More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0081 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  100 
 
 		 529 aa  1078    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  56.36 
 
 		 560 aa  598  1e-170  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  45.75 
 
 		 508 aa  419  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  46.86 
 
 		 499 aa  266  8e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.25 
 
 		 936 aa  265  1e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  42.41 
 
 		 657 aa  261  3e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 		 579 aa  254  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.62 
 
 		 1242 aa  244  3e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  40.96 
 
 		 805 aa  243  6e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.93 
 
 		 1226 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.94 
 
 		 1237 aa  239  9e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  47.35 
 
 		 410 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  42.42 
 
 		 950 aa  234  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  35.48 
 
 		 544 aa  233  6e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  44.88 
 
 		 550 aa  231  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.51 
 
 		 779 aa  231  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.35 
 
 		 898 aa  229  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  39.1 
 
 		 893 aa  227  4e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.13 
 
 		 762 aa  227  4e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  37.5 
 
 		 663 aa  227  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  38.49 
 
 		 473 aa  227  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.18 
 
 		 506 aa  226  6e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  43.62 
 
 		 1250 aa  224  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  41.63 
 
 		 471 aa  224  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  41.63 
 
 		 471 aa  224  3e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.15 
 
 		 962 aa  223  7e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 901 aa  221  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.43 
 
 		 900 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 		 900 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 		 453 aa  218  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.68 
 
 		 914 aa  218  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.69 
 
 		 662 aa  218  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.12 
 
 		 833 aa  217  4e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.22 
 
 		 885 aa  217  4e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 		 453 aa  217  5e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 		 453 aa  217  5e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.43 
 
 		 893 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.79 
 
 		 789 aa  216  7e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  37.43 
 
 		 453 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.18 
 
 		 453 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  42.42 
 
 		 778 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.18 
 
 		 453 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.18 
 
 		 453 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 		 453 aa  212  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  38.64 
 
 		 757 aa  212  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  38.64 
 
 		 757 aa  211  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.81 
 
 		 632 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.75 
 
 		 632 aa  210  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  37.41 
 
 		 632 aa  209  7e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  37.72 
 
 		 648 aa  209  8e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.21 
 
 		 693 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  37.46 
 
 		 632 aa  209  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.1 
 
 		 632 aa  208  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  33.18 
 
 		 667 aa  206  8e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.62 
 
 		 504 aa  206  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 692 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  39.13 
 
 		 708 aa  204  3e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  41.67 
 
 		 543 aa  203  5e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  39.35 
 
 		 580 aa  202  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 		 683 aa  200  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 		 781 aa  199  7e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.58 
 
 		 690 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.83 
 
 		 670 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6050  putative sensor histidine kinase  36.58 
 
 		 483 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.72 
 
 		 729 aa  196  1e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 449 aa  195  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.64 
 
 		 427 aa  195  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.72 
 
 		 699 aa  193  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  35.48 
 
 		 680 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  34.65 
 
 		 436 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  32.87 
 
 		 454 aa  189  1e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 		 773 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1706  histidine kinase  38.55 
 
 		 444 aa  185  2.0000000000000003e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.24 
 
 		 466 aa  184  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 		 625 aa  182  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  30.56 
 
 		 450 aa  179  9e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  35.1 
 
 		 454 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 		 638 aa  171  3e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 		 560 aa  169  8e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3225  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 		 543 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000746218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0764  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 		 543 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.757334  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0736  ATPase domain-containing protein  28.47 
 
 		 543 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000490957 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3894  sensor histidine kinase  26.94 
 
 		 543 aa  162  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0824  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.29 
 
 		 543 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.468907 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4382  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 		 644 aa  161  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.01 
 
 		 543 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137414  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0792  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.29 
 
 		 543 aa  160  6e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0817  histidine kinase  27.32 
 
 		 543 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.874931  hitchhiker  0.000000000210514 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3335  histidine kinase  30.28 
 
 		 464 aa  159  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 		 546 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2013  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 575 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899017  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 		 548 aa  153  8e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0612019  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 		 530 aa  152  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 		 545 aa  150  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3249  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.61 
 
 		 546 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.632077 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4414  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 		 506 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0543  ATP-binding region, ATPase-like protein  28.83 
 
 		 534 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2466  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  27.61 
 
 		 688 aa  145  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0547  sensor histidine kinase  26.98 
 
 		 547 aa  144  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.562104  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  34.14 
 
 		 612 aa  143  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>