134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2854 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2854  DNA binding domain protein, excisionase family  100 
 
 		 190 aa  388  1e-107  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2544  DNA binding domain protein, excisionase family  33.87 
 
 		 264 aa  118  4.9999999999999996e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0361834  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03493  response regulator  29.31 
 
 		 186 aa  83.2  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1537  response regulator receiver protein  28.88 
 
 		 272 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2540  response regulator  26.5 
 
 		 192 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3695  DNA binding domain-containing protein  30.67 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0855  DNA-binding response regulator  22.22 
 
 		 189 aa  63.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0365807  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4926  merR family DNA-binding response regulator  27.32 
 
 		 192 aa  64.3  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1619  DNA-binding response regulator  23.08 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3574  response regulator receiver domain-containing protein  36.59 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3714  response regulator receiver protein  32.65 
 
 		 207 aa  52.4  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3699  histidine kinase  27.59 
 
 		 998 aa  52  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3640  response regulator receiver protein  32.65 
 
 		 207 aa  52  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.196846  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.05 
 
 		 227 aa  50.1  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0087  transcriptional regulatory protein  32.46 
 
 		 228 aa  48.5  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.701272  normal  0.0818275 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0280  two component transcriptional regulator  32.46 
 
 		 228 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.123527 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  29.03 
 
 		 233 aa  47.4  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  30.89 
 
 		 230 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  27.27 
 
 		 226 aa  47.4  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  28.81 
 
 		 216 aa  47.8  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3942  response regulator receiver protein  28.26 
 
 		 163 aa  46.6  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  30.23 
 
 		 233 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  30.58 
 
 		 230 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  30.58 
 
 		 230 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  31.4 
 
 		 231 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  30.23 
 
 		 233 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  30.58 
 
 		 230 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  30.4 
 
 		 231 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0286  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.46 
 
 		 228 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5042  excisionase/Xis, DNA-binding  23.28 
 
 		 198 aa  46.2  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1110  response regulator receiver domain-containing protein  24.8 
 
 		 208 aa  45.8  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00277439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1453  two component transcriptional regulator  29.06 
 
 		 244 aa  46.2  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.952418  normal  0.0249242 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2374  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  45.8  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5910  response regulator receiver protein  27.7 
 
 		 168 aa  46.2  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2143  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 		 755 aa  46.2  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2390  two component transcriptional regulator, winged helix family  24.19 
 
 		 239 aa  46.2  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2339  two component transcriptional regulator, winged helix family  24.19 
 
 		 239 aa  46.2  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.4 
 
 		 275 aa  45.8  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.57 
 
 		 1002 aa  45.8  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2359  CheA signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 		 756 aa  45.4  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21090  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  30.89 
 
 		 231 aa  45.4  0.0005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.664911  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.73 
 
 		 232 aa  45.4  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.66 
 
 		 228 aa  45.4  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0440  winged helix family two component transcriptional regulator  31.58 
 
 		 228 aa  45.1  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.79352 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2839  response regulator receiver protein  31.45 
 
 		 228 aa  44.7  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0400316  normal  0.0390199 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0381  two component transcriptional regulator  31.58 
 
 		 228 aa  44.7  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.638697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  23.53 
 
 		 229 aa  44.7  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0162  response regulator receiver domain-containing protein  29.79 
 
 		 127 aa  44.3  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5447  response regulator receiver protein  32.26 
 
 		 228 aa  43.9  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00883739  normal  0.15212 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  28.23 
 
 		 233 aa  44.3  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  29.23 
 
 		 244 aa  44.3  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.15 
 
 		 1385 aa  44.3  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2239  response regulator receiver protein  23.2 
 
 		 209 aa  44.3  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00314839  hitchhiker  0.0000034786 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3876  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 1022 aa  44.7  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0208  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.64 
 
 		 238 aa  44.7  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01871  two-component response regulator  27.21 
 
 		 242 aa  43.9  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5089  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.37 
 
 		 242 aa  43.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160869  normal  0.250223 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2384  two component transcriptional regulator  28.46 
 
 		 259 aa  43.5  0.002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3674  two component transcriptional regulator  29.41 
 
 		 246 aa  43.9  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.027909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01981  two-component response regulator  24.03 
 
 		 242 aa  43.5  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.125891  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4665  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.02 
 
 		 235 aa  43.1  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.880727  normal  0.209776 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2147  two component transcriptional regulator  27.19 
 
 		 235 aa  43.5  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  29.41 
 
 		 229 aa  43.5  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 225 aa  43.5  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.93 
 
 		 242 aa  43.9  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.87 
 
 		 963 aa  43.1  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2416  two component transcriptional regulator  28.21 
 
 		 255 aa  43.1  0.003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0279623 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  23.57 
 
 		 363 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3865  ATP-binding region, ATPase-like  27.83 
 
 		 1122 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2461  response regulator receiver protein  26.92 
 
 		 132 aa  42.7  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0954  two component transcriptional regulator  28.21 
 
 		 243 aa  42.7  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0817018 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1040  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25.62 
 
 		 365 aa  42.7  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  30.08 
 
 		 228 aa  43.1  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1134  response regulator receiver protein  26.45 
 
 		 138 aa  42.7  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.461969  hitchhiker  0.00297359 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0038  two component transcriptional regulator  30.33 
 
 		 228 aa  42.7  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000503825 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.41 
 
 		 224 aa  42.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.41 
 
 		 224 aa  42.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0847  two component transcriptional regulator  31.62 
 
 		 228 aa  42.4  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.140263  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5611  two component transcriptional regulator  25.21 
 
 		 232 aa  42.4  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0731674  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2353  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.21 
 
 		 243 aa  42.4  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0794558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04130  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  28.46 
 
 		 236 aa  42.4  0.004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.118973  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5700  two component transcriptional regulator  29.29 
 
 		 246 aa  42.4  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.663569  normal  0.593468 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02061  two-component response regulator  27.64 
 
 		 248 aa  42.4  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.540525 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2505  two component transcriptional regulator  31.62 
 
 		 228 aa  42.4  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.472327  normal  0.764107 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5309  two component transcriptional regulator  29.29 
 
 		 246 aa  42.4  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383621  normal  0.611504 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3128  two component transcriptional regulator  31.62 
 
 		 228 aa  42.4  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.780725  hitchhiker  0.000183133 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0741  response regulator receiver protein  24.39 
 
 		 210 aa  42.7  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.289134 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1039  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.71 
 
 		 222 aa  42.4  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2302  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.21 
 
 		 243 aa  42.4  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.21 
 
 		 247 aa  42.4  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2427  two component LuxR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 245 aa  42.4  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.27075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2177  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 223 aa  42  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00323539  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01621  two-component response regulator  27.87 
 
 		 248 aa  42  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.367767  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 229 aa  42.4  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  30.33 
 
 		 246 aa  42  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1858  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.68 
 
 		 227 aa  42  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2142  two component transcriptional regulator  26.89 
 
 		 240 aa  41.6  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.46457  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4194  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.55 
 
 		 241 aa  42  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.100781  normal  0.264432 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01481  two-component response regulator  27.97 
 
 		 248 aa  42  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.34 
 
 		 242 aa  42  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>