More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1724 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  79.81 
 
 		 565 aa  855    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  79.81 
 
 		 515 aa  857    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 515 aa  1050    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  81.75 
 
 		 515 aa  874    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  46.32 
 
 		 517 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  46.44 
 
 		 517 aa  458  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  45.75 
 
 		 534 aa  457  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  45.84 
 
 		 516 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  46.8 
 
 		 532 aa  442  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  46.32 
 
 		 517 aa  441  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  44.98 
 
 		 518 aa  426  1e-118  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  38.36 
 
 		 517 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  38.36 
 
 		 517 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  38.05 
 
 		 517 aa  347  4e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  36.85 
 
 		 518 aa  338  9.999999999999999e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  37.74 
 
 		 517 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 		 519 aa  333  5e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 526 aa  326  6e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  36.12 
 
 		 531 aa  323  3e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  36.5 
 
 		 523 aa  320  5e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  37.86 
 
 		 516 aa  319  7e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  36.5 
 
 		 509 aa  319  7.999999999999999e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 505 aa  318  2e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  36 
 
 		 519 aa  317  3e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  35.37 
 
 		 532 aa  316  8e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  35.43 
 
 		 518 aa  312  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.1 
 
 		 524 aa  310  5.9999999999999995e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  37.23 
 
 		 503 aa  307  4.0000000000000004e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.04 
 
 		 534 aa  306  6e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.9 
 
 		 525 aa  305  9.000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  34.98 
 
 		 518 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.22 
 
 		 519 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 		 512 aa  302  9e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  34.76 
 
 		 521 aa  302  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 518 aa  301  3e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.35 
 
 		 512 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 		 516 aa  300  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.93 
 
 		 526 aa  301  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  35.87 
 
 		 521 aa  300  4e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 515 aa  300  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  34.61 
 
 		 519 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 		 499 aa  299  1e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.32 
 
 		 526 aa  297  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.89 
 
 		 525 aa  296  7e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.4 
 
 		 526 aa  296  8e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.02 
 
 		 530 aa  296  9e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.76 
 
 		 525 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 518 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  35.12 
 
 		 518 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  36.19 
 
 		 518 aa  294  3e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.94 
 
 		 525 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 514 aa  293  4e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  37.12 
 
 		 511 aa  293  5e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 520 aa  293  5e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  36.79 
 
 		 502 aa  293  7e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.09 
 
 		 527 aa  292  9e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 		 524 aa  292  1e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.27 
 
 		 525 aa  291  2e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  33.92 
 
 		 556 aa  290  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6175  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 537 aa  290  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 520 aa  291  3e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0749  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 		 512 aa  290  4e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.99 
 
 		 514 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 518 aa  289  8e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  34.88 
 
 		 521 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 520 aa  288  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.14 
 
 		 517 aa  287  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  34.23 
 
 		 529 aa  287  2.9999999999999996e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.14 
 
 		 517 aa  287  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.14 
 
 		 517 aa  287  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  35.54 
 
 		 502 aa  286  7e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 		 539 aa  286  7e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 517 aa  286  8e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2250  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 		 538 aa  284  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 		 520 aa  284  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  34.69 
 
 		 521 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  33.27 
 
 		 549 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  35.82 
 
 		 520 aa  282  9e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  32.49 
 
 		 531 aa  281  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  35.15 
 
 		 504 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  32.49 
 
 		 525 aa  280  3e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  35.04 
 
 		 487 aa  281  3e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 		 509 aa  280  5e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  33.99 
 
 		 662 aa  280  5e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 		 512 aa  280  5e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  33.59 
 
 		 536 aa  280  6e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  36.38 
 
 		 513 aa  280  6e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  33.59 
 
 		 523 aa  279  8e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 		 520 aa  278  1e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  34.38 
 
 		 1043 aa  278  1e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0414  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 511 aa  278  2e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  33.91 
 
 		 545 aa  278  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4073  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 		 535 aa  277  3e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0666092  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 515 aa  277  3e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 515 aa  277  3e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  32.94 
 
 		 514 aa  276  7e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  35.94 
 
 		 520 aa  276  9e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 509 aa  276  9e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.37 
 
 		 521 aa  275  1.0000000000000001e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  32.88 
 
 		 521 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>