More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4377 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4377  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  629  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.394868 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0810  LysR family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 306 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.735015  normal  0.22542 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5387  LysR family transcriptional regulator  62.88 
 
 		 311 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.444509 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4899  LysR family transcriptional regulator  62.88 
 
 		 311 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.988384 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3467  LysR family transcriptional regulator  62.88 
 
 		 311 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06019  transcriptional regulator  37.2 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001369  putative transcriptional regulator LysR family protein  35.71 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.388836  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0337  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3348  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1357  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 322 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0438049 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1421  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 321 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112805  normal  0.410209 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 314 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1472  transcription regulator protein  32.09 
 
 		 318 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.458682  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 313 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 317 aa  135  9e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3744  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4821  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  32.42 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_003296  RS05463  transcription regulator protein  30.48 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.163697 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2019  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  28.42 
 
 		 291 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 350 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2651  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0905  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.227995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 303 aa  129  6e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 313 aa  129  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 334 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1623  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 303 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 310 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 305 aa  129  8.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1727  putative transcriptional activator  32.31 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000889422 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2784  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.551315 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  28.14 
 
 		 328 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  31.08 
 
 		 315 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 331 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 307 aa  126  6e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 342 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 289 aa  125  7e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2249  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 309 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 299 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 304 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  29.67 
 
 		 305 aa  125  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  30.27 
 
 		 297 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 294 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 291 aa  125  9e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.98 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2311  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.886713 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 293 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 351 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>