More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1163 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1163  efflux transporter  100 
 
 		 383 aa  743    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.707562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0988  secretion protein HlyD  48.46 
 
 		 415 aa  333  4e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2197  secretion protein HlyD  47.45 
 
 		 446 aa  321  9.999999999999999e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0171  RND family efflux transporter MFP subunit  37.8 
 
 		 378 aa  207  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2624  RND family efflux transporter MFP subunit  41.69 
 
 		 357 aa  201  1.9999999999999998e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2743  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.25 
 
 		 358 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.125422  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3333  RND family efflux transporter MFP subunit  33.6 
 
 		 377 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1680  RND family efflux transporter MFP subunit  32.05 
 
 		 360 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.560813 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4621  RND family efflux transporter MFP subunit  31.54 
 
 		 386 aa  159  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002593  membrane-fusion protein  33.79 
 
 		 372 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00429247  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  35.31 
 
 		 354 aa  154  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0216385  normal  0.245234 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0520  secretion protein HlyD  28.53 
 
 		 356 aa  150  4e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  31.8 
 
 		 371 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  30.59 
 
 		 387 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0345  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 		 360 aa  142  9.999999999999999e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0426386  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2051  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 		 364 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0552963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0157  hypothetical protein  31.89 
 
 		 366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0510  RND family efflux transporter MFP subunit  29.07 
 
 		 358 aa  135  9e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0586812  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0868  RND family efflux transporter MFP subunit  29.93 
 
 		 358 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.231559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2570  hypothetical protein  30.03 
 
 		 370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.295981  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2113  RND family efflux transporter MFP subunit  31.91 
 
 		 360 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1216  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 		 379 aa  87.4  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.152303  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2607  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.55 
 
 		 422 aa  85.1  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113369  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 422 aa  83.6  0.000000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 366 aa  82.4  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.4 
 
 		 403 aa  80.5  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  30.69 
 
 		 366 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  27.93 
 
 		 414 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.78 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01965  Secretion protein HlyD  26.33 
 
 		 401 aa  77  0.0000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.303602  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.69 
 
 		 353 aa  76.6  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  28.17 
 
 		 397 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  29.63 
 
 		 409 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3923  multidrug efflux system protein  28.36 
 
 		 387 aa  75.9  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.39 
 
 		 363 aa  75.5  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.33 
 
 		 397 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0825  RND family efflux transporter MFP subunit  28.96 
 
 		 383 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.39 
 
 		 363 aa  75.5  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  28.02 
 
 		 400 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  30.43 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 340 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.94 
 
 		 419 aa  73.9  0.000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0718692  normal  0.0182823 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2224  multidrug efflux pump, membrane fusion protein  28.09 
 
 		 388 aa  73.2  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.18 
 
 		 357 aa  73.2  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  26.05 
 
 		 372 aa  73.2  0.000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 361 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  27.67 
 
 		 407 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  27.76 
 
 		 372 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  28.01 
 
 		 403 aa  72.4  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.78 
 
 		 379 aa  72.4  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  28.74 
 
 		 360 aa  72  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  28.04 
 
 		 394 aa  72  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  25.48 
 
 		 374 aa  72  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.72 
 
 		 384 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.5 
 
 		 397 aa  70.9  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  28.94 
 
 		 376 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4090  secretion protein HlyD  28.06 
 
 		 386 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  29.36 
 
 		 447 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.14 
 
 		 355 aa  70.5  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 376 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0766  HlyD family secretion protein  27.88 
 
 		 392 aa  70.9  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  26.83 
 
 		 397 aa  70.9  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.09 
 
 		 349 aa  70.9  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.86 
 
 		 407 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  27.8 
 
 		 379 aa  70.5  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.32 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  29.32 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 382 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  26.29 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.85 
 
 		 383 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  29.32 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  26.94 
 
 		 372 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 		 384 aa  69.7  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0900  RND family efflux transporter MFP subunit  27.66 
 
 		 388 aa  69.7  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  30.41 
 
 		 360 aa  69.7  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  26.93 
 
 		 442 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  26.93 
 
 		 383 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.71 
 
 		 384 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  29.07 
 
 		 368 aa  69.3  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.25 
 
 		 380 aa  69.3  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2269  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 390 aa  69.3  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0264196  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2481  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 367 aa  68.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  28.45 
 
 		 386 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  26.23 
 
 		 397 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 		 410 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  23.51 
 
 		 353 aa  69.3  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 		 337 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.355185  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 384 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  27.31 
 
 		 381 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 		 400 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1316  secretion protein HlyD  29.15 
 
 		 501 aa  68.2  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2450  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 		 373 aa  68.9  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 		 381 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  29.15 
 
 		 384 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  30.13 
 
 		 374 aa  67.8  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  25.62 
 
 		 352 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>