More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0476 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 		 818 aa  1620    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  44.76 
 
 		 804 aa  669    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  59.63 
 
 		 804 aa  885    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  65.2 
 
 		 802 aa  992    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  70.52 
 
 		 841 aa  1080    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1858  homocysteine S-methyltransferase  60.78 
 
 		 803 aa  895    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  75.58 
 
 		 804 aa  1166    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  45.45 
 
 		 801 aa  611  1e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  43.64 
 
 		 800 aa  608  9.999999999999999e-173  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  43.62 
 
 		 804 aa  588  1e-166  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  44.95 
 
 		 804 aa  581  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  43.5 
 
 		 813 aa  581  1e-164  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  38.42 
 
 		 841 aa  574  1.0000000000000001e-162  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  38.42 
 
 		 807 aa  571  1e-161  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  44.19 
 
 		 811 aa  567  1e-160  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  40.85 
 
 		 839 aa  567  1e-160  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  42.55 
 
 		 806 aa  568  1e-160  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  43.52 
 
 		 804 aa  561  1e-158  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  41.19 
 
 		 801 aa  554  1e-156  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  38.84 
 
 		 820 aa  520  1e-146  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  36.26 
 
 		 791 aa  512  1e-144  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  36.36 
 
 		 819 aa  490  1e-137  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  39.26 
 
 		 816 aa  462  9.999999999999999e-129  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  35.88 
 
 		 768 aa  438  1e-121  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  35.9 
 
 		 768 aa  435  1e-120  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  33.17 
 
 		 780 aa  419  9.999999999999999e-116  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  31.15 
 
 		 774 aa  407  1.0000000000000001e-112  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  31.07 
 
 		 781 aa  392  1e-107  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  30.87 
 
 		 793 aa  365  1e-99  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1617  homocysteine S-methyltransferase  33.41 
 
 		 1189 aa  357  5.999999999999999e-97  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0085  methionine synthase (B12-dependent)  34.23 
 
 		 1150 aa  356  8.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.497685  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0102  methionine synthase  34.62 
 
 		 1150 aa  355  1e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0092  methionine synthase  34.5 
 
 		 1150 aa  355  1e-96  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0087  methionine synthase  33.84 
 
 		 1149 aa  350  6e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.834345  normal  0.210518 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1174  methionine synthase (B12-dependent)  33.37 
 
 		 1158 aa  349  1e-94  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  31.93 
 
 		 1223 aa  348  3e-94  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2881  methionine synthase  32.91 
 
 		 1168 aa  345  1e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0934972 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0032  methionine synthase  32.68 
 
 		 1196 aa  346  1e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.392993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2544  methionine synthase  31.67 
 
 		 1180 aa  343  7e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00356448  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1825  methionine synthase (B12-dependent)  32.08 
 
 		 1158 aa  342  1e-92  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0868  methionine synthase  30.66 
 
 		 1132 aa  342  1e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5363  methionine synthase  33.29 
 
 		 1169 aa  341  4e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.816675 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2211  methionine synthase  32.25 
 
 		 1178 aa  340  4e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4366  methionine synthase  30.54 
 
 		 1132 aa  340  5.9999999999999996e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4332  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  30.11 
 
 		 1132 aa  339  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4385  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  30.22 
 
 		 1132 aa  339  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3878  methionine synthase  32.84 
 
 		 1208 aa  338  1.9999999999999998e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00387489  normal  0.106452 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1700  methionine synthase  33.61 
 
 		 1171 aa  337  7e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4108  methionine synthase  30.19 
 
 		 1132 aa  334  3e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4274  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  29.99 
 
 		 1132 aa  334  4e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4005  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  29.99 
 
 		 1133 aa  334  4e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4156  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  29.99 
 
 		 1132 aa  334  5e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4478  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  29.99 
 
 		 1132 aa  334  5e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1982  B12-dependent methionine synthase  32.13 
 
 		 1235 aa  333  9e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0368395  normal  0.238169 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12156  5-methyltetrahydrofolate-homocystein methyltransferase metH  31.68 
 
 		 1192 aa  332  2e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.726643 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1138  methionine synthase  31.6 
 
 		 1215 aa  331  3e-89  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537288  normal  0.145457 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1854  methionine synthase  31.67 
 
 		 1154 aa  331  3e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.516902 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3320  B12-dependent methionine synthase  31.91 
 
 		 1235 aa  330  8e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.487541 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1523  methionine synthase  32.55 
 
 		 1136 aa  330  9e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3995  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  29.87 
 
 		 1133 aa  329  1.0000000000000001e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1888  B12-dependent methionine synthase  31.87 
 
 		 1235 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2983  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  30.04 
 
 		 1132 aa  329  1.0000000000000001e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0923  putative methionine synthase  28.75 
 
 		 1188 aa  329  1.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.554379  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2375  B12-dependent methionine synthase  31.91 
 
 		 1235 aa  329  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1007  B12-dependent methionine synthase  29.91 
 
 		 1244 aa  327  7e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0064  methionine synthase  32.68 
 
 		 1254 aa  327  7e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.496444 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0995  B12-dependent methionine synthase  29.8 
 
 		 1244 aa  326  9e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0391552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09841  putative methionine synthase  28.82 
 
 		 1188 aa  325  2e-87  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2159  B12-dependent methionine synthase  31.03 
 
 		 1236 aa  325  2e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.088857 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3368  B12-dependent methionine synthase  29.8 
 
 		 1233 aa  325  2e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4499  methionine synthase  32.13 
 
 		 1173 aa  325  3e-87  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.629663  hitchhiker  0.00843884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0973  B12-dependent methionine synthase  29.69 
 
 		 1244 aa  324  4e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1531  methionine synthase (B12-dependent)  33.17 
 
 		 1182 aa  324  4e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2445  methionine synthase  32.05 
 
 		 1199 aa  323  9.999999999999999e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.795669  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3230  methionine synthase  31.1 
 
 		 1183 aa  322  1.9999999999999998e-86  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2492  methionine synthase (B12-dependent)  30.51 
 
 		 1224 aa  322  1.9999999999999998e-86  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0046  B12-dependent methionine synthase  30.39 
 
 		 1220 aa  321  3.9999999999999996e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.61869 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3107  B12-dependent methionine synthase  31.21 
 
 		 1236 aa  321  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2965  B12-dependent methionine synthase  29.46 
 
 		 1244 aa  320  5e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3282  B12-dependent methionine synthase  29.27 
 
 		 1244 aa  320  6e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1030  B12-dependent methionine synthase  29.23 
 
 		 1244 aa  320  7.999999999999999e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40670  B12-dependent methionine synthase  31.19 
 
 		 1234 aa  320  9e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0754274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3184  B12-dependent methionine synthase  29.19 
 
 		 1244 aa  320  1e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29240  B12-dependent methionine synthase  31.57 
 
 		 1278 aa  319  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09821  putative methionine synthase  28.27 
 
 		 1188 aa  319  1e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3611  methionine synthase  31.02 
 
 		 1191 aa  318  3e-85  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.134345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27020  methionine synthase (B12-dependent)  29.98 
 
 		 1184 aa  318  3e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.12372  normal  0.910685 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1123  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  31.87 
 
 		 1208 aa  317  4e-85  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.00712875  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1940  methionine synthase  32.02 
 
 		 1193 aa  317  4e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.092673  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2495  methionine synthase  31.02 
 
 		 1191 aa  317  5e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08871  putative methionine synthase  29.05 
 
 		 1191 aa  317  5e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000369495 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0838  B12-dependent methionine synthase  29.08 
 
 		 1244 aa  317  6e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0369  B12-dependent methionine synthase  30.7 
 
 		 1228 aa  317  8e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.789152  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0707  methionine synthase  31.26 
 
 		 1136 aa  316  9e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3449  B12-dependent methionine synthase  31.2 
 
 		 1234 aa  316  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625644  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09591  putative methionine synthase  28.31 
 
 		 1187 aa  316  9.999999999999999e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2133  methionine synthase  31.29 
 
 		 1169 aa  316  9.999999999999999e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1336  B12-dependent methionine synthase  32.85 
 
 		 1226 aa  314  4.999999999999999e-84  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.262937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0710  B12-dependent methionine synthase  29.71 
 
 		 1240 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1073  methionine synthase (B12-dependent)  30.51 
 
 		 1197 aa  313  6.999999999999999e-84  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>