122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_1235 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010085  Nmar_1235  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  100 
 
 		 198 aa  402  1e-111  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1425  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.26 
 
 		 188 aa  178  5.999999999999999e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1197  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  46.63 
 
 		 187 aa  169  2e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.824142  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1437  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  45.45 
 
 		 187 aa  169  2e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.194518 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0471  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  45.45 
 
 		 187 aa  169  2e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.32 
 
 		 195 aa  168  4e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.45768  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0285  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.32 
 
 		 194 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0658  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.43 
 
 		 190 aa  152  4e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2241  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  41.04 
 
 		 176 aa  149  2e-35  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.270125  hitchhiker  0.00212612 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1136  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.31 
 
 		 211 aa  150  2e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.418303 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2863  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  39.56 
 
 		 190 aa  143  2e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00140863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2242  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.57 
 
 		 188 aa  142  3e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.22 
 
 		 192 aa  140  9.999999999999999e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000121827  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1391  DNA-directed RNA polymerase  38.98 
 
 		 180 aa  138  6e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0245  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  38.07 
 
 		 213 aa  137  1e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0568  DNA-directed RNA polymerase  39 
 
 		 199 aa  133  1.9999999999999998e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.686614  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0603  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  39.33 
 
 		 199 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  38.14 
 
 		 222 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1321  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.07 
 
 		 206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2231  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  36.61 
 
 		 191 aa  122  5e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.569395 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0922  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  35.87 
 
 		 195 aa  120  9.999999999999999e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.188149 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0728  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  36.7 
 
 		 192 aa  119  1.9999999999999998e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.878549 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1488  DNA-directed RNA polymerase  34.92 
 
 		 189 aa  119  3.9999999999999996e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.462584  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0897  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  35.2 
 
 		 191 aa  116  3e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.762651  normal  0.613497 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2207  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  35.64 
 
 		 189 aa  116  3e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3454  DNA-directed RNA polymerase  35.16 
 
 		 191 aa  114  8.999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2396  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  31.75 
 
 		 191 aa  109  2.0000000000000002e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1990  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  36.41 
 
 		 194 aa  107  1e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34242  subunit of RNA polymerase III  31.48 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0406434 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_19835  predicted protein  31.73 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.241408  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01521  RNA polymerase II subunit 7 (AFU_orthologue; AFUA_8G05300)  22.22 
 
 		 169 aa  53.9  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35680  predicted protein  27.01 
 
 		 181 aa  53.5  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04750  conserved hypothetical protein  23.53 
 
 		 172 aa  48.9  0.00005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.551706  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  32.39 
 
 		 749 aa  48.9  0.00005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  35.09 
 
 		 721 aa  48.1  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1407  ribonuclease R  32.88 
 
 		 880 aa  47.4  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243044  normal  0.755444 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  29.58 
 
 		 834 aa  46.6  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28240  RNA polymerase II subunit  23.17 
 
 		 173 aa  47.4  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.18212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  31.08 
 
 		 749 aa  46.2  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  31.08 
 
 		 736 aa  46.2  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1463  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.23 
 
 		 698 aa  46.2  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  33.33 
 
 		 752 aa  46.6  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  34.78 
 
 		 804 aa  45.4  0.0006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_15619  predicted protein  25.81 
 
 		 208 aa  45.4  0.0006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  29.41 
 
 		 814 aa  45.4  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  31.43 
 
 		 813 aa  45.1  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  28.97 
 
 		 396 aa  45.1  0.0007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  31.43 
 
 		 813 aa  45.1  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  30.99 
 
 		 833 aa  45.1  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  31.43 
 
 		 813 aa  45.1  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  31.43 
 
 		 813 aa  45.1  0.0008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  31.43 
 
 		 813 aa  45.1  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  31.43 
 
 		 813 aa  45.1  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  31.43 
 
 		 813 aa  45.1  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  31.43 
 
 		 813 aa  45.1  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  31.43 
 
 		 813 aa  45.1  0.0008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  28.57 
 
 		 806 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  28.57 
 
 		 808 aa  44.3  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  28.57 
 
 		 804 aa  44.3  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  28.57 
 
 		 810 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  28.57 
 
 		 808 aa  44.3  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.94 
 
 		 722 aa  44.3  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37948  predicted protein  19.35 
 
 		 179 aa  44.3  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0428372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  27.88 
 
 		 824 aa  44.3  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  28.57 
 
 		 382 aa  44.3  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  28.57 
 
 		 806 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  32.39 
 
 		 828 aa  44.3  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  28.57 
 
 		 812 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  28.57 
 
 		 806 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  28.57 
 
 		 808 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  27.71 
 
 		 762 aa  43.5  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1810  RNA-binding S1 domain-containing protein  34.94 
 
 		 728 aa  43.5  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.547595  normal  0.164556 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  26.13 
 
 		 819 aa  43.5  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  30.39 
 
 		 584 aa  43.5  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0164  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.22 
 
 		 704 aa  43.9  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  28.57 
 
 		 792 aa  43.9  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  30 
 
 		 812 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  30 
 
 		 812 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  30 
 
 		 812 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  30 
 
 		 812 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  30 
 
 		 812 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  26.51 
 
 		 758 aa  43.5  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  25.27 
 
 		 818 aa  42.4  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  28.38 
 
 		 735 aa  42.4  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2628  Tex-like protein protein-like protein  29.03 
 
 		 801 aa  42.7  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.168465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.72 
 
 		 713 aa  42.4  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.6 
 
 		 696 aa  42.7  0.004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.6 
 
 		 696 aa  42.7  0.004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0737  ribonuclease R  25.93 
 
 		 852 aa  42.7  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.428134  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  33.71 
 
 		 705 aa  42.7  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  29.85 
 
 		 808 aa  42.4  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.51 
 
 		 693 aa  42  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2449  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  27.37 
 
 		 643 aa  42  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000629318  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  30.77 
 
 		 808 aa  42  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.18 
 
 		 707 aa  42  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2797  hypothetical protein  30.12 
 
 		 134 aa  42  0.006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000000939181  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2483  hypothetical protein  30.12 
 
 		 134 aa  42  0.006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000579369  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  30.77 
 
 		 808 aa  42  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1628  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  38.6 
 
 		 741 aa  42  0.006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000106447 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0613  RNA binding S1 domain protein  32.91 
 
 		 558 aa  42  0.006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000620529  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>