195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_2947 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_2947  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 
511 aa  1014    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.637874  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1619  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
408 aa  134  5e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1620  extracellular ligand-binding receptor  22.17 
 
 
443 aa  103  7e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2948  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
505 aa  94  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.25249  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
389 aa  75.9  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2873  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
394 aa  73.6  0.000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.716938  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  21.9 
 
 
373 aa  73.2  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.76 
 
 
380 aa  70.5  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
379 aa  70.9  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  21.74 
 
 
383 aa  70.1  0.00000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
386 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 
379 aa  69.3  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2773  Extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 
413 aa  68.2  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 
397 aa  67.8  0.0000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  22.75 
 
 
392 aa  67.4  0.0000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.86 
 
 
376 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
376 aa  66.2  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2232  extracellular ligand-binding receptor  33.1 
 
 
373 aa  66.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
379 aa  65.5  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  24.28 
 
 
374 aa  65.1  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.21 
 
 
399 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  24.45 
 
 
380 aa  63.9  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
395 aa  63.9  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 
380 aa  62  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
373 aa  60.8  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  21.59 
 
 
390 aa  60.8  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  24.76 
 
 
383 aa  61.2  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
379 aa  60.8  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  21.79 
 
 
378 aa  60.5  0.00000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1214  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
380 aa  60.1  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 
405 aa  60.5  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  21.5 
 
 
394 aa  59.7  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
393 aa  60.1  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
382 aa  59.7  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
399 aa  58.5  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  21.78 
 
 
383 aa  58.9  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 
383 aa  58.9  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  21.7 
 
 
383 aa  58.9  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  21.7 
 
 
383 aa  58.9  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
387 aa  58.5  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  21.62 
 
 
372 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  21.13 
 
 
376 aa  57.8  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
415 aa  57.4  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  23.75 
 
 
379 aa  57  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 
387 aa  56.6  0.0000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  23.95 
 
 
376 aa  57  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2947  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
367 aa  56.6  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.752891  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  23.23 
 
 
381 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
384 aa  56.2  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
383 aa  56.6  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 
382 aa  56.2  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
392 aa  55.8  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
383 aa  55.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  32.61 
 
 
383 aa  55.8  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2712  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
405 aa  55.5  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.620726  hitchhiker  0.00485368 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.53 
 
 
397 aa  55.1  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 
389 aa  55.1  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  20.06 
 
 
394 aa  55.1  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 
397 aa  54.7  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 
397 aa  55.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 
397 aa  55.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  31.17 
 
 
381 aa  55.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
381 aa  54.7  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  30.14 
 
 
394 aa  54.7  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  28.67 
 
 
394 aa  54.3  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  21.76 
 
 
380 aa  53.9  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0862  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
375 aa  53.9  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0532  Extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 
370 aa  53.5  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0390708  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 
397 aa  53.5  0.000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  21.25 
 
 
402 aa  53.5  0.000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 
377 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
376 aa  52.8  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  23.97 
 
 
396 aa  53.1  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  22.56 
 
 
371 aa  52.4  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 
396 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  23.36 
 
 
373 aa  52.4  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  20.49 
 
 
419 aa  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
377 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  26.39 
 
 
392 aa  52.4  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
389 aa  52.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  21.68 
 
 
387 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  21.94 
 
 
385 aa  52.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  22.26 
 
 
412 aa  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0937  Extracellular ligand-binding receptor  22.55 
 
 
380 aa  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000952162  normal  0.230854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 
396 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  21.72 
 
 
371 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
390 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  21.9 
 
 
387 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  22.16 
 
 
383 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 
396 aa  52  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  24.84 
 
 
379 aa  52  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 
416 aa  52  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5152  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 
383 aa  52  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.580615 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 
373 aa  52  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0399  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  21.56 
 
 
372 aa  51.2  0.00005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  18.81 
 
 
372 aa  51.2  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
393 aa  50.8  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  21.64 
 
 
388 aa  50.4  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  23.38 
 
 
382 aa  50.4  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.54 
 
 
381 aa  50.4  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>