More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0256 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0256  histidine kinase  100 
 
 		 712 aa  1462    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2944  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  47.18 
 
 		 604 aa  234  3e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2945  histidine kinase  42.23 
 
 		 616 aa  210  6e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.546794  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.84 
 
 		 1073 aa  186  9e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  33.56 
 
 		 718 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2145  histidine kinase  35.55 
 
 		 610 aa  159  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 1201 aa  131  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3135  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.8 
 
 		 1187 aa  124  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0169  transcriptional regulator, LacI family  29.62 
 
 		 377 aa  124  8e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.042764  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.19 
 
 		 341 aa  124  8e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  29.79 
 
 		 340 aa  124  8e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 342 aa  119  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  34.21 
 
 		 337 aa  117  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06380  transcriptional regulator  29.18 
 
 		 369 aa  117  6.9999999999999995e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.06 
 
 		 336 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 		 337 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  32.39 
 
 		 332 aa  115  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 332 aa  115  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 337 aa  114  5e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  30.33 
 
 		 339 aa  114  6e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  29.79 
 
 		 348 aa  112  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  28.12 
 
 		 332 aa  113  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2344  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.31 
 
 		 850 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1982  diguanylate cyclase  25.96 
 
 		 661 aa  110  6e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.044763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  28.72 
 
 		 337 aa  110  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  37.02 
 
 		 335 aa  108  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  27.11 
 
 		 334 aa  107  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0577  LacI family transcription regulator  28.08 
 
 		 344 aa  107  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.868296  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  28.45 
 
 		 340 aa  106  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.15 
 
 		 332 aa  107  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3144  LacI family transcription regulator  31.33 
 
 		 364 aa  106  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0444202  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  33.52 
 
 		 352 aa  105  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  30.39 
 
 		 333 aa  105  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.47 
 
 		 339 aa  104  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  27.68 
 
 		 337 aa  104  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  26.04 
 
 		 336 aa  104  7e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  26.91 
 
 		 339 aa  104  7e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03890  transcriptional regulator, LacI family  29.87 
 
 		 337 aa  103  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.229438 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  29.24 
 
 		 332 aa  103  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  31.96 
 
 		 332 aa  102  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  35.03 
 
 		 357 aa  102  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  32.08 
 
 		 339 aa  103  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  28.03 
 
 		 386 aa  102  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  32.14 
 
 		 334 aa  102  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.07 
 
 		 337 aa  102  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  35.68 
 
 		 343 aa  102  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  32.23 
 
 		 351 aa  102  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1903  anti-sigma-factor antagonist  26.4 
 
 		 689 aa  101  5e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  36.48 
 
 		 348 aa  101  5e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 343 aa  101  5e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  34.03 
 
 		 333 aa  101  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  26.99 
 
 		 337 aa  100  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  31.36 
 
 		 336 aa  100  7e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1873  LacI family response repressor  29.93 
 
 		 368 aa  100  9e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.845568  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  27.85 
 
 		 332 aa  100  9e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0389  LacI family transcription regulator  33.67 
 
 		 335 aa  100  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.12 
 
 		 335 aa  100  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 		 333 aa  99.8  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  32.35 
 
 		 344 aa  99.4  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  38.75 
 
 		 355 aa  99  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  28.97 
 
 		 339 aa  99.4  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  27.34 
 
 		 353 aa  99.4  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0081  transcriptional regulator, LacI family  25.78 
 
 		 327 aa  99  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  31.14 
 
 		 353 aa  99  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2155  transcriptional regulator, LacI family  29.05 
 
 		 338 aa  99  3e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  27.43 
 
 		 334 aa  98.6  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  25.58 
 
 		 560 aa  98.2  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 339 aa  98.6  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  29.39 
 
 		 450 aa  98.2  5e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 340 aa  98.2  5e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3482  Alanine racemase  27.3 
 
 		 359 aa  97.8  6e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0777863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  28.45 
 
 		 340 aa  97.4  7e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  25.66 
 
 		 333 aa  97.4  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3394  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 361 aa  97.4  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.330741 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  27.14 
 
 		 914 aa  97.4  9e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0710  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 334 aa  96.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  27.5 
 
 		 344 aa  97.1  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0325  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.16 
 
 		 335 aa  96.7  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  32.99 
 
 		 338 aa  97.1  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1751  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 		 671 aa  97.1  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  31.66 
 
 		 352 aa  96.3  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  27.06 
 
 		 805 aa  96.3  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  27.1 
 
 		 343 aa  96.3  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2142  transcriptional regulator, LacI family  27.78 
 
 		 341 aa  96.3  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 331 aa  95.5  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3187  LacI family transcription regulator  27.47 
 
 		 337 aa  95.5  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  27.99 
 
 		 331 aa  95.1  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1971  LacI family transcription regulator  31.66 
 
 		 352 aa  95.5  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137395  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  27.05 
 
 		 334 aa  95.5  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  27.05 
 
 		 334 aa  95.5  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  25.44 
 
 		 340 aa  95.1  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1620  LacI family transcription regulator  26.4 
 
 		 337 aa  95.1  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0755  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 357 aa  95.1  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  29.52 
 
 		 340 aa  95.1  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  27.56 
 
 		 333 aa  95.1  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  29.52 
 
 		 340 aa  95.1  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  29.52 
 
 		 340 aa  95.1  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.56 
 
 		 337 aa  94.7  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  23.45 
 
 		 648 aa  94.7  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  28.64 
 
 		 339 aa  94.7  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>