206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2711 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2711  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 443 aa  910    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.434968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.01 
 
 		 490 aa  126  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.57 
 
 		 490 aa  124  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  27.87 
 
 		 522 aa  122  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.14 
 
 		 495 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.85 
 
 		 484 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.98 
 
 		 507 aa  121  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.97 
 
 		 510 aa  120  7e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.61 
 
 		 495 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.89 
 
 		 488 aa  118  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.76 
 
 		 505 aa  115  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.2 
 
 		 483 aa  114  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0719  putative glutamate decarboxylase  26.01 
 
 		 548 aa  114  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.07 
 
 		 511 aa  113  5e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.56 
 
 		 489 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.2 
 
 		 530 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  27 
 
 		 548 aa  110  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.67 
 
 		 534 aa  109  8.000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.97 
 
 		 459 aa  108  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.74 
 
 		 517 aa  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.73 
 
 		 515 aa  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.73 
 
 		 515 aa  107  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.13 
 
 		 529 aa  107  6e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  24.71 
 
 		 548 aa  106  7e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.87 
 
 		 484 aa  106  9e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.73 
 
 		 515 aa  106  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.22 
 
 		 538 aa  105  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  27.47 
 
 		 470 aa  105  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.17 
 
 		 474 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0981  Pyridoxal-dependent decarboxylase  23.88 
 
 		 541 aa  103  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  28 
 
 		 466 aa  103  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.23 
 
 		 551 aa  103  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.5 
 
 		 552 aa  103  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.68 
 
 		 549 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.67 
 
 		 460 aa  101  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.74 
 
 		 551 aa  100  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.02 
 
 		 464 aa  100  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.5 
 
 		 549 aa  99.8  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.05 
 
 		 549 aa  99.8  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.32 
 
 		 511 aa  99  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  22.65 
 
 		 484 aa  99.4  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  29.97 
 
 		 491 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.03 
 
 		 530 aa  98.6  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.35 
 
 		 477 aa  99  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.09 
 
 		 471 aa  98.6  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  26.18 
 
 		 963 aa  99  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  30.81 
 
 		 489 aa  97.8  3e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  29.49 
 
 		 502 aa  98.2  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  22.42 
 
 		 484 aa  97.4  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  22.42 
 
 		 484 aa  97.4  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  22.42 
 
 		 484 aa  97.4  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  27.82 
 
 		 533 aa  97.1  6e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.31 
 
 		 471 aa  96.7  7e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.7 
 
 		 546 aa  95.9  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.88 
 
 		 527 aa  95.1  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.75 
 
 		 492 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.22 
 
 		 466 aa  95.5  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.71 
 
 		 550 aa  95.1  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.69 
 
 		 502 aa  95.5  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.43 
 
 		 552 aa  95.1  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.49 
 
 		 517 aa  95.5  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3931  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.23 
 
 		 536 aa  95.5  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.41 
 
 		 480 aa  95.5  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2032  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.73 
 
 		 547 aa  94.7  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0351867  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.72 
 
 		 548 aa  94  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.7 
 
 		 486 aa  94.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.52 
 
 		 515 aa  94.4  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03552  Glutamate decarboxylase putative  25.37 
 
 		 544 aa  94  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.07 
 
 		 503 aa  94  5e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  25.67 
 
 		 543 aa  93.6  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.34 
 
 		 550 aa  93.2  8e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.48 
 
 		 549 aa  93.2  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.24 
 
 		 529 aa  93.2  9e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.52 
 
 		 508 aa  92.4  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.12 
 
 		 475 aa  92.8  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0931  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.5 
 
 		 567 aa  92.4  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.48 
 
 		 549 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  27.02 
 
 		 961 aa  92.4  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.75 
 
 		 573 aa  92.8  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.48 
 
 		 549 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6749  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.83 
 
 		 574 aa  92.4  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.37 
 
 		 488 aa  92  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.91 
 
 		 549 aa  92  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1177  hypothetical protein  29.23 
 
 		 474 aa  91.7  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.21 
 
 		 549 aa  91.3  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.96 
 
 		 486 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.85 
 
 		 494 aa  90.9  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.2 
 
 		 497 aa  90.5  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3584  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.47 
 
 		 611 aa  90.5  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2434  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.75 
 
 		 554 aa  90.1  6e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.21 
 
 		 544 aa  89.7  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.15 
 
 		 466 aa  89.7  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.66 
 
 		 560 aa  89.4  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.644401 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  31.13 
 
 		 577 aa  88.6  2e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  24.94 
 
 		 552 aa  88.6  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0144  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.28 
 
 		 456 aa  88.6  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  26.84 
 
 		 462 aa  89  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  25 
 
 		 546 aa  88.2  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07761  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.93 
 
 		 456 aa  89  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0845725  normal  0.0349206 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.19 
 
 		 479 aa  87.8  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>