More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2815 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2815  pseudouridine synthase  100 
 
 		 396 aa  801    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  41.24 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  37.95 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.44 
 
 		 402 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  37.44 
 
 		 402 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  37.44 
 
 		 402 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  37.44 
 
 		 407 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.95 
 
 		 438 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  37.44 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  37.11 
 
 		 431 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  36.55 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  36.14 
 
 		 320 aa  103  4e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  35.78 
 
 		 322 aa  103  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.42 
 
 		 318 aa  103  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  27.3 
 
 		 341 aa  103  7e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  36.6 
 
 		 436 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  35.68 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  35.68 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  36.59 
 
 		 370 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  36.59 
 
 		 370 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  35.9 
 
 		 400 aa  101  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  33 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.25 
 
 		 276 aa  100  4e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.69 
 
 		 403 aa  100  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  36.36 
 
 		 345 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  34.43 
 
 		 319 aa  100  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  34.65 
 
 		 337 aa  99.8  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  38.25 
 
 		 356 aa  99.8  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  34.43 
 
 		 319 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.08 
 
 		 391 aa  99  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  32.5 
 
 		 306 aa  99.4  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 347 aa  99.4  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.48 
 
 		 318 aa  98.6  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  34.67 
 
 		 358 aa  97.8  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 389 aa  98.2  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.13 
 
 		 395 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 395 aa  97.8  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.13 
 
 		 395 aa  97.8  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 389 aa  98.2  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 389 aa  98.2  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 389 aa  98.2  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  32.16 
 
 		 482 aa  97.8  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  32.32 
 
 		 347 aa  96.7  6e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.87 
 
 		 343 aa  96.7  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  35.26 
 
 		 303 aa  96.7  7e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  35.26 
 
 		 318 aa  96.7  7e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  26.15 
 
 		 342 aa  95.5  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  34.2 
 
 		 303 aa  95.9  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  35.42 
 
 		 351 aa  95.9  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  35.75 
 
 		 344 aa  95.9  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.22 
 
 		 310 aa  95.9  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.18 
 
 		 403 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  34.52 
 
 		 376 aa  95.5  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.22 
 
 		 348 aa  95.5  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.94 
 
 		 303 aa  95.9  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.52 
 
 		 322 aa  95.5  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  32.16 
 
 		 420 aa  94.7  2e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  27.27 
 
 		 300 aa  95.1  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  36.23 
 
 		 332 aa  95.5  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  34.92 
 
 		 344 aa  95.1  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  32.52 
 
 		 343 aa  94.4  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  33.5 
 
 		 354 aa  94.4  3e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  33.5 
 
 		 334 aa  94  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.86 
 
 		 296 aa  94  4e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  27.27 
 
 		 363 aa  93.6  5e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  35.79 
 
 		 299 aa  94  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  38.04 
 
 		 314 aa  93.6  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  30.24 
 
 		 354 aa  93.6  5e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  37.75 
 
 		 320 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  33.66 
 
 		 336 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  35.03 
 
 		 369 aa  93.2  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  37.75 
 
 		 320 aa  93.6  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.38 
 
 		 313 aa  93.2  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.52 
 
 		 332 aa  93.2  8e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.97 
 
 		 334 aa  93.2  8e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.03 
 
 		 321 aa  92.8  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  32.81 
 
 		 304 aa  92.4  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  35.79 
 
 		 362 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.03 
 
 		 303 aa  92.4  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  32.29 
 
 		 307 aa  92.4  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.29 
 
 		 307 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.38 
 
 		 323 aa  92.4  1e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  32.29 
 
 		 307 aa  92.4  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.57 
 
 		 322 aa  92.8  1e-17  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  36.96 
 
 		 334 aa  92  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 399 aa  92.4  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.71 
 
 		 325 aa  92.8  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  32.55 
 
 		 349 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.85 
 
 		 335 aa  92  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  32.12 
 
 		 313 aa  92.4  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  32.62 
 
 		 339 aa  92  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 356 aa  92  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  37.1 
 
 		 327 aa  92  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.9 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.86 
 
 		 344 aa  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  33.7 
 
 		 304 aa  90.9  3e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  32.58 
 
 		 297 aa  91.3  3e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.99 
 
 		 350 aa  91.3  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.81 
 
 		 305 aa  90.9  4e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.68 
 
 		 296 aa  90.5  4e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>