225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0920 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009440  Msed_0920  coenzyme F420-reducing hydrogenase alpha subunit-like protein  100 
 
 
379 aa  771    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.34 
 
 
481 aa  93.6  6e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.19 
 
 
485 aa  88.6  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.72 
 
 
439 aa  87.8  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.04 
 
 
477 aa  87.8  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  22.46 
 
 
485 aa  84.7  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  22.88 
 
 
474 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.9 
 
 
485 aa  82.8  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  22.86 
 
 
475 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.94 
 
 
458 aa  81.3  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  35.12 
 
 
518 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.22 
 
 
484 aa  79.3  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  30.67 
 
 
532 aa  78.6  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  30.67 
 
 
532 aa  78.6  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  23.31 
 
 
475 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.66 
 
 
472 aa  74.3  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.71 
 
 
531 aa  74.3  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.43 
 
 
509 aa  74.3  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.71 
 
 
531 aa  74.3  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  22.67 
 
 
475 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.59 
 
 
547 aa  71.6  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.27 
 
 
531 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  27.52 
 
 
535 aa  70.9  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1437  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.74 
 
 
417 aa  70.5  0.00000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.48 
 
 
531 aa  70.1  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  29.27 
 
 
532 aa  69.7  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  26.61 
 
 
536 aa  69.3  0.00000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  30.41 
 
 
526 aa  68.9  0.0000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.3 
 
 
505 aa  69.3  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.41 
 
 
597 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.49 
 
 
531 aa  67.8  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.27 
 
 
562 aa  67.8  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.95 
 
 
545 aa  67  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.48 
 
 
532 aa  67  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.1 
 
 
540 aa  67  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  29.7 
 
 
535 aa  66.2  0.0000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.17 
 
 
558 aa  64.3  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  29.55 
 
 
526 aa  63.9  0.000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.99 
 
 
485 aa  64.3  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.65 
 
 
526 aa  63.5  0.000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.85 
 
 
480 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  29.27 
 
 
534 aa  62.8  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.96 
 
 
572 aa  62.4  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.29 
 
 
572 aa  62.4  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  19.96 
 
 
470 aa  62  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.29 
 
 
572 aa  62  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.12 
 
 
465 aa  61.2  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.05 
 
 
566 aa  61.2  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.52 
 
 
513 aa  61.2  0.00000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.78 
 
 
597 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.73 
 
 
597 aa  60.1  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.9 
 
 
566 aa  60.1  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.9 
 
 
569 aa  60.1  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.9 
 
 
573 aa  59.3  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.71 
 
 
572 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  36.47 
 
 
548 aa  58.9  0.0000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.43 
 
 
517 aa  58.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  35.71 
 
 
572 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.26 
 
 
514 aa  58.2  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.9 
 
 
572 aa  58.5  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  23.81 
 
 
496 aa  58.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.05 
 
 
481 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  37.21 
 
 
545 aa  58.5  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.41 
 
 
481 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0977  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.27 
 
 
418 aa  57.8  0.0000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390644  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1712  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  24.54 
 
 
418 aa  57.8  0.0000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  30.48 
 
 
597 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  30.48 
 
 
597 aa  57.4  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  30.48 
 
 
597 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  30.48 
 
 
597 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  30.48 
 
 
597 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  21.29 
 
 
488 aa  57.4  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.48 
 
 
598 aa  57  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.51 
 
 
554 aa  57  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.18 
 
 
566 aa  56.6  0.0000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.73 
 
 
569 aa  56.2  0.0000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  25.12 
 
 
596 aa  56.2  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.33 
 
 
595 aa  56.2  0.0000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.53 
 
 
596 aa  55.8  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  34.07 
 
 
568 aa  55.5  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08120  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  30.71 
 
 
601 aa  55.8  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.54 
 
 
488 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.37 
 
 
567 aa  55.5  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  32.53 
 
 
567 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  32.53 
 
 
567 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.53 
 
 
567 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  32.53 
 
 
567 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  32.53 
 
 
567 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  32.53 
 
 
567 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.05 
 
 
568 aa  55.5  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  32.53 
 
 
567 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1167  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  33.33 
 
 
406 aa  55.1  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.819635  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.33 
 
 
619 aa  55.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4594  Cytochrome-c3 hydrogenase  31.15 
 
 
597 aa  55.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  32.53 
 
 
567 aa  55.1  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  32.53 
 
 
567 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.7 
 
 
618 aa  55.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  32.61 
 
 
618 aa  54.7  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.23 
 
 
418 aa  55.5  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.71 
 
 
578 aa  55.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>