More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2704 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2704  beta-lactamase  100 
 
 		 371 aa  753    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1136  beta-lactamase  38.54 
 
 		 357 aa  199  9e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.167829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2550  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  30.03 
 
 		 489 aa  129  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1258  beta-lactamase  32.14 
 
 		 377 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.775815  normal  0.0157714 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2143  beta-lactamase  27.65 
 
 		 401 aa  97.1  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.559529  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2252  beta-lactamase  31.43 
 
 		 460 aa  95.5  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  0.0203286 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0939  beta-lactamase  27.46 
 
 		 338 aa  90.5  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.18746 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  26.74 
 
 		 494 aa  89.7  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2923  beta-lactamase  28.78 
 
 		 356 aa  89  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4280  beta-lactamase  27.47 
 
 		 330 aa  89.4  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1832  beta-lactamase  27.41 
 
 		 446 aa  87  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.29245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0951  beta-lactamase  31.27 
 
 		 345 aa  83.2  0.000000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0224352  decreased coverage  0.0053447 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1301  beta-lactamase  28.84 
 
 		 417 aa  81.6  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0375  beta-lactamase  27.18 
 
 		 381 aa  81.3  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4546  beta-lactamase  26.28 
 
 		 740 aa  80.1  0.00000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4638  beta-lactamase  25 
 
 		 390 aa  79.7  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4094  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.85 
 
 		 405 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4170  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.85 
 
 		 405 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4325  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.85 
 
 		 405 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0248121  normal  0.0483573 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2019  fmtA-like protein  23.4 
 
 		 505 aa  78.6  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.15249  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5304  beta-lactamase  28.38 
 
 		 513 aa  77  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3476  beta-lactamase  26.87 
 
 		 474 aa  76.3  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3751  beta-lactamase  25.99 
 
 		 395 aa  75.9  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000498352 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4671  alkaline D-peptidase, putative  24.73 
 
 		 330 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.126225  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5713  beta-lactamase  30.3 
 
 		 389 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3512  beta-lactamase  24.47 
 
 		 364 aa  75.1  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6077  beta-lactamase  30.3 
 
 		 389 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4174  beta-lactamase  23.67 
 
 		 378 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000652338  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0606  serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.96 
 
 		 438 aa  74.3  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2625  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.78 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1439  Beta-lactamase  25.55 
 
 		 330 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0862025  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1507  Beta-lactamase  23.34 
 
 		 595 aa  73.2  0.000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1818  beta-lactamase  29.55 
 
 		 513 aa  72.8  0.000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0500  beta-lactamase  24.52 
 
 		 487 aa  73.2  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6008  beta-lactamase  29.86 
 
 		 389 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4058  beta-lactamase  26.25 
 
 		 405 aa  72.8  0.000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00809672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6561  beta-lactamase  29.76 
 
 		 389 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.926404  normal  0.294217 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0159  beta-lactamase  22.46 
 
 		 410 aa  70.9  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3294  penicillin-binding protein  22.76 
 
 		 377 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678008  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3264  beta-lactamase  22.76 
 
 		 377 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.664291  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3511  putative penicillin-binding protein  22.76 
 
 		 377 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3554  penicillin-binding protein  22.76 
 
 		 377 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0439  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  25.48 
 
 		 392 aa  71.2  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.919528 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4519  beta-lactamase  25.36 
 
 		 451 aa  70.5  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.302372  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3507  penicillin-binding protein, putative  23.51 
 
 		 375 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4110  beta-lactamase  24.38 
 
 		 379 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01195  penicillin-binding protein  25.46 
 
 		 559 aa  69.7  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.119719  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3208  beta-lactamase  22.39 
 
 		 377 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0230735  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1086  beta-lactamase  24.35 
 
 		 378 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3210  beta-lactamase  22.47 
 
 		 375 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.767379  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7532  beta-lactamase  24.35 
 
 		 389 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0544  beta-lactamase  24.58 
 
 		 578 aa  69.3  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129057 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3518  putative penicillin-binding protein  23.22 
 
 		 377 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4152  beta-lactamase  22.88 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0848463  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0097  beta-lactamase  24.22 
 
 		 601 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1414  putative beta-lactamase  25.16 
 
 		 399 aa  67.4  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.182511  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5985  beta-lactamase  23.25 
 
 		 342 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10390  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  25.49 
 
 		 426 aa  67.4  0.0000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0550455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3018  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  25.17 
 
 		 389 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.470862  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3498  beta-lactamase  21.64 
 
 		 375 aa  67  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2587  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  25.42 
 
 		 413 aa  67  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.607083  normal  0.306741 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0863  beta-lactamase  25.1 
 
 		 363 aa  66.6  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1750  beta-lactamase  21.64 
 
 		 375 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.339251  normal  0.99151 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1712  beta-lactamase  24.26 
 
 		 477 aa  66.2  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.419371  normal  0.191124 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2638  beta-lactamase  23.49 
 
 		 445 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.034507  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3022  alkaline D-peptidase and alkaline D-peptidase fusion  24.68 
 
 		 720 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0802631  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3872  beta-lactamase  23.88 
 
 		 375 aa  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12878  beta-lactamase, putative  24.2 
 
 		 504 aa  65.5  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10400  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  24.02 
 
 		 421 aa  65.1  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1906  beta-lactamase  23.76 
 
 		 369 aa  65.5  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2742  beta-lactamase  23.51 
 
 		 376 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0750006  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6103  beta-lactamase  24.04 
 
 		 389 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4637  beta-lactamase  24.91 
 
 		 491 aa  65.5  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2947  beta-lactamase  25.17 
 
 		 384 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.445191 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7012  beta-lactamase  24.67 
 
 		 467 aa  64.7  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.858592 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2481  beta-lactamase  23.57 
 
 		 359 aa  64.7  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1929  beta-lactamase  27.94 
 
 		 407 aa  64.7  0.000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2717  beta-lactamase  26.76 
 
 		 470 aa  64.7  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2336  beta-lactamase  23.21 
 
 		 359 aa  63.9  0.000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0383  Beta-lactamase class C related penicillin binding protein  26.6 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1357  beta-lactamase  24.63 
 
 		 378 aa  63.5  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3511  beta-lactamase  27.65 
 
 		 364 aa  63.5  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.700919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2727  beta-lactamase  23.57 
 
 		 486 aa  63.5  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2968  beta-lactamase  23.53 
 
 		 462 aa  63.5  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2316  beta-lactamase  24.33 
 
 		 467 aa  63.5  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0048462  decreased coverage  0.0000015739 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1923  beta-lactamase  26.29 
 
 		 389 aa  63.5  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5738  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  23.81 
 
 		 447 aa  63.2  0.000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.38713 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4420  beta-lactamase  29.33 
 
 		 519 aa  63.2  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0618  beta-lactamase  25 
 
 		 450 aa  62.8  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1755  beta-lactamase  26.09 
 
 		 450 aa  62.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2708  beta-lactamase  26.84 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0624  beta-lactamase  26.12 
 
 		 370 aa  62  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.540607  normal  0.110236 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3175  beta-lactamase  24.17 
 
 		 351 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0119788  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2478  alkaline D-peptidase  24.73 
 
 		 388 aa  62  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.431844  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4050  beta-lactamase  29.33 
 
 		 519 aa  62  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.817302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2661  alkaline d-peptidase  24.73 
 
 		 388 aa  62  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3688  beta-lactamase  25 
 
 		 543 aa  60.8  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.011807 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5864  beta-lactamase  22.33 
 
 		 389 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2177  beta-lactamase  25 
 
 		 543 aa  60.8  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.816506 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2409  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  24.37 
 
 		 388 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.37701  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>