More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3065 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 249 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  35.68 
 
 		 242 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  35.68 
 
 		 242 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  35.68 
 
 		 242 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 242 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  35.68 
 
 		 242 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  35.68 
 
 		 242 aa  166  4e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  34.85 
 
 		 242 aa  165  8e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200734 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  35.68 
 
 		 242 aa  164  9e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 237 aa  132  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  28.39 
 
 		 247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  28.94 
 
 		 253 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  28.94 
 
 		 253 aa  112  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  28.94 
 
 		 253 aa  112  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  28.94 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  28.94 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  28.94 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  28.94 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  28.94 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  28.94 
 
 		 253 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  38.36 
 
 		 240 aa  109  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  40.15 
 
 		 274 aa  96.7  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  40.15 
 
 		 274 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.7 
 
 		 274 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  30.7 
 
 		 274 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  30.7 
 
 		 274 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  30.7 
 
 		 274 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  30.7 
 
 		 274 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  40.15 
 
 		 274 aa  95.1  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  36.81 
 
 		 253 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  36.81 
 
 		 253 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  36.81 
 
 		 253 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  36.81 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  36.81 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  36.81 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  36.81 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  39.39 
 
 		 274 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  36.81 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  45 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  33.16 
 
 		 291 aa  93.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  45.92 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  46.81 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  33.16 
 
 		 291 aa  93.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  33.16 
 
 		 291 aa  93.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  45.92 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  43.75 
 
 		 253 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  33.16 
 
 		 291 aa  93.6  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  43.75 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  43.75 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  43.75 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  37.42 
 
 		 291 aa  92.8  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  44.9 
 
 		 309 aa  92  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  43.14 
 
 		 276 aa  92  8e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1164  putative envelope protein encoded within prophage CP-933N  29.69 
 
 		 195 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.378647 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2194  putative transcriptional regulator  30.26 
 
 		 195 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000326413  hitchhiker  0.0000000776188 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 209 aa  87  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3063  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 253 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00454347  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0583  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 253 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0579  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 253 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3086  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 253 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.790206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0639  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 253 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.994132  normal  0.332523 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0092  transcriptional activator of virulence loci  40.4 
 
 		 261 aa  83.6  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  36.29 
 
 		 265 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06341  hypothetical protein  26.28 
 
 		 260 aa  75.5  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4884  hypothetical protein  38.61 
 
 		 271 aa  75.5  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200087 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 339 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4375  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 345 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.987701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 343 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 373 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  39.56 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 352 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 252 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  27.2 
 
 		 259 aa  68.6  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 343 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 364 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 284 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  26.4 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  26.4 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  26.4 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  29.9 
 
 		 347 aa  65.5  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 338 aa  65.5  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 343 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0363  TCP pilus virulence regulatory protein  29.51 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.93807  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 268 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 252 aa  62.8  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>