More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2229 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
422 aa  854    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838973  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.4 
 
 
423 aa  704    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.56 
 
 
423 aa  680    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.229456  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.26 
 
 
422 aa  806    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275923  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1220  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  71.39 
 
 
421 aa  554  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.16 
 
 
421 aa  552  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3108  spermidine/putrescine ABC transporter permease  70.92 
 
 
421 aa  549  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5123  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.67 
 
 
415 aa  420  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0230497  normal  0.706395 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0749  polyamine ABC transporter permease  54.07 
 
 
415 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.83 
 
 
424 aa  411  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0447  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.7 
 
 
415 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.328312 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.72 
 
 
415 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.966966 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07890  putative permease of ABC transporter  54.15 
 
 
415 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00567527 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0564  polyamine ABC transporter, permease protein  52.58 
 
 
415 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4613  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.71 
 
 
415 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.993847 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.45 
 
 
415 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.18 
 
 
415 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.155483  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.37 
 
 
446 aa  404  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0108621  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.85 
 
 
415 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2168  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  49.88 
 
 
418 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0193763  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.12 
 
 
420 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.156739  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0644  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  51.23 
 
 
419 aa  395  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.37 
 
 
418 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.37 
 
 
418 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.37 
 
 
418 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0433  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  50 
 
 
419 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2499  putative polyamine ABC transporter, permease protein  50 
 
 
419 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.78 
 
 
425 aa  392  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.653272  normal  0.230244 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  50 
 
 
419 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  50 
 
 
419 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574113  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2360  putative polyamine ABC transporter, permease protein  50 
 
 
419 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0484  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  50 
 
 
419 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.88 
 
 
420 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
462 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105452 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.51 
 
 
423 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.554758 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2931  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  48.05 
 
 
422 aa  391  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
422 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.633443  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.02 
 
 
422 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.030853  normal  0.984041 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2046  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.13 
 
 
406 aa  365  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.480866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.82 
 
 
418 aa  362  5.0000000000000005e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.5 
 
 
417 aa  361  1e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  47.07 
 
 
417 aa  361  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.61 
 
 
416 aa  359  6e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1732  transport system permease transmembrane protein  49.39 
 
 
420 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0286401  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.66 
 
 
420 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193876  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
413 aa  352  8e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.07 
 
 
420 aa  348  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.916996  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.62 
 
 
423 aa  345  1e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.34 
 
 
421 aa  339  5e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.7 
 
 
527 aa  322  8e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003667  putative permease of ABC transporter  45.12 
 
 
426 aa  319  7e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
424 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.370122  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0328  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  43.46 
 
 
412 aa  301  2e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.2 
 
 
424 aa  291  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457285 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.99 
 
 
411 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
393 aa  281  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1612  spermidine/putrescine ABC transporter permease  41.24 
 
 
392 aa  281  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
391 aa  278  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4106  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.94 
 
 
389 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.99 
 
 
424 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.686624  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
416 aa  258  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1884  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  43.7 
 
 
424 aa  256  6e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.343799  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.44 
 
 
430 aa  256  8e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.881992  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.44 
 
 
433 aa  255  9e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.96 
 
 
541 aa  238  1e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.263811  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.94 
 
 
557 aa  236  4e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.347255  normal  0.330105 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.3 
 
 
414 aa  229  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.4 
 
 
294 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.132934  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.44 
 
 
314 aa  190  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
283 aa  188  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0734345  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 
305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.79 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0157506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 
305 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.192229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 
305 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
302 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
301 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  42.99 
 
 
301 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.04 
 
 
291 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.358621 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.73 
 
 
290 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2666  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  42.86 
 
 
284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0393724  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.78 
 
 
290 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.277874 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.07 
 
 
298 aa  173  5e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1589  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  44.93 
 
 
303 aa  173  5e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0639141 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2400  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.96 
 
 
318 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0272456  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2210  ABC transporter, membrane spanning protein (polyamine)  47.44 
 
 
294 aa  172  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0568314  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
597 aa  172  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  42.21 
 
 
271 aa  170  5e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
305 aa  169  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.055919  normal  0.0738554 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6090  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  35.58 
 
 
300 aa  168  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.467049  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.13 
 
 
290 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  42.03 
 
 
328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  42.03 
 
 
328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.66 
 
 
288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
587 aa  165  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1694  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.63 
 
 
321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>