More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3604 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_3942  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 445 aa  877    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3604  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 445 aa  877    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.466276 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1932  amino acid transporter  57.44 
 
 		 437 aa  491  1e-137  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.392371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1908  amino acid permease-associated region  54.99 
 
 		 440 aa  480  1e-134  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00117224  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00403  Amino acid permease-associated region  55.24 
 
 		 441 aa  476  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.613152  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0181  amino acid permease-associated region  55.21 
 
 		 443 aa  444  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2108  amino acid permease-associated region  53.88 
 
 		 445 aa  439  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0129  amino acid permease-associated region  51.79 
 
 		 451 aa  437  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1735  amino acid permease-associated region  50.23 
 
 		 452 aa  377  1e-103  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51734  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2649  amino acid permease-associated region  49.88 
 
 		 450 aa  345  8e-94  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2694  amino acid permease-associated region  49.88 
 
 		 450 aa  345  8e-94  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0425419 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2678  amino acid permease-associated region  48.85 
 
 		 420 aa  312  5.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0723531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0717  amino acid permease-associated region  29.91 
 
 		 434 aa  146  7.0000000000000006e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.00000167398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1136  amino acid permease-associated region  32.35 
 
 		 447 aa  146  8.000000000000001e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.304278 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0278  amino acid permease-associated region  28.81 
 
 		 434 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00437  predicted transporter  29.17 
 
 		 430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.936072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3124  amino acid permease-associated region  29.17 
 
 		 430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.554048  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0579  amino acid permease family protein  29.17 
 
 		 430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0529  amino acid permease family protein  28.54 
 
 		 430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0565  amino acid permease family protein  29.17 
 
 		 430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0525  amino acid permease family protein  29.17 
 
 		 430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00442  hypothetical protein  29.17 
 
 		 430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3130  amino acid permease-associated region  29.17 
 
 		 430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  hitchhiker  0.000108674 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0421  amino acid permease family protein  28.91 
 
 		 430 aa  125  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0069  amino acid transporter  27.84 
 
 		 433 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.266806  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1272  amino acid permease-associated region  28.07 
 
 		 431 aa  120  6e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0803  amino acid transporter  33.9 
 
 		 429 aa  109  8.000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1315  amino acid permease-associated region  29.49 
 
 		 441 aa  100  6e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.172576  normal  0.0920117 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2084  amino acid permease-associated region  28.12 
 
 		 770 aa  98.6  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1066  amino acid permease-associated region  26.6 
 
 		 425 aa  95.5  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3650  putative amino acid permease  28.09 
 
 		 413 aa  94.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.171718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2434  amino acid transporter  28.11 
 
 		 446 aa  91.3  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0159957 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0195  amino acid permease-associated region  28.99 
 
 		 745 aa  90.5  5e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0333  hypothetical protein  23.1 
 
 		 394 aa  90.9  5e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1826  amino acid permease-associated region  26.77 
 
 		 436 aa  90.9  5e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1769  amino acid permease-associated region  28.47 
 
 		 439 aa  89  1e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0357  hypothetical protein  22.15 
 
 		 394 aa  88.2  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2693  amino acid permease-associated region  29.08 
 
 		 786 aa  87.4  4e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1055  amino acid permease-associated region  29.41 
 
 		 427 aa  85.9  0.000000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.123493  hitchhiker  0.0000000766356 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3419  putative amino acid permease  28.3 
 
 		 425 aa  84.3  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0356803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2530  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 449 aa  82.8  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.480015  normal  0.105308 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0746  amino acid permease-associated region  26.33 
 
 		 716 aa  80.9  0.00000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.200674  normal  0.311948 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2526  amino acid permease-associated region  27.2 
 
 		 545 aa  80.5  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000127161  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2477  amino acid permease-associated region  27.2 
 
 		 545 aa  80.5  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000817564  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1855  amino acid transporter  23.51 
 
 		 443 aa  79.7  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.599049  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0566  amino acid permease-associated region  25.06 
 
 		 764 aa  79  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1611  amino acid permease-associated region  24.86 
 
 		 479 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  27.36 
 
 		 486 aa  77.8  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0692  amino acid permease-associated region  27 
 
 		 820 aa  77  0.0000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.145008  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0543  amino acid permease-associated region  25.84 
 
 		 456 aa  76.6  0.0000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00639269  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2178  amino acid transporter  23.3 
 
 		 422 aa  76.6  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0107099  normal  0.19984 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00850  cationic amino acid transporter  25.71 
 
 		 486 aa  76.6  0.0000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000549978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06077  cationic amino acid transporter  25.71 
 
 		 486 aa  76.6  0.0000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00275694  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23590  amino acid transporter  26.5 
 
 		 454 aa  76.3  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.160802 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  24.54 
 
 		 489 aa  75.1  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0522  amino acid permease-associated region  25.54 
 
 		 472 aa  75.5  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1584  amino acid permease-associated region  27.9 
 
 		 796 aa  74.3  0.000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0385  amino acid permease-associated region  22.88 
 
 		 453 aa  74.3  0.000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000859435  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0321  amino acid permease family protein  25.31 
 
 		 460 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0838341  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2730  amino acid permease-associated region  25.95 
 
 		 725 aa  73.6  0.000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.207919  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3097  amino acid permease-associated region  25.8 
 
 		 502 aa  73.6  0.000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3324  amino acid permease-associated region  31.03 
 
 		 451 aa  73.6  0.000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0059  amino acid permease-associated region  24.55 
 
 		 493 aa  72.8  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.32682  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3620  amino acid permease-associated region  26.18 
 
 		 494 aa  72.8  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1577  amino acid permease-associated region  27.48 
 
 		 479 aa  72.8  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1095  amino acid permease  26.99 
 
 		 441 aa  73.2  0.00000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1318  amino acid transporter  24.6 
 
 		 461 aa  72.8  0.00000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00693769  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2034  amino acid permease family protein  24.46 
 
 		 559 aa  72.4  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.000000000879129  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  27.63 
 
 		 455 aa  72  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16590  amino acid transporter  25.3 
 
 		 461 aa  72  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0900  amino acid permease-associated region  22.87 
 
 		 500 aa  71.2  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5386  amino acid permease-associated region  23.93 
 
 		 483 aa  71.6  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0070  amino acid transporter  32.87 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.462473  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1588  amino-acid transporter transmembrane protein  25.79 
 
 		 476 aa  69.7  0.00000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1808  amino acid transporter  26.49 
 
 		 465 aa  69.7  0.00000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.000000000076298  hitchhiker  0.0000000000409798 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1634  amino acid permease-associated region  25.51 
 
 		 476 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.131349  normal  0.325388 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1266  amino acid permease-associated region  23.74 
 
 		 474 aa  69.7  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3351  amino acid transporter  28.89 
 
 		 485 aa  69.3  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23470  amino acid transporter  22.67 
 
 		 465 aa  68.6  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00108461  hitchhiker  0.00000906997 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4660  amino acid permease-associated region  25.83 
 
 		 467 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.87278  normal  0.151026 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0097  amino acid transporter  24.88 
 
 		 465 aa  68.9  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000513472  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2299  amino acid permease-associated region  28.3 
 
 		 459 aa  68.9  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000157648 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2106  amino acid permease family protein  26.2 
 
 		 471 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3301  amino acid permease-associated region  23.86 
 
 		 483 aa  67.8  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.475008  hitchhiker  0.00374937 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3131  amino acid permease family protein  26.2 
 
 		 471 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1612  amino acid permease-associated region  24.93 
 
 		 452 aa  67.8  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000949107  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2919  amino acid permease family protein  26.2 
 
 		 471 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.236218  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2897  amino acid permease  26.2 
 
 		 471 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0279038  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3141  amino acid permease family protein  26.2 
 
 		 471 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.681445  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2042  phospholipid binding protein  25.44 
 
 		 525 aa  67.8  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3152  amino acid permease family protein  26.2 
 
 		 471 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.496369 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0441  amino acid permease-associated region  27.57 
 
 		 740 aa  67.4  0.0000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.238325  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1779  hypothetical protein  24.84 
 
 		 412 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1710  amino acid permease-associated region  24.57 
 
 		 418 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000301061  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3386  amino acid permease-associated region  26.07 
 
 		 482 aa  67  0.0000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.944667  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1057  amino acid permease-associated region  24.63 
 
 		 490 aa  65.9  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.422812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1961  amino acid permease-associated region  24.24 
 
 		 469 aa  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0292842  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0156  amino acid permease-associated region  23.51 
 
 		 462 aa  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.041937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3163  amino acid permease family protein  25.46 
 
 		 471 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0009  amino acid permease-associated region  24.58 
 
 		 474 aa  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>