More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1984 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1984  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 346 aa  690    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  59.61 
 
 		 335 aa  358  5e-98  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7903  short chain dehydrogenase  59.74 
 
 		 331 aa  344  2e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.943386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4417  short chain dehydrogenase  60.96 
 
 		 350 aa  340  2e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.496663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0273  short chain dehydrogenase  55.12 
 
 		 334 aa  338  7e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.698832 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1077  short chain dehydrogenase  56.17 
 
 		 337 aa  337  2.9999999999999997e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107266 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0472  short chain dehydrogenase  55.59 
 
 		 328 aa  334  1e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  53.97 
 
 		 334 aa  332  4e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2751  short chain dehydrogenase  61.64 
 
 		 345 aa  330  2e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1184  short chain dehydrogenase  55.86 
 
 		 337 aa  328  7e-89  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  52.98 
 
 		 346 aa  323  3e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4173  short chain dehydrogenase  62.87 
 
 		 335 aa  320  3e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  53.05 
 
 		 336 aa  315  5e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2751  short chain dehydrogenase  53.8 
 
 		 336 aa  311  9e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.186259  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.49 
 
 		 350 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.54 
 
 		 332 aa  308  8e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2660  short chain dehydrogenase  53.16 
 
 		 336 aa  304  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2083  short chain dehydrogenase  53.1 
 
 		 332 aa  296  3e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.244735  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.76 
 
 		 334 aa  295  8e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  54.64 
 
 		 327 aa  295  8e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  52.22 
 
 		 331 aa  291  1e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2845  short chain dehydrogenase  53.93 
 
 		 305 aa  286  5e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.484563  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3554  short chain dehydrogenase  53.82 
 
 		 336 aa  276  4e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  49.83 
 
 		 325 aa  275  6e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0420  short chain dehydrogenase  52.2 
 
 		 331 aa  275  6e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64097  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3105  short chain dehydrogenase  47.97 
 
 		 325 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0188574  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2310  short chain dehydrogenase  50.91 
 
 		 371 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.604961  normal  0.538846 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  51.49 
 
 		 327 aa  269  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  51.16 
 
 		 327 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5733  short chain dehydrogenase  49.66 
 
 		 333 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3900  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.69 
 
 		 327 aa  245  6.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.155231 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.19 
 
 		 323 aa  243  3.9999999999999997e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0208567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0028  short chain dehydrogenase  51.37 
 
 		 332 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1657  short chain dehydrogenase  51.03 
 
 		 332 aa  242  9e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0430692 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.65 
 
 		 355 aa  238  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.65 
 
 		 344 aa  237  3e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0855906 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2182  short chain dehydrogenase  49.49 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  36.34 
 
 		 339 aa  206  6e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 		 328 aa  194  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  35.69 
 
 		 336 aa  188  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  36.16 
 
 		 342 aa  143  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 		 295 aa  142  6e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 		 342 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 		 342 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 		 355 aa  138  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 		 342 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  35.23 
 
 		 342 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.84 
 
 		 326 aa  135  8e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.19 
 
 		 369 aa  135  9e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 		 337 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.05 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 		 333 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.23 
 
 		 337 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  30.42 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 		 336 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 		 333 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 		 267 aa  119  9e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  29.73 
 
 		 333 aa  119  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 		 332 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 		 336 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.02 
 
 		 261 aa  116  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 		 336 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.04 
 
 		 241 aa  112  9e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  29.48 
 
 		 441 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 		 332 aa  110  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15937  normal  0.0190305 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.95 
 
 		 238 aa  110  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.65 
 
 		 342 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  28.83 
 
 		 442 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2604  short chain dehydrogenase  29.61 
 
 		 441 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155527 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0343  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 		 330 aa  108  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 		 331 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.317151 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 330 aa  107  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5897  short chain dehydrogenase  27.9 
 
 		 328 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  28.11 
 
 		 441 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.51 
 
 		 404 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.54 
 
 		 326 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.68 
 
 		 269 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0300911  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.1 
 
 		 242 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.1 
 
 		 242 aa  103  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>