More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1619 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_1619  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
408 aa  824    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1620  extracellular ligand-binding receptor  27.34 
 
 
443 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2947  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.93 
 
 
511 aa  132  2.0000000000000002e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.637874  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2948  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
505 aa  117  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.25249  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
394 aa  84.3  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
371 aa  77  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.62 
 
 
376 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2331  Extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 
377 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 
380 aa  76.3  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 
373 aa  73.9  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0110  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
380 aa  73.6  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.55 
 
 
404 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
382 aa  72.8  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
404 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
398 aa  72.4  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 
376 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2232  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
373 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
404 aa  71.2  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
393 aa  70.5  0.00000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 
387 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0937  Extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
380 aa  68.9  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000952162  normal  0.230854 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 
386 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 
386 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  23.14 
 
 
391 aa  67.8  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
387 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.63 
 
 
391 aa  67.4  0.0000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 
388 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.15 
 
 
405 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
384 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6407  Extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 
380 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  24.77 
 
 
405 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0744  Extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 
381 aa  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
383 aa  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  24.77 
 
 
403 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
372 aa  65.5  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2389  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.15 
 
 
382 aa  64.3  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.520842  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
399 aa  64.3  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  23.95 
 
 
381 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.46 
 
 
402 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 
404 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  23.99 
 
 
379 aa  63.5  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
381 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
419 aa  63.2  0.000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
386 aa  62.8  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  24.77 
 
 
381 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 
402 aa  62  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
397 aa  62  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  24.07 
 
 
379 aa  62  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
383 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 
376 aa  61.6  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 
383 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
412 aa  60.8  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.66 
 
 
383 aa  60.5  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.23 
 
 
380 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  24.55 
 
 
372 aa  60.5  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 
401 aa  59.7  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4487  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 
384 aa  60.1  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00567759  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2873  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
394 aa  59.3  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.716938  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2553  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
386 aa  59.3  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 
393 aa  59.3  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  23.08 
 
 
390 aa  59.7  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
402 aa  59.7  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
383 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  20.99 
 
 
385 aa  58.5  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.23 
 
 
376 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.23 
 
 
380 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  25.23 
 
 
380 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.23 
 
 
380 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.23 
 
 
380 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.84 
 
 
380 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.23 
 
 
380 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.23 
 
 
380 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 
405 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  25.43 
 
 
393 aa  57.8  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
380 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.88 
 
 
381 aa  58.2  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
369 aa  57.8  0.0000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
451 aa  57.4  0.0000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
382 aa  57  0.0000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.44 
 
 
395 aa  57  0.0000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1863  Extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 
814 aa  57  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.190846  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
385 aa  57  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  24.84 
 
 
380 aa  57  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
400 aa  56.6  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  23.44 
 
 
382 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
384 aa  56.2  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.74 
 
 
425 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.81 
 
 
399 aa  55.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1770  Extracellular ligand-binding receptor  24.75 
 
 
410 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.718343  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
413 aa  55.8  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
415 aa  56.2  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 
382 aa  56.2  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 
383 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  27.03 
 
 
380 aa  55.1  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  22.26 
 
 
381 aa  55.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 
380 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  23.87 
 
 
374 aa  55.5  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4810  extracellular ligand-binding receptor  23.71 
 
 
422 aa  55.5  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.422272  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 
391 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  24.02 
 
 
383 aa  55.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>