More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0600 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 265 aa  548  1e-155  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  63.02 
 
 		 260 aa  345  5e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  58.43 
 
 		 261 aa  325  7e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  50 
 
 		 262 aa  270  2e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.87 
 
 		 259 aa  236  3e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.86 
 
 		 258 aa  231  7.000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.48 
 
 		 256 aa  210  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.15 
 
 		 255 aa  201  8e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  38.11 
 
 		 254 aa  201  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  39.25 
 
 		 251 aa  200  1.9999999999999998e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  38.95 
 
 		 255 aa  197  1.0000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.95 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.54 
 
 		 251 aa  192  6e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.74 
 
 		 243 aa  190  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.47 
 
 		 256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.6 
 
 		 258 aa  185  6e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  36.33 
 
 		 255 aa  182  6e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.83 
 
 		 256 aa  181  9.000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.58 
 
 		 258 aa  181  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.36 
 
 		 251 aa  171  7.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.08 
 
 		 252 aa  171  7.999999999999999e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.23 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  35.85 
 
 		 250 aa  170  3e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 253 aa  167  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.47 
 
 		 252 aa  162  6e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.8 
 
 		 255 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.2 
 
 		 252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 253 aa  150  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  31.56 
 
 		 255 aa  148  8e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.66 
 
 		 256 aa  142  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.28 
 
 		 249 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.9 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  33.09 
 
 		 254 aa  137  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.43 
 
 		 252 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.37 
 
 		 260 aa  116  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  28.3 
 
 		 240 aa  115  6e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.04 
 
 		 260 aa  115  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 247 aa  112  7.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  46.22 
 
 		 153 aa  112  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.71 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.2 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.78 
 
 		 261 aa  103  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  28.96 
 
 		 242 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.08 
 
 		 244 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  30.12 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  44.74 
 
 		 141 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.38 
 
 		 253 aa  100  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  28.46 
 
 		 259 aa  99  7e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 252 aa  97.1  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  27.83 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 262 aa  97.8  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 258 aa  97.8  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 254 aa  97.8  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.34 
 
 		 257 aa  96.7  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 254 aa  95.5  8e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.72 
 
 		 251 aa  94.4  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.3 
 
 		 251 aa  94  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.1 
 
 		 258 aa  94  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  26.39 
 
 		 257 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 251 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.75 
 
 		 257 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 253 aa  92.8  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  28.26 
 
 		 242 aa  92.4  7e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  28.41 
 
 		 246 aa  92  8e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.8 
 
 		 248 aa  92  8e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  26.77 
 
 		 243 aa  92  8e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  28.79 
 
 		 246 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  29.63 
 
 		 246 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.42 
 
 		 245 aa  91.3  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.04 
 
 		 243 aa  91.3  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  28.68 
 
 		 246 aa  90.5  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  28.68 
 
 		 246 aa  90.5  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  28.68 
 
 		 246 aa  90.5  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  27.73 
 
 		 265 aa  90.9  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  28.68 
 
 		 246 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  28.3 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  28.3 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  27.72 
 
 		 249 aa  89.7  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  28.09 
 
 		 246 aa  89.7  4e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 240 aa  89.4  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 268 aa  89.4  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  28.89 
 
 		 246 aa  89.4  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  27.34 
 
 		 238 aa  89.4  6e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 270 aa  89  7e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.5 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.32 
 
 		 246 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  28.16 
 
 		 246 aa  88.2  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  26.52 
 
 		 232 aa  87.8  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  27.98 
 
 		 263 aa  87  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  27.62 
 
 		 255 aa  86.7  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  29.96 
 
 		 263 aa  87  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  29.06 
 
 		 248 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 244 aa  86.7  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  28.63 
 
 		 248 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  27.16 
 
 		 248 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  27.47 
 
 		 245 aa  85.9  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1224  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.73 
 
 		 260 aa  85.5  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0890711 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.59 
 
 		 237 aa  85.5  9e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  26.78 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>