More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2372 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_2372  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 310 aa  593  1e-168  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4675  RpiR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 336 aa  118  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0109313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0717  transcriptional regulator protein  28.62 
 
 		 298 aa  90.9  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3437  RpiR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 295 aa  85.9  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.470052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4354  RpiR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.639111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3318  iron transport system regulatory protein FitR  29.06 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0873687 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4338  iron transport system regulatory protein FitR  29.96 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 		 278 aa  79  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 280 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  25.9 
 
 		 283 aa  73.2  0.000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  30.48 
 
 		 277 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 266 aa  72.4  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  27.68 
 
 		 279 aa  72  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  29.52 
 
 		 280 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  27.8 
 
 		 280 aa  71.2  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  29.52 
 
 		 280 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  25.12 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  27.23 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 266 aa  69.7  0.00000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 280 aa  69.7  0.00000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 281 aa  69.3  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 314 aa  68.9  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 277 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  26.55 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  25.53 
 
 		 279 aa  68.2  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  20.45 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  20.45 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  25.26 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 272 aa  66.2  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  29.05 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.95 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  28.57 
 
 		 278 aa  65.5  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  25.29 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  26.63 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  29.26 
 
 		 320 aa  64.3  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 289 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.36 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  24.36 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  24.36 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.36 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.36 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.36 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.36 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.36 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  21.65 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.36 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.71 
 
 		 282 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.38 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.71 
 
 		 282 aa  63.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.71 
 
 		 282 aa  63.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.38 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.71 
 
 		 282 aa  63.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.38 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  26.63 
 
 		 284 aa  62.8  0.000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  20.66 
 
 		 277 aa  62.4  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  33.55 
 
 		 290 aa  62.4  0.000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.47 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 280 aa  62  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.71 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  26.28 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  20.82 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  27.94 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  19.71 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  30 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  23.19 
 
 		 280 aa  60.1  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  21.03 
 
 		 287 aa  60.1  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  25 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 283 aa  58.9  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  18.08 
 
 		 297 aa  58.5  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 642 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 642 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 642 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 272 aa  57.8  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 642 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.47 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  24.62 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  23.35 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  41.18 
 
 		 288 aa  57  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 312 aa  57  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  27.91 
 
 		 281 aa  57  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 293 aa  57  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>