More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0113 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0113  PAS sensor protein  100 
 
 
160 aa  318  3e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4785  PAS sensor protein  82.17 
 
 
158 aa  238  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3363  PAS sensor protein  82.17 
 
 
158 aa  238  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.435353  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0526  putative PAS/PAC sensor protein  76.6 
 
 
157 aa  199  9e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1662  putative PAS/PAC sensor protein  68.79 
 
 
157 aa  176  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18425  normal  0.642578 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6357  PAS sensor protein  60.68 
 
 
156 aa  155  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1140  putative PAS/PAC sensor protein  56.76 
 
 
132 aa  113  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113848 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  44.55 
 
 
336 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2903  putative PAS/PAC sensor protein  41.28 
 
 
400 aa  95.9  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.097748  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  42.62 
 
 
336 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  42.5 
 
 
326 aa  92  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1833  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.9 
 
 
687 aa  89  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  40.16 
 
 
336 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.09 
 
 
1562 aa  85.9  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0882  putative PAS/PAC sensor protein  35.92 
 
 
166 aa  85.5  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  36.19 
 
 
425 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 
419 aa  79  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.4 
 
 
448 aa  77  0.00000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4536  putative PAS/PAC sensor protein  39.25 
 
 
194 aa  76.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  35.19 
 
 
418 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0896  signal transduction histidine kinase  33.64 
 
 
839 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335338  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.58 
 
 
1059 aa  76.3  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  41.07 
 
 
792 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 
1877 aa  75.1  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  35.29 
 
 
541 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  35.29 
 
 
541 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.6 
 
 
758 aa  75.1  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0613125 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  34.68 
 
 
684 aa  74.3  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.05 
 
 
424 aa  73.9  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  37.27 
 
 
723 aa  73.6  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.45 
 
 
1741 aa  73.6  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  34.45 
 
 
541 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  31.67 
 
 
763 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  36.17 
 
 
463 aa  70.9  0.000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
1238 aa  70.9  0.000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 
884 aa  70.5  0.000000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1806  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.86 
 
 
574 aa  69.7  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.55767  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0219  hypothetical protein  27.74 
 
 
292 aa  70.1  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0219  hypothetical protein  27.74 
 
 
292 aa  69.7  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 
1692 aa  70.5  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  30.83 
 
 
748 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35077  predicted protein  31.37 
 
 
110 aa  69.3  0.00000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0655449 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1127  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.86 
 
 
989 aa  68.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.476664 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5660  hypothetical protein  30.6 
 
 
839 aa  69.7  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.32582 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0511  putative PAS/PAC sensor protein  33.62 
 
 
495 aa  69.7  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1778  putative PAS/PAC sensor protein  33.06 
 
 
131 aa  68.9  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0428766  normal  0.338613 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1488  PAS  31.62 
 
 
531 aa  68.6  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.877677 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 
578 aa  68.9  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000382  putative sensory box sensor histidine kinase/response regulator  34.62 
 
 
873 aa  68.6  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0298  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.4 
 
 
709 aa  68.2  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.29 
 
 
1183 aa  68.6  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543508  normal  0.654737 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.29 
 
 
1183 aa  68.6  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.8 
 
 
766 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.96 
 
 
920 aa  68.2  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0269119  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  35.71 
 
 
365 aa  68.2  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  34 
 
 
463 aa  67.8  0.00000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 
654 aa  67.8  0.00000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 
1820 aa  67.4  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.15 
 
 
905 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
1568 aa  67  0.00000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1574  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 
841 aa  66.6  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.26 
 
 
890 aa  66.6  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2986  PAS domain-containing protein  30 
 
 
150 aa  66.6  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24395  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.86 
 
 
764 aa  66.6  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.47 
 
 
791 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.12 
 
 
989 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.58 
 
 
861 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  29.09 
 
 
824 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  33.33 
 
 
534 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1426  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.03 
 
 
1079 aa  65.9  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.688315  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3170  putative PAS/PAC sensor protein  33.05 
 
 
148 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0594815  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  31 
 
 
491 aa  65.9  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1688  diguanylate cyclase  34.74 
 
 
546 aa  65.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  33.96 
 
 
507 aa  65.5  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 
1138 aa  65.5  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2558  signal transduction protein  31.2 
 
 
1061 aa  65.5  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139112  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.55 
 
 
917 aa  65.5  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03712  hypothetical protein  33.33 
 
 
1178 aa  65.1  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433519  normal  0.713314 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01583  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  30.56 
 
 
477 aa  64.7  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  33.94 
 
 
581 aa  65.1  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  30.4 
 
 
680 aa  64.7  0.0000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
1108 aa  64.7  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0221086  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0188  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.32 
 
 
578 aa  64.7  0.0000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  28 
 
 
1057 aa  64.3  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  31.82 
 
 
760 aa  64.3  0.0000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0812  putative PAS/PAC sensor protein  38.3 
 
 
152 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0019  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.51 
 
 
835 aa  63.9  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2683  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.54 
 
 
1023 aa  63.9  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000849371 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2042  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
477 aa  63.9  0.0000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.562637  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49060  cyclic di-GMP signal transduction protein  33.08 
 
 
553 aa  63.9  0.0000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.60353  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.97 
 
 
896 aa  63.5  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.8 
 
 
568 aa  63.2  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.4 
 
 
1040 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3230  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  29.2 
 
 
587 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.235799 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.38 
 
 
1021 aa  63.5  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0896  sensor protein  29.41 
 
 
158 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
461 aa  63.5  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
389 aa  63.5  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.350023  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.59 
 
 
1287 aa  63.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2006  putative blue-light photoreceptor  34 
 
 
139 aa  63.5  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0395879 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>