More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0565 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0565  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 339 aa  694    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3383  LacI family transcription regulator  86.87 
 
 		 344 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0237122 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2652  LacI family transcription regulator  60 
 
 		 335 aa  397  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126307  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.99 
 
 		 347 aa  263  4e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1374  transcriptional regulator, LacI family  43.22 
 
 		 357 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.748872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1478  transcriptional regulator, LacI family  42.59 
 
 		 348 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.890792 
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  41.14 
 
 		 352 aa  255  7e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  40.54 
 
 		 351 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1971  LacI family transcription regulator  40.84 
 
 		 352 aa  253  4.0000000000000004e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137395  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2376  transcriptional regulator, LacI family  41.16 
 
 		 352 aa  240  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8123  transcriptional regulator, LacI family  41.18 
 
 		 358 aa  225  8e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0592322  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1775  transcriptional regulator, LacI family  38.62 
 
 		 350 aa  219  6e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.443552 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  38.74 
 
 		 357 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3336  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.5 
 
 		 341 aa  209  6e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0752084  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0624  LacI family transcription regulator  36.39 
 
 		 348 aa  207  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.393739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3927  LacI family transcription regulator  37.84 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01228  transcriptional regulator  38.14 
 
 		 354 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00348706  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0272  LacI family transcription regulator  35.22 
 
 		 365 aa  196  7e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.419733  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  34.65 
 
 		 341 aa  193  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  35.45 
 
 		 346 aa  191  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5078  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.2 
 
 		 337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0397942  normal  0.741474 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3568  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.71 
 
 		 339 aa  184  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0984  transcriptional regulator, putative  32.71 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.879842  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0926  putative transcriptional regulator  32.71 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.133438  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1376  alanine racemase  32.4 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3749  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.1 
 
 		 344 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1861  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 340 aa  169  9e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.453605  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1177  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.93 
 
 		 360 aa  169  9e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1853  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 340 aa  166  5e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3381  transcriptional regulator, LacI family  29.82 
 
 		 340 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289071 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2764  alanine racemase  31.02 
 
 		 340 aa  166  8e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0923309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2846  LacI family transcription regulator  32.19 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3679  transcriptional regulator, LacI family  29.52 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0074  LacI family transcription regulator  29.77 
 
 		 351 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.840414  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  33.22 
 
 		 349 aa  160  3e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2646  transcriptional regulator, LacI family  34.34 
 
 		 350 aa  160  4e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  32.48 
 
 		 343 aa  159  9e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  30.74 
 
 		 336 aa  158  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05790  transcriptional regulator  35.45 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3792  transcriptional regulator LacI family  29.43 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.190437  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1618  DNA-binding transcriptional repressor MalI  30 
 
 		 340 aa  156  5.0000000000000005e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.671811  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.05 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.05 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  33.12 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  35 
 
 		 347 aa  153  4e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3964  transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 332 aa  152  5e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0147565  normal  0.0529978 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 		 347 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  34.37 
 
 		 334 aa  152  7e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  31.12 
 
 		 326 aa  150  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  29.45 
 
 		 323 aa  150  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6552  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.33 
 
 		 376 aa  149  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.245793  hitchhiker  0.0000198251 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  34.32 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  34.32 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 346 aa  149  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  34.32 
 
 		 343 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  34.32 
 
 		 343 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  34.32 
 
 		 343 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  33 
 
 		 346 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 358 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.14 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0880  transcriptional regulator, LacI family  35.54 
 
 		 338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  29.14 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  29.14 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  30.36 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  27.43 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  29.14 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  32.6 
 
 		 347 aa  147  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  28.83 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  33.99 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  33.55 
 
 		 347 aa  147  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  33.99 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.22 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  28.83 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  33.02 
 
 		 353 aa  146  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  28.39 
 
 		 336 aa  146  5e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  28.39 
 
 		 336 aa  146  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 346 aa  146  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  28.06 
 
 		 323 aa  146  6e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  32.42 
 
 		 332 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  30.06 
 
 		 337 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  33.66 
 
 		 343 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  33.66 
 
 		 343 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  33.66 
 
 		 343 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  33.66 
 
 		 343 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.17 
 
 		 352 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.02 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  28.53 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  26.65 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  28.53 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.03 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3559  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 339 aa  144  3e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.156963  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  28.53 
 
 		 323 aa  144  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.89 
 
 		 348 aa  144  3e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  34.04 
 
 		 339 aa  144  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.4 
 
 		 343 aa  144  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4573  LacI family transcription regulator  32.11 
 
 		 326 aa  144  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0936264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  31.56 
 
 		 353 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3595  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.31 
 
 		 356 aa  143  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0645227  normal  0.199823 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>