More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2180 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2180  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 222 aa  459  9.999999999999999e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.384012 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3979  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.08 
 
 		 220 aa  238  5e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487116  normal  0.704163 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4735  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.35 
 
 		 229 aa  147  9e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.261027  hitchhiker  0.000239774 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5215  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.07 
 
 		 217 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1580  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.37 
 
 		 216 aa  105  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1605  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.37 
 
 		 216 aa  105  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2887  LuxR family two component transcriptional regulator  26.92 
 
 		 225 aa  105  8e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.526109  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.717242  normal  0.142765 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2881  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.95 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 215 aa  101  9e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1037  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 247 aa  94.4  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0584  response regulator receiver protein  28.04 
 
 		 216 aa  94.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0767221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0301  two component LuxR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 231 aa  91.3  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.54347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1271  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.08 
 
 		 350 aa  90.5  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1860  two component LuxR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 235 aa  89.7  3e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2955  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.13 
 
 		 231 aa  89  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.800941 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2657  response regulator receiver protein  33.6 
 
 		 128 aa  89.4  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0140925  normal  0.150861 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4627  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.03 
 
 		 226 aa  89  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2107  two component LuxR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 245 aa  88.6  8e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0463  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  34.71 
 
 		 403 aa  86.7  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2987  LuxR family two component transcriptional regulator  25.56 
 
 		 231 aa  86.7  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1838  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.54 
 
 		 231 aa  86.3  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1812  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.54 
 
 		 231 aa  86.3  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2022  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.67 
 
 		 589 aa  85.5  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2427  two component LuxR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 245 aa  85.1  7e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.27075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4491  two component LuxR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 233 aa  85.5  7e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.697305 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.49 
 
 		 348 aa  84.3  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 265 aa  84  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0649  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  37.29 
 
 		 387 aa  83.2  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.736737  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1040  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 365 aa  82.8  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0065  response regulator receiver domain-containing protein  33.9 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.670969  normal  0.0252366 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.17 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.46 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.17 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0648  diguanylate phosphodiesterase  32.77 
 
 		 403 aa  80.5  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.215101 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.17 
 
 		 201 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.17 
 
 		 201 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5556  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.51 
 
 		 352 aa  79  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487576  normal  0.0420739 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.77 
 
 		 354 aa  79  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2903  response regulator receiver protein  32.17 
 
 		 120 aa  79  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.629195  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0981  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.88 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  32.3 
 
 		 289 aa  78.6  0.00000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02441  two-component response regulator  23.32 
 
 		 242 aa  78.2  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01891  two-component response regulator  23.77 
 
 		 242 aa  78.2  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.991625  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3419  LuxR response regulator receiver  27.35 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393456  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0171  two component LuxR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 242 aa  78.2  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01871  two-component response regulator  24.22 
 
 		 242 aa  78.2  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1537  two component LuxR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 242 aa  76.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.36 
 
 		 392 aa  77.4  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27181  two-component response regulator  23.87 
 
 		 233 aa  76.3  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2199  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  32.77 
 
 		 344 aa  76.6  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.425276 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01871  two-component response regulator  23.77 
 
 		 242 aa  76.3  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.528311  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  36.44 
 
 		 355 aa  76.3  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  25.24 
 
 		 352 aa  75.9  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01981  two-component response regulator  23.77 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.125891  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  28.7 
 
 		 993 aa  74.3  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0251  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 126 aa  74.7  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.102048 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 443 aa  74.7  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2943  two component LuxR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 215 aa  74.3  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0537  two component transcriptional regulator  31.58 
 
 		 223 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.340982  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.4 
 
 		 1003 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0459  DNA-binding response regulator  26.62 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.025631  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5920  two component transcriptional regulator  31.2 
 
 		 247 aa  73.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  29.41 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 443 aa  73.2  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2324  two component LuxR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 245 aa  73.2  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.83 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1748  response regulator receiver  30.51 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.122601  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3576  two component LuxR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3077  two component transcriptional regulator  27.33 
 
 		 227 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1930  two component transcriptional regulator  30.5 
 
 		 233 aa  72  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.465475  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0590  two component LuxR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 215 aa  72  0.000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0448  DNA-binding response regulator  26.62 
 
 		 234 aa  72  0.000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.223302  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0603  two component LuxR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 215 aa  72  0.000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0581  two component LuxR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 215 aa  72  0.000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2662  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.33 
 
 		 231 aa  71.6  0.000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.79 
 
 		 1559 aa  70.9  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  24.17 
 
 		 229 aa  71.2  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  30.83 
 
 		 248 aa  71.2  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1472  two component LuxR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 214 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.781461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  27.62 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3105  DNA-binding response regulator PhoB  30.51 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2296  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.87 
 
 		 394 aa  70.5  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4080  DNA-binding response regulator, LuxR family  23.41 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3177  adenylate/guanylate cyclase with GAF and PAS/PAC sensors  31.4 
 
 		 971 aa  70.5  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1285  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.07 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.477652  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 214 aa  70.5  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0509  two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2053  two component transcriptional regulator  30.37 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  27.04 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2399  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 121 aa  70.1  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.732485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2355  response regulator receiver protein  31.36 
 
 		 129 aa  70.1  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 201 aa  69.7  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0249  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.08 
 
 		 232 aa  69.7  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  30.89 
 
 		 1296 aa  70.1  0.00000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6032  response regulator receiver protein  28.11 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05730  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  29.91 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.587783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1310  DNA-binding response regulator  26.47 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0031  two component transcriptional regulator, LuxR family  21.72 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>