More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_2404 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_2404  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 349 aa  693    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.000976758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3256  LacI family transcription regulator  44.92 
 
 		 369 aa  259  3e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.893798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0786  transcriptional regulator, LacI family  42.15 
 
 		 356 aa  246  3e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0777  transcriptional regulator, LacI family  38.39 
 
 		 339 aa  223  3e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000623929 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0495  LacI family transcription regulator  37.93 
 
 		 354 aa  223  4.9999999999999996e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3013  transcriptional regulator, LacI family  40.31 
 
 		 326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.168933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3313  transcriptional regulator, LacI family  39.09 
 
 		 358 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0187548 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07200  transcriptional regulator  38.25 
 
 		 341 aa  197  3e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0947559  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1502  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.23 
 
 		 323 aa  195  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.725302 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2982  transcriptional regulator, LacI family  37.1 
 
 		 348 aa  193  3e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.463067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0593  transcriptional regulator, LacI family  36.2 
 
 		 328 aa  186  6e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05320  transcriptional regulator  36.33 
 
 		 371 aa  183  3e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5012  transcriptional regulator, LacI family  36.73 
 
 		 324 aa  182  9.000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2751  transcriptional regulator, LacI family  34.97 
 
 		 335 aa  182  1e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.360192  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0581  Alanine racemase  36.7 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0953116  normal  0.13709 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31060  transcriptional regulator  34.64 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.613185  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1391  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.53 
 
 		 335 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07090  transcriptional regulator  34.93 
 
 		 344 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.72012 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5102  transcriptional regulator, LacI family  36.56 
 
 		 326 aa  173  5e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2753  transcriptional regulator, LacI family  38.07 
 
 		 344 aa  172  5.999999999999999e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.69 
 
 		 337 aa  170  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3356  transcriptional regulator, LacI family  39.7 
 
 		 341 aa  169  6e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.647155 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3140  transcriptional regulator, LacI family  34.93 
 
 		 344 aa  169  9e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.636128 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4285  transcriptional regulator, LacI family  36.88 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.171981  normal  0.523747 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3340  LacI family transcription regulator  34.32 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  37.13 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  36.58 
 
 		 337 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0794  transcriptional regulator, LacI family  36.8 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0126496 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1921  transcriptional regulator, LacI family  37.61 
 
 		 330 aa  161  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.295106 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  36.04 
 
 		 335 aa  159  8e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  35.06 
 
 		 349 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.34 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.55 
 
 		 335 aa  156  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 336 aa  156  6e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.14 
 
 		 341 aa  155  7e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  35.69 
 
 		 391 aa  154  2e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.34 
 
 		 335 aa  154  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4670  transcriptional regulator, LacI family  34.36 
 
 		 328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.659427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  30.89 
 
 		 329 aa  153  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.04 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.04 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  34.73 
 
 		 353 aa  151  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.85 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.36 
 
 		 335 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  35.33 
 
 		 335 aa  150  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  35.12 
 
 		 342 aa  150  4e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 352 aa  149  7e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2534  transcriptional regulator, LacI family  33.91 
 
 		 663 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.01 
 
 		 356 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.21 
 
 		 356 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5165  LacI family transcription regulator  34.34 
 
 		 330 aa  146  6e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0372  transcriptional regulator, LacI family  35.76 
 
 		 325 aa  145  9e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  31.02 
 
 		 334 aa  145  9e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.88 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  30.88 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.88 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.88 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.88 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.88 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.88 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  30.88 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.47 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.47 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  34.81 
 
 		 339 aa  144  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.47 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.47 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.47 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.59 
 
 		 342 aa  144  3e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1186  transcriptional regulator, LacI family  36.23 
 
 		 358 aa  143  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0882106  normal  0.328337 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3452  LacI family transcription regulator  34.02 
 
 		 369 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.64 
 
 		 336 aa  143  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3091  LacI family transcription regulator  32.68 
 
 		 328 aa  143  5e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 346 aa  142  6e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2717  LacI family transcription regulator  34.25 
 
 		 330 aa  142  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 		 379 aa  142  9e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.65 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.06 
 
 		 339 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4069  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 		 367 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3401  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 367 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0834  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 347 aa  140  3e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  32.07 
 
 		 339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5235  LacI family transcription regulator  33.54 
 
 		 330 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0309  LacI family transcription regulator  34.22 
 
 		 342 aa  139  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  31.04 
 
 		 332 aa  139  7.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2305  transcriptional regulator, LacI family  32.95 
 
 		 349 aa  138  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.24 
 
 		 356 aa  139  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.33 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29250  transcriptional regulator  33.82 
 
 		 651 aa  137  2e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  30.51 
 
 		 349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  31.79 
 
 		 342 aa  137  4e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  30.81 
 
 		 344 aa  137  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.23 
 
 		 330 aa  136  5e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.78 
 
 		 337 aa  136  5e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.08 
 
 		 330 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  32.55 
 
 		 333 aa  136  7.000000000000001e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0329  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 347 aa  135  7.000000000000001e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16025  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 348 aa  135  7.000000000000001e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>