More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2544 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2544  DNA binding domain protein, excisionase family  100 
 
 		 264 aa  537  9.999999999999999e-153  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0361834  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2854  DNA binding domain protein, excisionase family  33.87 
 
 		 190 aa  118  9e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0855  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 189 aa  107  3e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0365807  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2540  response regulator  30.93 
 
 		 192 aa  101  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1537  response regulator receiver protein  31.38 
 
 		 272 aa  99.8  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03493  response regulator  31.44 
 
 		 186 aa  98.6  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1619  DNA-binding response regulator  30.9 
 
 		 185 aa  97.4  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1938  excisionase family DNA-binding response regulator  29.51 
 
 		 190 aa  93.6  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.72 
 
 		 1002 aa  90.5  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0173  response regulator receiver protein  36.67 
 
 		 119 aa  86.3  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 		 369 aa  84.3  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.847548  normal  0.236297 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37500  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  44.54 
 
 		 225 aa  84.3  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0213695  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2046  response regulator  36.21 
 
 		 404 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0829987  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  33.86 
 
 		 1374 aa  83.2  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4926  merR family DNA-binding response regulator  27.03 
 
 		 192 aa  82.8  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1714  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.82 
 
 		 234 aa  82.8  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.233786  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4410  response regulator receiver protein  37.1 
 
 		 131 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.686937 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0321  two component transcriptional regulator  34.57 
 
 		 406 aa  81.3  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  36.22 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1798  response regulator receiver protein  34.71 
 
 		 421 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0425033  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3036  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.83 
 
 		 273 aa  80.9  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.106658  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1485  response regulator receiver  35.83 
 
 		 235 aa  80.9  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.236897  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  37.19 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0695  response regulator receiver  38.58 
 
 		 170 aa  80.9  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.412637  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2924  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.6 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 121 aa  80.9  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0437  response regulator receiver protein  40.68 
 
 		 237 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.576272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0674  response regulator receiver protein  36.59 
 
 		 120 aa  80.1  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0682036 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1963  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.97 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.470012 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1944  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4229  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.97 
 
 		 383 aa  80.5  0.00000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.599633  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1936  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.97 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4937  two component transcriptional regulator  36.97 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.565868 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4325  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.974523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3695  response regulator receiver  41.18 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.795948  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3637  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.97 
 
 		 246 aa  79.3  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 		 231 aa  79.7  0.00000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0095  two component transcriptional regulator  36.13 
 
 		 249 aa  79.3  0.00000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0722  response regulator receiver protein  39.17 
 
 		 121 aa  79  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0751  response regulator receiver protein  39.17 
 
 		 121 aa  79  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  37.07 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  36.72 
 
 		 241 aa  78.6  0.00000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.16 
 
 		 1131 aa  78.6  0.00000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  35.43 
 
 		 229 aa  78.2  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0508  response regulator receiver domain-containing protein  37.61 
 
 		 121 aa  77.8  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.481314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26471  two-component response regulator  36.75 
 
 		 268 aa  78.2  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.889517 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5515  response regulator receiver protein  34.4 
 
 		 134 aa  78.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.5 
 
 		 223 aa  78.6  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1858  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.21 
 
 		 227 aa  77.4  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1498  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 247 aa  77.4  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.220919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0154  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.39 
 
 		 220 aa  77.8  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.443854  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  36.67 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  36.67 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0493  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 		 440 aa  77  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.274957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4113  response regulator receiver protein  32.79 
 
 		 126 aa  77  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0232733  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2649  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 122 aa  77  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.857048  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2180  response regulator receiver  31.2 
 
 		 151 aa  76.6  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.269305  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2324  two component LuxR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42123  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0932  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 		 374 aa  76.6  0.0000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1422  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 		 361 aa  76.6  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0161  response regulator receiver protein  36.07 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2845  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 234 aa  76.6  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0174  response regulator receiver  32.77 
 
 		 130 aa  76.6  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3866  response regulator receiver  34.82 
 
 		 309 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.370865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0747  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 121 aa  76.6  0.0000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3134  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 		 500 aa  76.6  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.952243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  39.02 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0627  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 163 aa  76.3  0.0000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.143116  hitchhiker  0.00307044 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01561  two-component response regulator  35.9 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.22181  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2657  response regulator receiver  37.07 
 
 		 121 aa  75.9  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.970877  normal  0.494085 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3742  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.71 
 
 		 263 aa  75.9  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5207  winged helix family two component transcriptional regulator  33.05 
 
 		 247 aa  75.9  0.0000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0367  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.79 
 
 		 503 aa  75.9  0.0000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0540164 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2690  response regulator receiver domain-containing protein  33.91 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0818688 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2749  response regulator receiver domain-containing protein  31.9 
 
 		 436 aa  75.5  0.0000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4464  response regulator receiver domain-containing protein  33.59 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.579086 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1003  response regulator receiver protein  34.43 
 
 		 128 aa  75.9  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3066  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.31 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 		 576 aa  75.9  0.0000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2152  putative response regulator, putative serine phosphatase  35.09 
 
 		 434 aa  75.9  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 317 aa  75.5  0.0000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0734  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 127 aa  75.5  0.0000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  36.67 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.4 
 
 		 308 aa  75.5  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 454 aa  75.5  0.0000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 233 aa  75.5  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0591  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477799  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 		 1271 aa  74.7  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152151  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 337 aa  74.7  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1250  two component LuxR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2185  response regulator receiver  39.47 
 
 		 356 aa  75.1  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  35.83 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1276  response regulator receiver protein  29.69 
 
 		 144 aa  74.7  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.107336  normal  0.0271474 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 236 aa  74.7  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  32.62 
 
 		 256 aa  75.1  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3321  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2238  response regulator receiver protein  36.89 
 
 		 140 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0218186  hitchhiker  0.00000354209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>