More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0515 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0515  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 369 aa  732    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3144  LacI family transcription regulator  59.29 
 
 		 364 aa  412  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0444202  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21140  transcriptional regulator  50.82 
 
 		 358 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.067406 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06380  transcriptional regulator  46.34 
 
 		 369 aa  276  4e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11580  transcriptional regulator  38.27 
 
 		 381 aa  206  8e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0233829 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0169  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 		 377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.042764  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3571  transcriptional regulator, LacI family  35.08 
 
 		 331 aa  149  8e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 335 aa  149  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.22 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  33.87 
 
 		 368 aa  137  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  27.96 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  29.97 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  31.18 
 
 		 346 aa  130  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3688  LacI family transcription regulator  32.16 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3896  transcriptional regulator, LacI family  30.81 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.469202 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3383  LacI family transcription regulator  31.06 
 
 		 342 aa  125  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.27 
 
 		 335 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 331 aa  124  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  32.43 
 
 		 336 aa  123  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  28.42 
 
 		 338 aa  122  8e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  28.31 
 
 		 358 aa  122  9e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  26.7 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.65 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.65 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  28.61 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  27.52 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2556  transcriptional regulator, LacI family  27.76 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000904675  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  29.81 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  27.52 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6854  transcriptional regulator, LacI family  31.79 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000835434  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  27.89 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  30.83 
 
 		 353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.07 
 
 		 337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  31.06 
 
 		 349 aa  119  6e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  31.37 
 
 		 355 aa  119  7e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  27.05 
 
 		 352 aa  119  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.18 
 
 		 341 aa  119  9e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  31.65 
 
 		 350 aa  118  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.03 
 
 		 341 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  30.33 
 
 		 344 aa  119  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  26.85 
 
 		 335 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.42 
 
 		 333 aa  119  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.03 
 
 		 341 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.03 
 
 		 341 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.03 
 
 		 341 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.03 
 
 		 341 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.08 
 
 		 341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  28.08 
 
 		 341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.08 
 
 		 341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  28.08 
 
 		 341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.08 
 
 		 341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  28.49 
 
 		 331 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  30.33 
 
 		 346 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  27.05 
 
 		 334 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.08 
 
 		 343 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2877  transcriptional regulator, LacI family  30.39 
 
 		 372 aa  118  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0137169 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.08 
 
 		 343 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.08 
 
 		 341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  30.89 
 
 		 339 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  29.08 
 
 		 348 aa  117  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  31.27 
 
 		 339 aa  117  3.9999999999999997e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  27.03 
 
 		 337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  27.9 
 
 		 330 aa  116  5e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.95 
 
 		 333 aa  116  5e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  26.04 
 
 		 333 aa  116  6e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.07 
 
 		 335 aa  116  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  27.95 
 
 		 333 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.91 
 
 		 330 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1069  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  27 
 
 		 328 aa  115  8.999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.209088 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  30.97 
 
 		 334 aa  115  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  28.8 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  25.89 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.65 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3173  transcriptional regulator, LacI family  30.91 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.579609 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  27.49 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1775  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 350 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.443552 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  31 
 
 		 347 aa  115  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6733  transcriptional regulator, LacI family  30.95 
 
 		 354 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.564836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  27.05 
 
 		 333 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  27.62 
 
 		 328 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1502  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.2 
 
 		 323 aa  114  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.725302 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0588  LacI family transcription regulator  27 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.979882  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0527  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  27 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  30.4 
 
 		 337 aa  113  5e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  25.73 
 
 		 335 aa  113  6e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  29.76 
 
 		 344 aa  113  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  31.56 
 
 		 335 aa  112  7.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.88 
 
 		 342 aa  112  7.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0892  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 348 aa  112  8.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.774645  normal  0.081922 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3350  LacI family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 364 aa  112  9e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  27.45 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  27.45 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  27.45 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  27.45 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  26.03 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6359  transcriptional regulator, LacI family  28.5 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  29.26 
 
 		 336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  27.03 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  27.45 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>