59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3858 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3858  Pectate lyase/Amb allergen  100 
 
 		 374 aa  767    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4037  Pectate lyase/Amb allergen  84.45 
 
 		 374 aa  634    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4036  Pectate lyase/Amb allergen  91.18 
 
 		 374 aa  674    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3859  Pectate lyase/Amb allergen  90.64 
 
 		 374 aa  693    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4035  Pectate lyase/Amb allergen  95.72 
 
 		 374 aa  713    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.634971  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3860  Pectate lyase/Amb allergen  83.91 
 
 		 374 aa  632  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0270  Pectate lyase/Amb allergen  74.13 
 
 		 375 aa  577  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0353  Pectate lyase/Amb allergen  73.33 
 
 		 376 aa  570  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0271  Pectate lyase/Amb allergen  72.27 
 
 		 375 aa  555  1e-157  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0352  Pectate lyase/Amb allergen  72.19 
 
 		 375 aa  524  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  38.32 
 
 		 1316 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3448  Pectate lyase-like  34.8 
 
 		 594 aa  142  7e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.372442  hitchhiker  0.00149155 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  36.11 
 
 		 769 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  31.27 
 
 		 922 aa  127  5e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2941  Pectate lyase/Amb allergen  34.04 
 
 		 501 aa  119  6e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.12002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3958  Pectate lyase/Amb allergen  32.62 
 
 		 365 aa  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0431  Pectate lyase/Amb allergen  35.82 
 
 		 527 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.471187  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2243  Pectate lyase/Amb allergen  31.71 
 
 		 462 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0247929  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2168  pectate lyase  30.96 
 
 		 512 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.108445  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1848  Pectate lyase/Amb allergen  33.85 
 
 		 317 aa  99.4  9e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.233654  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0430  Pectate lyase/Amb allergen  29.1 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202776  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2436  Pectate lyase/Amb allergen  31.6 
 
 		 327 aa  97.4  3e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00169439  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  31.75 
 
 		 1409 aa  91.3  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6915  Pectate lyase-like protein  31.34 
 
 		 482 aa  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00741  Pectate lyase Precursor (EC 4.2.2.2) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00645]  36 
 
 		 326 aa  90.5  5e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1089  Pectate lyase/Amb allergen  32.37 
 
 		 385 aa  88.2  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07646  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AVN4]  35.06 
 
 		 327 aa  83.6  0.000000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.91565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2763  Pectate lyase/Amb allergen  28.48 
 
 		 397 aa  83.6  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.329046  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1231  Pectate lyase/Amb allergen  28.01 
 
 		 919 aa  80.1  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.218309  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0511  Pectate lyase/Amb allergen  36.54 
 
 		 365 aa  77  0.0000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000797817  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5013  Pectate lyase/Amb allergen  34.16 
 
 		 427 aa  76.3  0.0000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3881  Pectate lyase-like  26.54 
 
 		 747 aa  72.4  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000360789  normal  0.117799 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0496  Pectinesterase  28.37 
 
 		 686 aa  70.9  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00164542 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1090  Pectate lyase/Amb allergen  29.24 
 
 		 405 aa  71.2  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6139  Pectate lyase  27.96 
 
 		 380 aa  70.1  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1087  pectate lyase/Amb allergen  30.99 
 
 		 436 aa  70.1  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0821757  hitchhiker  0.00617992 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1493  pectate lyase  29.56 
 
 		 435 aa  69.7  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0435  Pectate lyase/Amb allergen  28.81 
 
 		 375 aa  69.7  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.017738  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4964  Pectinesterase  29.21 
 
 		 794 aa  66.6  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.467463  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2950  Pectate lyase/Amb allergen  35.67 
 
 		 554 aa  66.2  0.0000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.821566  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0153  pectate lyase/Amb allergen  28.8 
 
 		 449 aa  65.5  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4199  Ricin B lectin  29.9 
 
 		 474 aa  64.7  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876848  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1091  Pectate lyase/Amb allergen  25.7 
 
 		 392 aa  62.4  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2764  Pectate lyase/Amb allergen  34.73 
 
 		 402 aa  62.4  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.429805  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1843  Pectate lyase/Amb allergen  32.03 
 
 		 730 aa  61.6  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.5236  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2863  Pectate lyase/Amb allergen  29.14 
 
 		 522 aa  58.9  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.707547  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3461  cellulose-binding family II protein  30.69 
 
 		 486 aa  56.6  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.560967  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0132  Pectate lyase/Amb allergen  33.83 
 
 		 505 aa  56.2  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0495  Pectate lyase/Amb allergen  29.53 
 
 		 427 aa  55.5  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.016328 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3821  Pectate lyase/Amb allergen  31.58 
 
 		 456 aa  54.7  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1162  pectate lyase  29.37 
 
 		 991 aa  51.6  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.211021 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1178  Pectate lyase/Amb allergen  27.47 
 
 		 498 aa  50.4  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000219225 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3434  Pectate lyase/Amb allergen  24.74 
 
 		 504 aa  48.1  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.405383 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0281  hypothetical protein  25.61 
 
 		 143 aa  47.8  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.342666  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02650  pectate lyase  30.43 
 
 		 346 aa  47  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256465  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0537  Pectate lyase/Amb allergen  25 
 
 		 351 aa  47  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3378  Pectate lyase/Amb allergen  24.48 
 
 		 314 aa  46.2  0.0008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2566  Pectate lyase/Amb allergen  25.84 
 
 		 368 aa  45.8  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02569  Pectin lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5BA61]  29.29 
 
 		 379 aa  45.4  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>