More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_11580 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_11580  transcriptional regulator  100 
 
 
381 aa  738    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0233829 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06380  transcriptional regulator  47.89 
 
 
369 aa  306  5.0000000000000004e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0169  transcriptional regulator, LacI family  39.04 
 
 
377 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.042764  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3144  LacI family transcription regulator  39.21 
 
 
364 aa  220  3e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0444202  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0515  transcriptional regulator, LacI family  38.54 
 
 
369 aa  210  3e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21140  transcriptional regulator  39.36 
 
 
358 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.067406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  34.64 
 
 
340 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  34.11 
 
 
340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  33.07 
 
 
340 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  33.25 
 
 
340 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3571  transcriptional regulator, LacI family  33.51 
 
 
331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16247  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.29 
 
 
348 aa  147  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  30 
 
 
334 aa  144  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  32.02 
 
 
339 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  28.25 
 
 
340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  28.53 
 
 
333 aa  138  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  32.07 
 
 
338 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  28.23 
 
 
334 aa  138  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  30.98 
 
 
338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  33.07 
 
 
353 aa  135  8e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  28.95 
 
 
330 aa  135  9e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  28.95 
 
 
330 aa  135  9e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  31.11 
 
 
337 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.64 
 
 
336 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  28.95 
 
 
330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 
334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  28.95 
 
 
330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  28.68 
 
 
330 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  28.95 
 
 
330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  28.95 
 
 
330 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  28.89 
 
 
336 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.02 
 
 
341 aa  133  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  31.68 
 
 
338 aa  132  6.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  25.66 
 
 
341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.08 
 
 
337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.47 
 
 
348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  27.89 
 
 
333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.72 
 
 
341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.72 
 
 
341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  28.21 
 
 
333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  25.28 
 
 
332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.72 
 
 
341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.72 
 
 
341 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  28.81 
 
 
340 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  25.28 
 
 
332 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.72 
 
 
341 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 
339 aa  130  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.7 
 
 
336 aa  130  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.46 
 
 
341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  28.35 
 
 
341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  27.89 
 
 
334 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  28.2 
 
 
341 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  28.2 
 
 
341 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.2 
 
 
341 aa  129  9.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.2 
 
 
341 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  28.2 
 
 
341 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.2 
 
 
341 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.2 
 
 
341 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.2 
 
 
341 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  27.49 
 
 
332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  27.49 
 
 
332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  27.49 
 
 
332 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.5 
 
 
341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.23 
 
 
341 aa  128  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  30.56 
 
 
337 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  29.02 
 
 
339 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.23 
 
 
341 aa  127  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 
340 aa  127  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.17 
 
 
341 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  28.41 
 
 
333 aa  127  4.0000000000000003e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.21 
 
 
341 aa  127  5e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  31.13 
 
 
350 aa  127  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.21 
 
 
341 aa  127  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.21 
 
 
341 aa  127  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  33.6 
 
 
339 aa  126  7e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  29.35 
 
 
335 aa  125  9e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  27.23 
 
 
332 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.68 
 
 
341 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  27.23 
 
 
332 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  32.98 
 
 
328 aa  125  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  30.59 
 
 
343 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 
333 aa  125  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  30.59 
 
 
343 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  27.56 
 
 
338 aa  124  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  27.18 
 
 
331 aa  123  5e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1756  LacI family transcription regulator  29.32 
 
 
370 aa  123  5e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  29.64 
 
 
334 aa  123  5e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  25.21 
 
 
335 aa  123  6e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  28.69 
 
 
346 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  30.31 
 
 
353 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.12 
 
 
337 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  24.93 
 
 
333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  26.47 
 
 
328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  30.96 
 
 
343 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.4 
 
 
337 aa  121  3e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  30.27 
 
 
343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  26.84 
 
 
331 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  30.39 
 
 
343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  30.27 
 
 
343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  30.39 
 
 
343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>