984 aa  461  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.442559  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2264  putative sarcosine oxidase  33.4 
 
 
980 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.710125 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3702  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  34.51 
 
 
984 aa  448  1.0000000000000001e-124  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3858  sarcosine oxidase alpha subunit  35.59 
 
 
937 aa  434  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0454194  normal  0.0206575 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2881  sarcosine oxidase, alpha subunit family  36.02 
 
 
955 aa  428  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3593  sarcosine oxidase, alpha subunit family  34.12 
 
 
980 aa  420  1e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18830  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  33.47 
 
 
925 aa  414  1e-114  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3618  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.28 
 
 
767 aa  375  1e-102  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.21581  normal  0.0424125 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0224  sarcosine oxidase alpha subunit  33.52 
 
 
909 aa  277  6e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4740  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.71 
 
 
857 aa  191  4e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.38185  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  31.81 
 
 
357 aa  186  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0713  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.63 
 
 
364 aa  184  1e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0737  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.1 
 
 
364 aa  182  2e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0470  aminomethyltransferase  31.59 
 
 
440 aa  175  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000173433  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0767  glycine cleavage system T protein  31.59 
 
 
442 aa  175  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1245  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  33.78 
 
 
360 aa  172  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  33.51 
 
 
360 aa  170  1e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.398044  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2714  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  33.24 
 
 
360 aa  169  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  31.13 
 
 
371 aa  168  5e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  33.33 
 
 
360 aa  166  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.167801 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>