More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1953 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 268 aa  554  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  51.31 
 
 		 270 aa  282  5.000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  58.56 
 
 		 222 aa  274  9e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 		 284 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 284 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2034  AraC family transcriptional regulator  53.01 
 
 		 265 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2169  AraC family transcriptional regulator  53.01 
 
 		 265 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.841955  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00496  predicted DNA-binding transcriptional regulator  51.81 
 
 		 265 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.361475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00501  hypothetical protein  51.81 
 
 		 265 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3225  transcriptional regulator, AraC family  51.81 
 
 		 265 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778963  hitchhiker  0.00123276 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  36.92 
 
 		 285 aa  89.7  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  39.66 
 
 		 288 aa  87.8  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  26.42 
 
 		 259 aa  87  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1460  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  27.05 
 
 		 259 aa  85.1  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.133338  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 252 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  34.62 
 
 		 274 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3135  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06341  hypothetical protein  26.17 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0872  helix-turn-helix domain-containing protein  27.03 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  38.66 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  38.66 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  38.66 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 262 aa  79  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 262 aa  79  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 252 aa  79  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 252 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  35.64 
 
 		 252 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 252 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 252 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.03 
 
 		 274 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.03 
 
 		 274 aa  77.4  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.03 
 
 		 274 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.65 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.65 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.65 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  33.65 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  35.64 
 
 		 252 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3400  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.558312  normal  0.252097 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  34.41 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  31.01 
 
 		 242 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 242 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  31.01 
 
 		 242 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  31.01 
 
 		 242 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200734 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  31.01 
 
 		 242 aa  71.2  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  31.01 
 
 		 242 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 242 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  31.01 
 
 		 242 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  32.77 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  32.06 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  32.06 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  32.06 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  32.06 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  32.06 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  32.06 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  32.06 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  32.06 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  32.35 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  32.35 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  32.35 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0595  AraC/XylS family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 262 aa  68.9  0.00000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  32.35 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  32.35 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 253 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  30.93 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  30.93 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  30.93 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  30.93 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  30.93 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0986  transcriptional regulator, AraC family  37.27 
 
 		 279 aa  63.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.949887  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  30.93 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  30.93 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 249 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1918  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 259 aa  63.5  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0612288 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  33.33 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  33.33 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  33.33 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  33.33 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  28.87 
 
 		 276 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  28.87 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1247  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 269 aa  62  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  31.96 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  31.96 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  31.96 
 
 		 309 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  31.96 
 
 		 309 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  31.96 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0654  HTH-type regulatory protein, AraC family  24.78 
 
 		 265 aa  61.2  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>