More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_0011 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03273  sigma 54-dependent transcriptional regulator of rtcBA expression  61.77 
 
 
532 aa  665    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.385155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0292  Sigma 54 interacting domain protein  62.15 
 
 
532 aa  668    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3703  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.39 
 
 
532 aa  665    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.973563  normal  0.184346 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0222  sigma-54 interacting transcription regulator protein  63.18 
 
 
535 aa  679    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4731  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.77 
 
 
532 aa  665    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5221  transcriptional regulator RtcR  66.42 
 
 
532 aa  716    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0486  Sigma 54 interacting domain protein  74.24 
 
 
525 aa  825    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1944  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.83 
 
 
533 aa  688    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3827  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  64.17 
 
 
544 aa  675    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632099 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0403  Sigma 54 interacting domain protein  74.24 
 
 
527 aa  825    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3723  transcriptional regulatory protein RtcR  61.93 
 
 
527 aa  660    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2838  sigma 54 interactive regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.44 
 
 
530 aa  643    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2415  Sigma54-dependent transcriptional regulator RtcR  64.42 
 
 
567 aa  709    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.855599  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3589  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  64.04 
 
 
538 aa  711    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3619  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.77 
 
 
530 aa  661    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3899  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  62.15 
 
 
532 aa  668    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1196  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  65.34 
 
 
533 aa  700    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.330253  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03225  hypothetical protein  61.77 
 
 
532 aa  665    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4669  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  65.23 
 
 
604 aa  721    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.186968  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0292  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.77 
 
 
532 aa  665    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3805  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  62.15 
 
 
532 aa  670    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.590867  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5434  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  64.04 
 
 
538 aa  711    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327506  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3892  transcriptional regulator RtcR  61.74 
 
 
527 aa  660    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.246369  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60600  transcriptional regulator RtcR  66.79 
 
 
531 aa  722    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3694  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  65.23 
 
 
538 aa  720    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0011  Sigma 54 interacting domain protein  100 
 
 
529 aa  1096    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0675  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  60.26 
 
 
535 aa  619  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1274  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  59.77 
 
 
566 aa  618  1e-175  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.48322  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0497  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  58.43 
 
 
531 aa  612  9.999999999999999e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1470  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  56.95 
 
 
531 aa  605  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4423  Sigma 54 interacting domain protein  58.83 
 
 
537 aa  602  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0234  Sigma 54 interacting domain protein  55.59 
 
 
576 aa  599  1e-170  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2721  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  31.85 
 
 
445 aa  182  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2763  transcriptional regulator ZraR  31.85 
 
 
445 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2825  transcriptional regulator ZraR  31.85 
 
 
445 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.479389  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2938  transcriptional regulator ZraR  31.85 
 
 
445 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01723  two-component system response regulator  36.7 
 
 
446 aa  182  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2804  transcriptional regulatory protein ZraR  31.85 
 
 
445 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1603  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.29 
 
 
449 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2707  sigma-54 dependent response regulator  32.56 
 
 
444 aa  176  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2707  sigma-54 dependent response regulator  32.56 
 
 
444 aa  176  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2839  sigma-54 dependent response regulator  32.56 
 
 
444 aa  176  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2100  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.44 
 
 
466 aa  176  8e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3039  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.15 
 
 
445 aa  176  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.992832  normal  0.337936 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02446  predicted DNA-binding response regulator in two-component system  30.55 
 
 
444 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1114  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.55 
 
 
444 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.922386  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2919  sigma-54 dependent response regulator  30.55 
 
 
444 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.70731  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2768  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.06 
 
 
445 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3788  sigma-54 dependent response regulator  30.55 
 
 
444 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02410  hypothetical protein  30.55 
 
 
444 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1123  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.55 
 
 
444 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1259  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.81 
 
 
445 aa  173  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3629  two-component system response regulator  30.81 
 
 
445 aa  173  6.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1152  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  30.81 
 
 
445 aa  173  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2536  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.59 
 
 
477 aa  173  9e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1226  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.97 
 
 
445 aa  172  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.38 
 
 
462 aa  172  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  34.73 
 
 
525 aa  171  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.31 
 
 
458 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.31 
 
 
458 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3049  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.69 
 
 
445 aa  170  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0143  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.37 
 
 
449 aa  170  5e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.64 
 
 
445 aa  170  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.31 
 
 
458 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  32.04 
 
 
512 aa  168  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2085  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.87 
 
 
453 aa  167  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.75 
 
 
451 aa  167  5e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2269  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39 
 
 
456 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.23 
 
 
456 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1161  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.55 
 
 
453 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2061  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.67 
 
 
442 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.61 
 
 
455 aa  164  3e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5645  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.1 
 
 
455 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  0.173621 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6393  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.1 
 
 
455 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.106085 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  36.81 
 
 
441 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4507  transcriptional regulatory protein ZraR  37.5 
 
 
441 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0570238 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0776  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.62 
 
 
480 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  36.46 
 
 
441 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.43 
 
 
458 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3389  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.73 
 
 
462 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  37.15 
 
 
441 aa  163  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0349  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.79 
 
 
472 aa  163  6e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.809759 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  37.15 
 
 
441 aa  163  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.81 
 
 
455 aa  163  8.000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  37.15 
 
 
441 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0776  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.18 
 
 
465 aa  162  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  37.15 
 
 
441 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5447  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.1 
 
 
455 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491011 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  36.46 
 
 
441 aa  162  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0172  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.7 
 
 
458 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.833234  hitchhiker  0.00415361 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  36.46 
 
 
441 aa  162  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3581  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.65 
 
 
490 aa  162  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0374719 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  36.46 
 
 
441 aa  162  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  36.07 
 
 
549 aa  162  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  36.46 
 
 
441 aa  162  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  36.46 
 
 
441 aa  162  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0934  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.28 
 
 
461 aa  162  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0738273 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3651  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.03 
 
 
445 aa  162  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.46 
 
 
441 aa  161  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716922  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  37.25 
 
 
616 aa  161  3e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>