More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_21140 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_21140  transcriptional regulator  100 
 
 		 358 aa  706    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.067406 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0515  transcriptional regulator, LacI family  50.82 
 
 		 369 aa  313  1.9999999999999998e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3144  LacI family transcription regulator  47.37 
 
 		 364 aa  291  1e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0444202  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06380  transcriptional regulator  42.82 
 
 		 369 aa  237  2e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0169  transcriptional regulator, LacI family  38.4 
 
 		 377 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.042764  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11580  transcriptional regulator  39.26 
 
 		 381 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0233829 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.02 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.47 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 343 aa  142  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  31.55 
 
 		 335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  28.37 
 
 		 352 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3571  transcriptional regulator, LacI family  34.9 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  30.17 
 
 		 349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.25 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  29.07 
 
 		 341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  30.24 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  28.23 
 
 		 335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  26.44 
 
 		 327 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.74 
 
 		 339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  33.33 
 
 		 338 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.65 
 
 		 342 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  27.89 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  27.89 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3688  LacI family transcription regulator  33.95 
 
 		 332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.96 
 
 		 336 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  32.81 
 
 		 328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  28.66 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  32.39 
 
 		 346 aa  127  3e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  29.75 
 
 		 348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  33.33 
 
 		 331 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  32.14 
 
 		 339 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.71 
 
 		 337 aa  126  6e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  32.3 
 
 		 340 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  29.71 
 
 		 340 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  31.05 
 
 		 337 aa  125  8.000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0941  alanine racemase  31.69 
 
 		 328 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00393533  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4566  transcriptional regulator, LacI family  28.78 
 
 		 340 aa  125  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3611  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.58 
 
 		 345 aa  125  1e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3410  transcriptional regulator, LacI family  30.37 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  29.64 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3312  LacI family transcription regulator  28.78 
 
 		 336 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  29.45 
 
 		 344 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4264  alanine racemase  31.87 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.884026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  33.44 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 347 aa  124  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  29.86 
 
 		 337 aa  124  3e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  27.03 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1521  transcriptional regulator, LacI family  26.12 
 
 		 342 aa  124  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000124724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.08 
 
 		 341 aa  123  5e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.08 
 
 		 341 aa  123  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3708  transcriptional regulator, LacI family  30.98 
 
 		 343 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36497  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.08 
 
 		 341 aa  123  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30.05 
 
 		 368 aa  123  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  31.02 
 
 		 358 aa  122  7e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  27.86 
 
 		 333 aa  122  9e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2511  transcriptional regulator, LacI family  34.04 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.155489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  29.04 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  28.74 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  29.12 
 
 		 333 aa  121  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  30.5 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  32.12 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  28.4 
 
 		 338 aa  122  9.999999999999999e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  31.64 
 
 		 382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0565  LacI family transcription regulator  29.09 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  29.81 
 
 		 336 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  31.68 
 
 		 340 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  32.53 
 
 		 334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  31.71 
 
 		 333 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  32.44 
 
 		 362 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.45 
 
 		 337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6359  transcriptional regulator, LacI family  28.49 
 
 		 356 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  26.67 
 
 		 335 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 331 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  32.86 
 
 		 344 aa  119  6e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04812  hypothetical protein  30.97 
 
 		 335 aa  119  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.92 
 
 		 341 aa  119  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  29.89 
 
 		 358 aa  119  7e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.22 
 
 		 341 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  29.05 
 
 		 336 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.22 
 
 		 341 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  30.67 
 
 		 334 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0144  LacI family transcription regulator  35.4 
 
 		 375 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  34.15 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  32.39 
 
 		 337 aa  119  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4446  transcriptional regulator, LacI family  32.23 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2404  transcriptional regulator, LacI family  30.35 
 
 		 349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.000976758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.22 
 
 		 341 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  31.42 
 
 		 337 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  30.14 
 
 		 344 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3383  LacI family transcription regulator  32.49 
 
 		 342 aa  117  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.22 
 
 		 341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.22 
 
 		 341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  30.75 
 
 		 332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.22 
 
 		 341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.97 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  26.89 
 
 		 386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  32.39 
 
 		 379 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  30.17 
 
 		 355 aa  117  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1756  LacI family transcription regulator  30.59 
 
 		 370 aa  117  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>