227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0035 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  100 
 
 		 179 aa  360  7.0000000000000005e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  58.19 
 
 		 184 aa  197  6e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  50.28 
 
 		 182 aa  178  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  50.56 
 
 		 184 aa  177  9e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  49.43 
 
 		 184 aa  174  4e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  47.34 
 
 		 184 aa  139  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  42.46 
 
 		 186 aa  130  7.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  40.68 
 
 		 199 aa  129  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  41.95 
 
 		 179 aa  120  9e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  37.71 
 
 		 182 aa  118  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  37.85 
 
 		 195 aa  117  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  38.38 
 
 		 188 aa  117  6e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  39.27 
 
 		 190 aa  117  9e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  38.07 
 
 		 179 aa  116  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  35.96 
 
 		 178 aa  114  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  38.76 
 
 		 193 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  37.29 
 
 		 199 aa  113  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  43.78 
 
 		 177 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  39.47 
 
 		 184 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  38.95 
 
 		 184 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  38.42 
 
 		 204 aa  110  9e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  36.72 
 
 		 188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  35.96 
 
 		 178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  35.75 
 
 		 179 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  36.93 
 
 		 189 aa  108  6e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 		 195 aa  107  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  33.71 
 
 		 178 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  35.03 
 
 		 179 aa  107  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  39.23 
 
 		 190 aa  107  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  38.46 
 
 		 194 aa  106  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  34.73 
 
 		 183 aa  105  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  36.52 
 
 		 178 aa  104  8e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  35.59 
 
 		 178 aa  104  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  38.46 
 
 		 183 aa  103  9e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  33.53 
 
 		 197 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  32.77 
 
 		 197 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  37.22 
 
 		 188 aa  102  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  35.29 
 
 		 183 aa  99.8  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  34.08 
 
 		 196 aa  99  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  32.8 
 
 		 192 aa  98.2  5e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  35.52 
 
 		 185 aa  98.2  5e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  35.03 
 
 		 196 aa  98.2  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  35.03 
 
 		 196 aa  97.4  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  35.94 
 
 		 178 aa  97.1  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  33.93 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  32 
 
 		 177 aa  95.5  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  35.36 
 
 		 191 aa  95.5  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  30.43 
 
 		 189 aa  94.7  7e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  33.9 
 
 		 177 aa  94.7  7e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  35.45 
 
 		 195 aa  94.4  8e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  35.23 
 
 		 179 aa  93.6  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  36.09 
 
 		 180 aa  94  1e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  40.44 
 
 		 179 aa  94  1e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  31.35 
 
 		 193 aa  91.7  5e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  35.61 
 
 		 189 aa  91.3  7e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  35.59 
 
 		 176 aa  90.1  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  31.32 
 
 		 188 aa  90.5  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  33.16 
 
 		 193 aa  89.7  2e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  34.67 
 
 		 184 aa  90.1  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  33.14 
 
 		 187 aa  89.7  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  35.56 
 
 		 179 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 189 aa  89.7  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  31.64 
 
 		 179 aa  88.6  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  34.91 
 
 		 181 aa  88.2  5e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  33.9 
 
 		 188 aa  88.2  6e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  36.11 
 
 		 177 aa  87.8  8e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  29.14 
 
 		 194 aa  87  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 188 aa  87  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  38.13 
 
 		 185 aa  86.3  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  33.86 
 
 		 190 aa  86.3  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  34.31 
 
 		 193 aa  85.9  3e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  34.52 
 
 		 180 aa  85.9  3e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  39.13 
 
 		 195 aa  84.7  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  28.87 
 
 		 182 aa  84  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  31.55 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  32.34 
 
 		 194 aa  84  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  32.24 
 
 		 186 aa  84  0.000000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  36.3 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  33.52 
 
 		 180 aa  83.6  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  33.07 
 
 		 181 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  33.86 
 
 		 181 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  33.86 
 
 		 181 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  31.15 
 
 		 187 aa  83.2  0.000000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  29.01 
 
 		 171 aa  83.2  0.000000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  36.3 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  31.32 
 
 		 185 aa  82.8  0.000000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  34.11 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  34.65 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  33.86 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  34.32 
 
 		 186 aa  82  0.000000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  33.9 
 
 		 179 aa  82  0.000000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  33.09 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  29.31 
 
 		 194 aa  81.6  0.000000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  30.18 
 
 		 182 aa  81.3  0.000000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  30.93 
 
 		 190 aa  81.6  0.000000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  33.59 
 
 		 174 aa  81.3  0.000000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  33.86 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  33.33 
 
 		 181 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  33.33 
 
 		 181 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  33.33 
 
 		 181 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>