More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_2500 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_2500  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
143 aa  290  3e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4662  PAS  61.15 
 
 
145 aa  184  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1366  putative PAS/PAC sensor protein  64.62 
 
 
149 aa  182  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0488  putative PAS/PAC sensor protein  61.15 
 
 
148 aa  181  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1206  PAS sensor protein  64.62 
 
 
149 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.490223  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6742  putative PAS/PAC sensor protein  62.32 
 
 
143 aa  181  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.63921  normal  0.585827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4485  putative PAS/PAC sensor protein  58.7 
 
 
145 aa  179  9.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2802  putative PAS/PAC sensor protein  59.56 
 
 
152 aa  178  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.540476  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1145  putative PAS/PAC sensor protein  62.31 
 
 
149 aa  177  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2761  putative PAS/PAC sensor protein  60.14 
 
 
143 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4841  putative PAS/PAC sensor protein  59.56 
 
 
143 aa  176  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3616  putative PAS/PAC sensor protein  58.52 
 
 
143 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62766  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0639  putative PAS/PAC sensor protein  55.07 
 
 
142 aa  169  2e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4051  putative PAS/PAC sensor protein  57.25 
 
 
142 aa  163  9e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.949542  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5581  putative PAS/PAC sensor protein  55.3 
 
 
157 aa  158  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.595222 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0993  putative PAS/PAC sensor protein  48.59 
 
 
146 aa  152  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3857  putative PAS/PAC sensor protein  48.87 
 
 
145 aa  144  3e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.759378  normal  0.914632 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5550  putative PAS/PAC sensor protein  51.97 
 
 
141 aa  141  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3152  sensory box protein  51.13 
 
 
151 aa  138  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2658  putative PAS/PAC sensor protein  47.73 
 
 
145 aa  137  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0298  putative PAS/PAC sensor protein  49.25 
 
 
149 aa  135  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.169835  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1710  putative PAS/PAC sensor protein  50.37 
 
 
144 aa  132  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.010044  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1781  putative PAS/PAC sensor protein  50.37 
 
 
144 aa  132  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345246  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  49.63 
 
 
144 aa  131  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0483  putative PAS/PAC sensor protein  45.52 
 
 
147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000401014 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0362  putative PAS/PAC sensor protein  48.85 
 
 
141 aa  131  3e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3701  putative PAS/PAC sensor protein  44.36 
 
 
145 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3172  putative PAS/PAC sensor protein  47.45 
 
 
151 aa  130  6e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.920236  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0466  putative PAS/PAC sensor protein  45.11 
 
 
147 aa  130  6.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.98341  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1034  putative PAS/PAC sensor protein  44.12 
 
 
158 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0214  putative PAS/PAC sensor protein  43.28 
 
 
144 aa  127  5.0000000000000004e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1202  putative PAS/PAC sensor protein  43.48 
 
 
144 aa  126  9.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2133  putative PAS/PAC sensor protein  52.21 
 
 
141 aa  124  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625741  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0282  transcriptional regulator  45.74 
 
 
141 aa  120  7e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.283126  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  39.84 
 
 
139 aa  92.8  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  44 
 
 
692 aa  85.1  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3803  PAS  37.01 
 
 
143 aa  79  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051055 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  33.59 
 
 
684 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  37.07 
 
 
732 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.63 
 
 
740 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.01 
 
 
921 aa  70.1  0.000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.37 
 
 
1158 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  31.85 
 
 
1589 aa  69.7  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.61 
 
 
509 aa  68.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0677  sensory box/GGDEF family protein  32.26 
 
 
947 aa  67.8  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000825914  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
1721 aa  67  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2015  putative PAS/PAC sensor protein  33.08 
 
 
1119 aa  67  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000673901 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  32.82 
 
 
1154 aa  67  0.00000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.61 
 
 
1248 aa  65.9  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
499 aa  65.1  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.42 
 
 
1433 aa  64.7  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 
514 aa  64.7  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 
634 aa  64.3  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3213  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 
778 aa  64.3  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.05 
 
 
695 aa  63.9  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.34 
 
 
648 aa  63.9  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1374 aa  63.2  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0521  multi sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
1344 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2121  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
1171 aa  63.2  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.48946  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
631 aa  62.8  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4177  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
490 aa  62.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  28.26 
 
 
495 aa  62.8  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.36 
 
 
458 aa  62.4  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  30.94 
 
 
460 aa  62.4  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1683  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 
1659 aa  62.8  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.38 
 
 
501 aa  61.6  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2835  putative PAS/PAC sensor protein  30.65 
 
 
452 aa  61.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0837096  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.63 
 
 
1313 aa  61.6  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.74 
 
 
1088 aa  61.2  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
807 aa  61.2  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2468  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 
1049 aa  60.8  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.858637  normal  0.0946099 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 
513 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.08 
 
 
909 aa  60.5  0.000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  29.63 
 
 
1248 aa  60.1  0.000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0634  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.84 
 
 
1000 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.932649  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.13 
 
 
1548 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.9 
 
 
728 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0692  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
620 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3071  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.5 
 
 
1222 aa  59.7  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0997499 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5176  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  27.86 
 
 
1404 aa  58.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.190634 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
503 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  27.54 
 
 
945 aa  58.9  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  30.61 
 
 
907 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2563  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 
543 aa  58.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1934  two-component sensor kinase protein  31.67 
 
 
723 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.6 
 
 
862 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 
446 aa  59.3  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3311  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
1300 aa  58.9  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.703453  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1524  putative PAS/PAC sensor protein  30 
 
 
409 aa  59.3  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
494 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
457 aa  58.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  29.03 
 
 
823 aa  58.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 
1568 aa  58.9  0.00000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2140  fused multi-sensor protein  28.26 
 
 
882 aa  58.5  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.236911  normal  0.359885 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4133  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.58 
 
 
1629 aa  58.9  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4337  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.58 
 
 
1629 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.571014  normal  0.322198 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  27.74 
 
 
936 aa  58.5  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1109  putative PAS/PAC sensor protein  28.91 
 
 
557 aa  58.5  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1811  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 
1085 aa  58.2  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.565529  normal  0.532209 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.65 
 
 
705 aa  58.5  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>