More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1156 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1156  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  629  1e-179  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.203658  normal  0.697323 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2373  LysR family transcriptional regulator  74.48 
 
 		 297 aa  442  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.232459  normal  0.974047 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  69.72 
 
 		 298 aa  414  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4688  LysR family transcriptional regulator  58.74 
 
 		 288 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 299 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 299 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.71 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  41.08 
 
 		 308 aa  205  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 301 aa  203  4e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.39 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 299 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 300 aa  199  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 295 aa  198  9e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.26 
 
 		 300 aa  197  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 298 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 290 aa  195  7e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 298 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 296 aa  192  7e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 313 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 335 aa  191  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.02 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  36.86 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 399 aa  186  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.4 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.38 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.41 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.76 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33.78 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 317 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 304 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.52 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 294 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37120  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0187077  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  33.92 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.63 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3662  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6979  normal  0.769038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  35.33 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5329  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0884153  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  35.29 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  34.62 
 
 		 289 aa  176  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4957  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 317 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3410  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 317 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0692441  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.81 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  36.81 
 
 		 299 aa  176  7e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 289 aa  175  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.27 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>