134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1786 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1786  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 82 aa  163  9e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.365144  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1224  transcriptional regulator, XRE family  45.57 
 
 		 94 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000350167  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 230 aa  54.7  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  36.67 
 
 		 75 aa  53.1  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0640  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 104 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.215553  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 90 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  41.82 
 
 		 72 aa  51.2  0.000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 97 aa  51.2  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  40 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 78 aa  48.9  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 93 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 79 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 215 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 84 aa  48.1  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  38.03 
 
 		 186 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 101 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 		 112 aa  47.4  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 81 aa  47  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 99 aa  47  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  31.88 
 
 		 99 aa  47  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 197 aa  47  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  34.43 
 
 		 77 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 102 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  36.62 
 
 		 186 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  31.88 
 
 		 101 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 154 aa  47  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  40.32 
 
 		 80 aa  45.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 98 aa  45.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 77 aa  45.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 72 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  36.62 
 
 		 186 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 186 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 120 aa  45.1  0.0004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  36.62 
 
 		 186 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 76 aa  45.1  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0841  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 129 aa  45.1  0.0004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000196105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 333 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  32.86 
 
 		 154 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  36.62 
 
 		 152 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 333 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  36.62 
 
 		 186 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4042  molybdate metabolism transcriptional regulator  33.93 
 
 		 376 aa  44.7  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805509  normal  0.419577 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 91 aa  44.3  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  38.24 
 
 		 68 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 76 aa  43.9  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  35.59 
 
 		 245 aa  43.9  0.0007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 259 aa  43.9  0.0008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 76 aa  43.9  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  32.56 
 
 		 101 aa  43.9  0.0008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0330  transcriptional regulator, XRE family  24.36 
 
 		 88 aa  43.9  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 78 aa  43.9  0.0009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  33.78 
 
 		 86 aa  43.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  32.79 
 
 		 87 aa  43.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  32.79 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  32.26 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 78 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 78 aa  42.7  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 177 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 83 aa  42.7  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 179 aa  42.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1629  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 66 aa  42.7  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 73 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4003  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 61 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 208 aa  42.7  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  37.7 
 
 		 77 aa  42.4  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  37.7 
 
 		 77 aa  42.4  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 187 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  32.35 
 
 		 178 aa  42.4  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 91 aa  42.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 73 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 187 aa  42.4  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 90 aa  42  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 70 aa  41.6  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.33 
 
 		 81 aa  41.6  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 86 aa  42  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.99 
 
 		 198 aa  42  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 75 aa  42  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  40.82 
 
 		 78 aa  42  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 120 aa  42  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 97 aa  42  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 177 aa  42  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  30.36 
 
 		 130 aa  41.6  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 93 aa  42  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 118 aa  41.6  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 73 aa  41.2  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 71 aa  41.2  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>