More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_06380 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_06380  transcriptional regulator  100 
 
 		 369 aa  726    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11580  transcriptional regulator  47.89 
 
 		 381 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0233829 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0515  transcriptional regulator, LacI family  46.34 
 
 		 369 aa  276  4e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3144  LacI family transcription regulator  44.59 
 
 		 364 aa  271  1e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0444202  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0169  transcriptional regulator, LacI family  41.16 
 
 		 377 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.042764  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21140  transcriptional regulator  42.82 
 
 		 358 aa  237  2e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.067406 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3571  transcriptional regulator, LacI family  36.74 
 
 		 331 aa  186  6e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3383  LacI family transcription regulator  34.52 
 
 		 342 aa  166  8e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  27.22 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.86 
 
 		 342 aa  155  7e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  33.15 
 
 		 349 aa  155  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  30.11 
 
 		 333 aa  154  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.66 
 
 		 331 aa  153  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  29.75 
 
 		 334 aa  152  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.2 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  32.33 
 
 		 340 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  29.78 
 
 		 335 aa  150  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  29.64 
 
 		 332 aa  150  4e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.28 
 
 		 333 aa  150  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  29.01 
 
 		 334 aa  149  7e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  31.28 
 
 		 353 aa  149  9e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  29.36 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6195  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.42 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193526  normal  0.910118 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  29.64 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  29.64 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  29.64 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  30.11 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  29.64 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  29.81 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  29.64 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06590  transcriptional regulator, LacI family  34.05 
 
 		 359 aa  147  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  29.64 
 
 		 332 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 335 aa  146  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.67 
 
 		 341 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.67 
 
 		 341 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.67 
 
 		 341 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.67 
 
 		 341 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.67 
 
 		 341 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.36 
 
 		 332 aa  146  5e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.92 
 
 		 335 aa  145  9e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.87 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  26.82 
 
 		 386 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.09 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  32.05 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  29.36 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  28.93 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  34.85 
 
 		 349 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.3 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.12 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  29.12 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.12 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  32.78 
 
 		 340 aa  144  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.12 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.12 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  29.12 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.12 
 
 		 343 aa  144  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.12 
 
 		 343 aa  144  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  29.16 
 
 		 352 aa  142  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  30.16 
 
 		 338 aa  142  8e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.14 
 
 		 336 aa  142  8e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  27.72 
 
 		 348 aa  142  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  28.84 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.09 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  26.9 
 
 		 336 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  32.24 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  27.5 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.23 
 
 		 339 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  27.98 
 
 		 332 aa  140  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  31.51 
 
 		 340 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  31.13 
 
 		 368 aa  139  6e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  27.98 
 
 		 332 aa  139  6e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.01 
 
 		 342 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.01 
 
 		 342 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  28.85 
 
 		 341 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  32.97 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 346 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  26.88 
 
 		 340 aa  139  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3688  LacI family transcription regulator  32.41 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  28.45 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  29.09 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  29.09 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3173  transcriptional regulator, LacI family  31.49 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.579609 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  29.09 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  27.3 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  29.26 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  29.09 
 
 		 330 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  34.49 
 
 		 339 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  32.37 
 
 		 346 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  28.29 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  28.3 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  28.3 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  28.81 
 
 		 330 aa  137  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  28.45 
 
 		 332 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  32.79 
 
 		 347 aa  137  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  27.9 
 
 		 334 aa  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1754  transcriptional regulator, LacI family  31.49 
 
 		 344 aa  137  4e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000321603 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  30.96 
 
 		 339 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1791  catabolite control protein A  26.89 
 
 		 329 aa  136  5e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.42313  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1826  catabolite control protein A  26.89 
 
 		 329 aa  136  5e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000092301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>