More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0466 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0466  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
147 aa  304  3e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.98341  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0483  putative PAS/PAC sensor protein  94.56 
 
 
147 aa  290  4e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000401014 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0298  putative PAS/PAC sensor protein  59.15 
 
 
149 aa  188  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.169835  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3152  sensory box protein  58.62 
 
 
151 aa  184  4e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0214  putative PAS/PAC sensor protein  56.74 
 
 
144 aa  179  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3857  putative PAS/PAC sensor protein  57.24 
 
 
145 aa  177  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.759378  normal  0.914632 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2658  putative PAS/PAC sensor protein  57.35 
 
 
145 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1034  putative PAS/PAC sensor protein  56.15 
 
 
158 aa  166  9e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1202  putative PAS/PAC sensor protein  55.64 
 
 
144 aa  165  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3172  putative PAS/PAC sensor protein  56.93 
 
 
151 aa  160  5.0000000000000005e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.920236  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3701  putative PAS/PAC sensor protein  52.76 
 
 
145 aa  159  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4841  putative PAS/PAC sensor protein  51.52 
 
 
143 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1781  putative PAS/PAC sensor protein  48.25 
 
 
144 aa  147  5e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345246  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0488  putative PAS/PAC sensor protein  51.88 
 
 
148 aa  147  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1710  putative PAS/PAC sensor protein  48.25 
 
 
144 aa  147  6e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.010044  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4662  PAS  48.15 
 
 
145 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  47.55 
 
 
144 aa  145  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3616  putative PAS/PAC sensor protein  48.53 
 
 
143 aa  145  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62766  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0362  putative PAS/PAC sensor protein  55.12 
 
 
141 aa  144  5e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2802  putative PAS/PAC sensor protein  48.15 
 
 
152 aa  142  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.540476  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5581  putative PAS/PAC sensor protein  51.16 
 
 
157 aa  141  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.595222 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1206  PAS sensor protein  50.38 
 
 
149 aa  140  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.490223  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1366  putative PAS/PAC sensor protein  51.13 
 
 
149 aa  140  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0282  transcriptional regulator  53.54 
 
 
141 aa  140  7e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.283126  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1145  putative PAS/PAC sensor protein  50.38 
 
 
149 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2761  putative PAS/PAC sensor protein  47.41 
 
 
143 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4485  putative PAS/PAC sensor protein  47.76 
 
 
145 aa  137  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2133  putative PAS/PAC sensor protein  55.17 
 
 
141 aa  135  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625741  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6742  putative PAS/PAC sensor protein  45.77 
 
 
143 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.63921  normal  0.585827 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4051  putative PAS/PAC sensor protein  46.21 
 
 
142 aa  133  8e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.949542  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2500  putative PAS/PAC sensor protein  45.11 
 
 
143 aa  130  6.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0639  putative PAS/PAC sensor protein  45.19 
 
 
142 aa  125  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5550  putative PAS/PAC sensor protein  47.97 
 
 
141 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0993  putative PAS/PAC sensor protein  43.08 
 
 
146 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  38.71 
 
 
139 aa  101  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3803  PAS  38.06 
 
 
143 aa  94.7  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051055 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0692  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.66 
 
 
620 aa  87.8  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  35.66 
 
 
907 aa  83.2  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.33 
 
 
1088 aa  82.4  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 
1374 aa  81.6  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  31.88 
 
 
965 aa  76.6  0.00000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  37.69 
 
 
692 aa  76.3  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.84 
 
 
1193 aa  76.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
705 aa  76.6  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  33.59 
 
 
460 aa  76.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.86 
 
 
1721 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1371  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
516 aa  74.7  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.768214  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  35.61 
 
 
368 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  31.16 
 
 
1589 aa  73.2  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.8 
 
 
898 aa  73.6  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  30.33 
 
 
945 aa  72.4  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0431  putative PAS/PAC sensor protein  48.48 
 
 
67 aa  72  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00281975  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9007  two component sensor kinase  31.25 
 
 
359 aa  72  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  32.81 
 
 
1248 aa  71.2  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.27 
 
 
695 aa  71.2  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1811  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 
1085 aa  71.2  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.565529  normal  0.532209 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 
851 aa  70.5  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  33.33 
 
 
1154 aa  69.3  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.16 
 
 
1158 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.78 
 
 
774 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3278  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  35.2 
 
 
2468 aa  70.1  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0267066 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
832 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0877  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.35 
 
 
1050 aa  68.2  0.00000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.948624  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 
979 aa  67.8  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.37 
 
 
1313 aa  67.4  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.82 
 
 
693 aa  67.4  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000343207  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2374  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  31.82 
 
 
693 aa  67.4  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185954  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1658  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  31.82 
 
 
693 aa  67.4  0.00000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000881395  normal  0.485091 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0825  signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
455 aa  67  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
637 aa  67  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  35.34 
 
 
732 aa  66.6  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.81 
 
 
775 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 
502 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36757  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3508  putative PAS/PAC sensor protein  32.09 
 
 
554 aa  66.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.254838 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.07 
 
 
1548 aa  66.2  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1531  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 
643 aa  65.9  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3250  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  30.08 
 
 
1348 aa  65.5  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534329  normal  0.0270765 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3213  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
778 aa  65.5  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  35.88 
 
 
515 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 
857 aa  65.1  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
654 aa  65.1  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.728607  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.85 
 
 
639 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  31.54 
 
 
936 aa  64.7  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  31.15 
 
 
446 aa  64.7  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.37 
 
 
648 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1622  putative PAS/PAC sensor protein  29.75 
 
 
775 aa  64.7  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0914545  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36420  putative sensor/response regulator hybrid  36.88 
 
 
699 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426849  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  30.47 
 
 
1289 aa  64.3  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 
515 aa  64.3  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 
1002 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4133  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.03 
 
 
1629 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  29.75 
 
 
754 aa  63.9  0.0000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2563  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 
543 aa  63.9  0.0000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  37.12 
 
 
650 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.43 
 
 
740 aa  63.9  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3247  sensory transduction histidine kinase  28.69 
 
 
746 aa  63.5  0.0000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0645212 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.86 
 
 
642 aa  63.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 
499 aa  63.5  0.0000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4337  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.03 
 
 
1629 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.571014  normal  0.322198 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4205  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.03 
 
 
1625 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>