More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_06590 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_06590  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 359 aa  718    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2577  transcriptional regulator, LacI family  51.03 
 
 		 346 aa  315  9e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215831  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04300  transcriptional regulator, LacI family  49.72 
 
 		 352 aa  309  5.9999999999999995e-83  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0100  transcriptional regulator, LacI family  47.94 
 
 		 348 aa  306  5.0000000000000004e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0658146  normal  0.053402 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0916  transcriptional regulator, LacI family  47.23 
 
 		 345 aa  264  2e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.684035  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6224  HTH-type transcriptional repressor PurR  46.45 
 
 		 348 aa  262  6.999999999999999e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.348111 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  45.09 
 
 		 340 aa  261  2e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  45.06 
 
 		 348 aa  259  4e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  45.97 
 
 		 336 aa  259  4e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  45.18 
 
 		 328 aa  256  4e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11590  transcriptional regulator  44.25 
 
 		 362 aa  253  3e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.042152 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  44.81 
 
 		 346 aa  252  5.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  44.54 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  42.73 
 
 		 339 aa  240  2.9999999999999997e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4705  transcriptional regulator, LacI family  44.44 
 
 		 359 aa  238  9e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  44.74 
 
 		 333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  41.48 
 
 		 346 aa  230  3e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4997  transcriptional regulator, LacI family  44.01 
 
 		 372 aa  230  3e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.385337 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0748  transcriptional regulator, LacI family  43.27 
 
 		 346 aa  229  4e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1925  LacI family transcription regulator  39.18 
 
 		 358 aa  226  6e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.149363  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  42.47 
 
 		 351 aa  221  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0930  LacI family response repressor  40.98 
 
 		 328 aa  220  3e-56  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.562853  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06900  transcriptional regulator, LacI family  41.62 
 
 		 339 aa  217  2e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0495  transcriptional regulator, LacI family  38.89 
 
 		 335 aa  209  5e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.448967  normal  0.778992 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2947  regulatory protein LacI  38.44 
 
 		 359 aa  209  7e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.407921  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29490  transcriptional regulator  40.42 
 
 		 340 aa  202  7e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1918  LacI family transcription regulator  37.69 
 
 		 368 aa  199  3.9999999999999996e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.04786  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  35.38 
 
 		 343 aa  194  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1363  lac repressor  35.57 
 
 		 358 aa  191  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3042  transcriptional regulator, LacI family  38.58 
 
 		 359 aa  191  2e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  34.72 
 
 		 358 aa  189  9e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0276  transcriptional regulator, LacI family  36.73 
 
 		 342 aa  187  2e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0400  transcriptional regulator, LacI family  39.3 
 
 		 346 aa  186  4e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0376  lac repressor  35.76 
 
 		 360 aa  186  6e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000396722  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00299  lac repressor  35.38 
 
 		 360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000126874  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10002  Lactose operon repressor  35.38 
 
 		 360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00303  hypothetical protein  35.38 
 
 		 360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00703  hypothetical protein  35.38 
 
 		 360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000122917  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2732  lac repressor  36.22 
 
 		 357 aa  183  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.02392  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3261  transcriptional regulator, LacI family  35.38 
 
 		 363 aa  184  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862656  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3280  lac repressor  35.38 
 
 		 363 aa  184  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000820962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0409  lac repressor  35.09 
 
 		 363 aa  183  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.9973e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0369  lac repressor  35.38 
 
 		 363 aa  183  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000375664  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0418  lac repressor  35.38 
 
 		 360 aa  184  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000822114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0817  transcriptional regulator, LacI family  38.94 
 
 		 342 aa  182  9.000000000000001e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.533751  normal  0.134467 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01060  transcriptional regulator  36.26 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0887305  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  37.94 
 
 		 339 aa  178  2e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0927  lac repressor  34.81 
 
 		 355 aa  177  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0196781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2911  transcriptional regulator, LacI family  37.5 
 
 		 342 aa  177  3e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  39.82 
 
 		 342 aa  176  8e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  36.66 
 
 		 352 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  32.74 
 
 		 338 aa  170  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  35.62 
 
 		 357 aa  170  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  34.94 
 
 		 331 aa  169  7e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  36.47 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2480  transcriptional regulator, LacI family  38.99 
 
 		 341 aa  168  2e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.725797  normal  0.877473 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  34.74 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  36.01 
 
 		 353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0976  lac repressor  32.19 
 
 		 357 aa  167  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3358  lac repressor  32.19 
 
 		 357 aa  167  4e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  33.63 
 
 		 334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0922  lac repressor  31.76 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  33.82 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  37.06 
 
 		 338 aa  162  6e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 		 355 aa  162  7e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  32.54 
 
 		 340 aa  162  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  36.81 
 
 		 362 aa  162  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1021  LacI family response repressor  33.97 
 
 		 371 aa  162  1e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  35.74 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 342 aa  161  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.06 
 
 		 348 aa  161  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2013  lac repressor  31.76 
 
 		 356 aa  161  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 		 337 aa  160  4e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3394  transcriptional regulator  36.49 
 
 		 361 aa  159  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.330741 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  34.12 
 
 		 335 aa  159  5e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3383  LacI family transcription regulator  36.45 
 
 		 342 aa  159  8e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1283  lac repressor  31.61 
 
 		 357 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  32.94 
 
 		 333 aa  157  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  33.91 
 
 		 339 aa  156  6e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.52 
 
 		 335 aa  155  9e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.15 
 
 		 336 aa  155  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.06 
 
 		 335 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  29.79 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  33.64 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  34.01 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  32.56 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  34.02 
 
 		 391 aa  153  5e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  32.95 
 
 		 344 aa  153  5e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2830  transcriptional regulator, LacI family  34.71 
 
 		 344 aa  153  5.9999999999999996e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3491  transcriptional regulator, LacI family  35.34 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.201292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  31.74 
 
 		 332 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  31.69 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  30.84 
 
 		 333 aa  152  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3721  transcriptional regulator  34.77 
 
 		 350 aa  152  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  31.74 
 
 		 332 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.34 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3173  transcriptional regulator, LacI family  35.54 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.579609 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1754  transcriptional regulator, LacI family  35.54 
 
 		 344 aa  150  3e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000321603 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.52 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.84 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>