140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1002 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1002  hypothetical protein  100 
 
 		 282 aa  568  1e-161  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2815  extracellular solute-binding protein family 3  50.4 
 
 		 281 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37829  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2090  extracellular solute-binding protein family 3  39.93 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.727892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1788  periplasmic binding protein, putative  39.58 
 
 		 284 aa  173  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000915129 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2484  extracellular solute-binding protein family 3  38.55 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6250  extracellular solute-binding protein family 3  39.23 
 
 		 285 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1776  extracellular solute-binding protein  40.52 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0481  periplasmic binding protein, putative  37.98 
 
 		 276 aa  161  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0476317 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0692  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0808648  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1539  extracellular solute-binding protein family 3  35.52 
 
 		 289 aa  149  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0737  extracellular solute-binding protein  37.21 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.390788  normal  0.0887326 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1889  hypothetical protein  30.03 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1338  extracellular solute-binding protein  35.17 
 
 		 289 aa  145  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.718628 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4872  extracellular solute-binding protein family 3  35.07 
 
 		 290 aa  142  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.115959 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2731  extracellular solute-binding protein  34.36 
 
 		 338 aa  139  6e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.476445  normal  0.605201 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2256  hypothetical protein  30.51 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.322648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1856  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3127  extracellular solute-binding protein  31.38 
 
 		 291 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146879  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2662  hypothetical protein  30.35 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.711055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3087  extracellular solute-binding protein  31.38 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2676  periplasmic binding protein, putative  31.03 
 
 		 308 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1959  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369484  normal  0.268176 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2410  extracellular solute-binding protein  34.87 
 
 		 286 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.709389 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3623  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.175037  normal  0.0350422 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0907  extracellular solute-binding protein family 3  47.76 
 
 		 254 aa  57.8  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  41.77 
 
 		 263 aa  55.8  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  26.91 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  41.77 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44 
 
 		 262 aa  54.3  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  41.77 
 
 		 262 aa  54.7  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  44 
 
 		 262 aa  54.3  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.42 
 
 		 267 aa  53.5  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  23.14 
 
 		 266 aa  53.5  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  41.03 
 
 		 263 aa  52.8  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  25.59 
 
 		 267 aa  52.4  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 261 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  33 
 
 		 265 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  44.78 
 
 		 268 aa  52  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 268 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  44.78 
 
 		 268 aa  51.6  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 268 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.67 
 
 		 261 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 270 aa  50.8  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 261 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.91 
 
 		 267 aa  50.8  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  43.04 
 
 		 267 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0067  extracellular solute-binding protein  21.17 
 
 		 252 aa  50.1  0.00004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.571905  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  37.35 
 
 		 261 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  44.83 
 
 		 275 aa  50.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  46.55 
 
 		 275 aa  49.7  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  26.59 
 
 		 279 aa  49.7  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  23.77 
 
 		 268 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  23.4 
 
 		 268 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 265 aa  49.3  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  47.37 
 
 		 261 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.51 
 
 		 267 aa  48.1  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  49.09 
 
 		 261 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5966  ABC transporter periplasmic-binding protein  24.29 
 
 		 296 aa  48.5  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.981585 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  24.25 
 
 		 266 aa  48.5  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  24.25 
 
 		 266 aa  48.5  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  24.25 
 
 		 266 aa  48.5  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  44.26 
 
 		 278 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36 
 
 		 264 aa  47.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.25 
 
 		 272 aa  47.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1787  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 281 aa  48.1  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.571059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  33.75 
 
 		 250 aa  48.1  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 		 269 aa  48.1  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  44.44 
 
 		 264 aa  47  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 264 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 264 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 264 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1517  ABC transporter extracellular solute-binding protein  23.21 
 
 		 275 aa  47.4  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0341163  normal  0.209417 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 264 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 264 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3735  extracellular solute-binding protein family 3  25.09 
 
 		 277 aa  47  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  39.13 
 
 		 263 aa  47  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.17 
 
 		 274 aa  46.6  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 266 aa  46.6  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  20.92 
 
 		 260 aa  46.6  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 266 aa  46.6  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.27 
 
 		 264 aa  46.2  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 		 283 aa  46.2  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  41.27 
 
 		 264 aa  45.8  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1025  extracellular solute-binding protein  44.93 
 
 		 281 aa  45.8  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3023  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 294 aa  45.8  0.0007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  24.41 
 
 		 265 aa  45.8  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  27.38 
 
 		 274 aa  45.8  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  40.74 
 
 		 264 aa  45.8  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  38.27 
 
 		 267 aa  45.8  0.0009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.59 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.59 
 
 		 284 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  36.62 
 
 		 253 aa  45.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6374  extracellular solute-binding protein family 3  44.07 
 
 		 278 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213399  normal  0.625492 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 		 269 aa  45.4  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.59 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.59 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.59 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.59 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.59 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 266 aa  45.4  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>