More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1624 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_1624  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
298 aa  597  1e-170  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00188166  normal  0.266938 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.91 
 
 
406 aa  196  5.000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.46 
 
 
405 aa  161  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.69 
 
 
410 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3860  DNA polymerase III epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease-like protein  51.72 
 
 
407 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0792878  normal  0.0698195 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.75 
 
 
547 aa  135  9e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0866  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.76 
 
 
204 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.183272 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7047  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.72 
 
 
382 aa  116  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  40.96 
 
 
389 aa  106  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0714  exonuclease  32.62 
 
 
516 aa  103  2e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  45 
 
 
224 aa  100  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0436  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.72 
 
 
339 aa  98.2  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0464133  normal  0.956681 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
330 aa  95.9  7e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  32.84 
 
 
330 aa  95.1  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  32.84 
 
 
330 aa  95.1  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2347  exonuclease  39.16 
 
 
313 aa  94.7  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3952  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.88 
 
 
169 aa  93.2  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35510  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  37.65 
 
 
611 aa  92.8  7e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  36.02 
 
 
379 aa  92  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.57 
 
 
462 aa  91.7  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  38.46 
 
 
530 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.53 
 
 
459 aa  90.9  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  31.03 
 
 
345 aa  90.1  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.48 
 
 
463 aa  90.1  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9062  DNA-directed DNA polymerase  37.65 
 
 
189 aa  90.1  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.46 
 
 
449 aa  89.7  5e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  37.14 
 
 
720 aa  89.4  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.9 
 
 
375 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.31 
 
 
398 aa  88.2  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.32 
 
 
590 aa  89  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.38 
 
 
375 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.54 
 
 
530 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.87 
 
 
470 aa  87.4  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.38 
 
 
375 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.38 
 
 
375 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  30.1 
 
 
333 aa  87  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.38 
 
 
375 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.89 
 
 
328 aa  86.7  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13743  DNA polymerase III subunit epsilon  36.21 
 
 
329 aa  87  4e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000832595  normal  0.511972 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.9 
 
 
378 aa  85.9  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.73 
 
 
392 aa  85.9  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.7 
 
 
383 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.82 
 
 
453 aa  85.1  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.32 
 
 
502 aa  85.5  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.7 
 
 
395 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  38.75 
 
 
381 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.12 
 
 
456 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  38.75 
 
 
381 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.63 
 
 
228 aa  84  0.000000000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  38.75 
 
 
381 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.31 
 
 
565 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.73 
 
 
180 aa  82.4  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  31.87 
 
 
457 aa  82.8  0.000000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.14 
 
 
201 aa  82  0.00000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.76 
 
 
456 aa  80.9  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.74 
 
 
231 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.94 
 
 
234 aa  80.1  0.00000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  32.52 
 
 
239 aa  80.1  0.00000000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  29.95 
 
 
230 aa  80.1  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  34.81 
 
 
236 aa  80.1  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.32 
 
 
476 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  30.82 
 
 
217 aa  79.7  0.00000000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.19 
 
 
240 aa  79.3  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.31 
 
 
442 aa  79.3  0.00000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.7 
 
 
715 aa  79.7  0.00000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  34.76 
 
 
170 aa  79.3  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.66 
 
 
280 aa  79.3  0.00000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  34.97 
 
 
797 aa  79  0.00000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.59 
 
 
204 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.15 
 
 
231 aa  78.2  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  36.88 
 
 
954 aa  79  0.0000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.85 
 
 
232 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  37.65 
 
 
236 aa  78.2  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  33.33 
 
 
233 aa  77.8  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  33.33 
 
 
233 aa  78.2  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.65 
 
 
232 aa  78.2  0.0000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.62 
 
 
921 aa  78.2  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
231 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.74 
 
 
239 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.45 
 
 
769 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.32 
 
 
225 aa  77  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.72 
 
 
203 aa  77  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.54 
 
 
236 aa  77  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  34.81 
 
 
242 aa  76.6  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
228 aa  76.6  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.29 
 
 
232 aa  76.6  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  31.45 
 
 
1449 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  33.54 
 
 
204 aa  76.3  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.73 
 
 
240 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  31.45 
 
 
1449 aa  75.9  0.0000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  29.63 
 
 
250 aa  75.9  0.0000000000009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.48 
 
 
466 aa  75.1  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 
205 aa  75.1  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.54 
 
 
239 aa  75.1  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  29.09 
 
 
1397 aa  74.7  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  40.38 
 
 
238 aa  74.3  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.29 
 
 
231 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.9 
 
 
231 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  31.29 
 
 
578 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.93 
 
 
236 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>