More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_6083 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
308 aa  629  1e-179  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.04 
 
 
258 aa  125  9e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.2 
 
 
269 aa  123  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.97 
 
 
257 aa  123  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.63 
 
 
256 aa  118  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  30.74 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  30.43 
 
 
258 aa  115  7.999999999999999e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  31.73 
 
 
283 aa  112  6e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.56 
 
 
328 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.56 
 
 
270 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  26.25 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  25.1 
 
 
232 aa  77.8  0.0000000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  43.24 
 
 
242 aa  77.8  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  33.73 
 
 
1440 aa  76.3  0.0000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  32.74 
 
 
242 aa  72.4  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  31.93 
 
 
238 aa  72  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  35.97 
 
 
231 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.25 
 
 
237 aa  68.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  32.34 
 
 
236 aa  68.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  31.67 
 
 
238 aa  67.8  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.33 
 
 
231 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  28.49 
 
 
1402 aa  66.6  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  37.5 
 
 
244 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.47 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  37.5 
 
 
249 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  30.99 
 
 
217 aa  65.1  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  33.12 
 
 
234 aa  65.1  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  33.12 
 
 
234 aa  65.1  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.22 
 
 
406 aa  64.3  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1025  DNA polymerase III, epsilon subunit/ATP-dependent helicase DinG  26.74 
 
 
902 aa  64.3  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.58 
 
 
238 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  38.89 
 
 
244 aa  63.9  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.07 
 
 
226 aa  63.9  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  38.05 
 
 
252 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.06 
 
 
236 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.17 
 
 
228 aa  63.9  0.000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  36.54 
 
 
244 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.73 
 
 
864 aa  63.5  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.58 
 
 
225 aa  63.5  0.000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.11 
 
 
470 aa  63.2  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.54 
 
 
410 aa  63.2  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  35.92 
 
 
389 aa  63.5  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.38 
 
 
237 aa  63.5  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  28.37 
 
 
177 aa  63.5  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  35.58 
 
 
242 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.05 
 
 
238 aa  62.8  0.000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.52 
 
 
262 aa  62.8  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.86 
 
 
238 aa  62  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.42 
 
 
236 aa  62.4  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  33.65 
 
 
242 aa  62  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  33.98 
 
 
244 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.61 
 
 
234 aa  62  0.00000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0371  DNA polymerase III, alpha subunit  32.78 
 
 
1485 aa  62  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  33.65 
 
 
242 aa  62  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1361  DNA polymerase III subunit epsilon  35.85 
 
 
239 aa  62  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.28 
 
 
241 aa  62  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  34.65 
 
 
287 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.09 
 
 
240 aa  61.2  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  31.82 
 
 
584 aa  61.2  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.13 
 
 
234 aa  61.2  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.12 
 
 
243 aa  61.6  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.61 
 
 
453 aa  60.8  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  34.62 
 
 
240 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  30.81 
 
 
239 aa  60.8  0.00000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  34.62 
 
 
253 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  34.62 
 
 
253 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1296  DNA polymerase III subunit epsilon  34.91 
 
 
239 aa  60.8  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  34.62 
 
 
240 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  30 
 
 
584 aa  60.8  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  34.62 
 
 
253 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  34.62 
 
 
253 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  34.62 
 
 
253 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  33.65 
 
 
244 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
463 aa  60.1  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  33.65 
 
 
244 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.09 
 
 
442 aa  60.1  0.00000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  33.65 
 
 
244 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  33.98 
 
 
244 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  34.95 
 
 
244 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.11 
 
 
595 aa  60.1  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  35.85 
 
 
245 aa  60.1  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2347  exonuclease  31.1 
 
 
313 aa  60.1  0.00000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0845  DNA polymerase III subunit epsilon  30.77 
 
 
243 aa  60.1  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  28.92 
 
 
1436 aa  59.7  0.00000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  28.92 
 
 
1438 aa  59.7  0.00000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  37.96 
 
 
252 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  28.92 
 
 
1438 aa  59.7  0.00000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  31.39 
 
 
241 aa  59.7  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.38 
 
 
231 aa  59.7  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.85 
 
 
944 aa  59.7  0.00000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.89 
 
 
234 aa  59.7  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.33 
 
 
715 aa  59.3  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  27.32 
 
 
239 aa  59.3  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  26.95 
 
 
1442 aa  59.3  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.92 
 
 
235 aa  59.7  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  29.48 
 
 
228 aa  58.9  0.00000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  33.65 
 
 
241 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1310  DNA polymerase III, alpha subunit  28.89 
 
 
1510 aa  58.9  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  32.43 
 
 
241 aa  58.5  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.93 
 
 
462 aa  58.5  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>