More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0459 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_0459  DNA-binding response regulator  100 
 
 
234 aa  467  1.0000000000000001e-131  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.025631  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0448  DNA-binding response regulator  99.15 
 
 
234 aa  463  9.999999999999999e-131  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.223302  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0867  two component transcriptional regulator  70.64 
 
 
236 aa  344  7e-94  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.145735  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1336  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.87 
 
 
228 aa  298  7e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2940  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.43 
 
 
228 aa  291  6e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0012757  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5021  DNA-binding response regulator  58.55 
 
 
233 aa  281  5.000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0330449  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0303  DNA-binding response regulator  58.55 
 
 
233 aa  281  7.000000000000001e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0610099  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0256  DNA-binding response regulator  58.97 
 
 
233 aa  281  8.000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0245  response regulator  58.97 
 
 
233 aa  281  8.000000000000001e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0271  DNA-binding response regulator  58.97 
 
 
233 aa  281  8.000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.439326  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0242  response regulator  58.55 
 
 
233 aa  280  1e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0296  DNA-binding response regulator  58.55 
 
 
233 aa  280  1e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0294  DNA-binding response regulator  58.55 
 
 
233 aa  280  2e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0249  two component transcriptional regulator  58.97 
 
 
233 aa  280  2e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0382139  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0322  DNA-binding response regulator  58.55 
 
 
233 aa  280  2e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000418869  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4666  two component transcriptional regulator  58.55 
 
 
233 aa  278  5e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0255  two component transcriptional regulator  58.7 
 
 
246 aa  277  1e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000922211  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0283  regulatory protein VanR  58.55 
 
 
233 aa  276  3e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4801  response regulator protein  58.97 
 
 
234 aa  275  3e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000584394  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5254  regulatory protein VanR  58.97 
 
 
234 aa  275  3e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2813  two component transcriptional regulator  56.84 
 
 
231 aa  275  6e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000151023  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2674  DNA-binding response regulator  60.09 
 
 
232 aa  272  4.0000000000000004e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00069138  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2359  DNA-binding response regulator  60.09 
 
 
232 aa  271  4.0000000000000004e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.596616  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3518  two component transcriptional regulator  56.65 
 
 
234 aa  261  6.999999999999999e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2658  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.41 
 
 
234 aa  259  2e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3169  regulatory protein VanR  50.86 
 
 
229 aa  241  9e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.16404  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1665  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.62 
 
 
232 aa  236  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0488  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.19 
 
 
235 aa  233  3e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00220414 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2021  regulatory protein VanR  51.54 
 
 
228 aa  231  6e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2302  DNA-binding response regulator  49.13 
 
 
231 aa  228  4e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1869  DNA-binding response regulator  48.72 
 
 
232 aa  228  5e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2564  DNA-binding response regulator  49.13 
 
 
231 aa  228  7e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0589521  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1689  response regulator  48.29 
 
 
232 aa  228  7e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2313  two component transcriptional regulator  51.98 
 
 
228 aa  228  8e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0313786  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1739  DNA-binding response regulator  48.29 
 
 
232 aa  228  8e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1877  DNA-binding response regulator  48.29 
 
 
232 aa  228  8e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2617  DNA-binding response regulator  49.57 
 
 
231 aa  227  1e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.993672  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1956  DNA-binding response regulator  47.86 
 
 
232 aa  226  2e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.387323  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2385  DNA-binding response regulator  48.26 
 
 
231 aa  226  2e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.534853  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2796  DNA-binding response regulator  49.57 
 
 
231 aa  226  2e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.512352  hitchhiker  0.00000533196 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2341  DNA-binding response regulator  48.26 
 
 
231 aa  226  2e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000166477  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2561  DNA-binding response regulator  48.26 
 
 
231 aa  226  2e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.630654  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2574  DNA-binding response regulator  48.26 
 
 
231 aa  226  2e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000040017 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3473  DNA-binding response regulator  47.44 
 
 
232 aa  226  2e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000348992 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2526  DNA-binding response regulator  49.57 
 
 
231 aa  226  2e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0963  two component transcriptional regulator  46.96 
 
 
225 aa  226  3e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1985  DNA-binding response regulator  47.86 
 
 
232 aa  226  3e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1715  response regulator  47.44 
 
 
232 aa  224  6e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0124001  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1912  DNA-binding response regulator  47.66 
 
 
232 aa  221  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0928779 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1815  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 
232 aa  221  9e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.101184  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1403  DNA-binding response regulator  47.39 
 
 
225 aa  217  1e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000398651  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0257  DNA-binding response regulator  46.96 
 
 
232 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0117449  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4692  two component transcriptional regulator  46.52 
 
 
232 aa  215  4e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4980  DNA-binding response regulator  46.52 
 
 
232 aa  215  4e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4745  DNA-binding response regulator  46.09 
 
 
232 aa  214  5.9999999999999996e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4583  DNA-binding response regulator  46.09 
 
 
232 aa  214  5.9999999999999996e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.510578  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5106  DNA-binding response regulator  46.09 
 
 
232 aa  214  5.9999999999999996e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4963  DNA-binding response regulator  46.09 
 
 
232 aa  214  7e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4991  DNA-binding response regulator  46.52 
 
 
232 aa  214  9e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5010  DNA-binding response regulator  46.52 
 
 
232 aa  214  9e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4605  DNA-binding response regulator  46.52 
 
 
232 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000523811  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0712  DNA-binding response regulator  47.19 
 
 
234 aa  213  1.9999999999999998e-54  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2373  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 
231 aa  210  2e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0367191  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0351  DNA-binding response regulator  49.57 
 
 
230 aa  207  8e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1735  DNA-binding response regulator  48.7 
 
 
228 aa  206  2e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0117  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 
229 aa  206  3e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000111014  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3069  two component transcriptional regulator  44.93 
 
 
230 aa  204  7e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000467461  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0119  DNA-binding response regulator  48.7 
 
 
230 aa  199  1.9999999999999998e-50  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1157  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.24 
 
 
233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4365  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 
230 aa  196  3e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0844  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 
235 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.17 
 
 
237 aa  195  6e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1173  DNA-binding response regulator  41.03 
 
 
234 aa  195  6e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.423617  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2918  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.97 
 
 
232 aa  195  7e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0590  DNA-binding response regulator  43.91 
 
 
230 aa  194  7e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4283  response regulator  43.91 
 
 
230 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1218  DNA-binding response regulator  41.45 
 
 
234 aa  194  9e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4168  DNA-binding response regulator  41.03 
 
 
234 aa  194  9e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4650  DNA-binding response regulator  43.91 
 
 
230 aa  193  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4433  DNA-binding response regulator  43.91 
 
 
230 aa  192  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4777  DNA-binding response regulator  43.91 
 
 
230 aa  192  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  40.09 
 
 
237 aa  192  3e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1018  response regulator  41.03 
 
 
234 aa  192  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.54503  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1285  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.99 
 
 
234 aa  192  4e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.477652  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1017  response regulator  41.03 
 
 
234 aa  192  5e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0627963  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4272  response regulator  43.91 
 
 
230 aa  192  5e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760233  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1198  DNA-binding response regulator  41.03 
 
 
234 aa  192  5e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.885409 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1040  DNA-binding response regulator  41.03 
 
 
234 aa  191  6e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1119  DNA-binding response regulator  41.03 
 
 
234 aa  191  6e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.81 
 
 
233 aa  191  7e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1275  DNA-binding response regulator  41.03 
 
 
234 aa  191  7e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4998  DNA-binding response regulator  40.09 
 
 
237 aa  190  1e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.709524  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4647  DNA-binding response regulator  44.35 
 
 
230 aa  191  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1023  two component transcriptional regulator  39.32 
 
 
233 aa  190  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4663  DNA-binding response regulator  43.04 
 
 
230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  39.66 
 
 
237 aa  189  4e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3233  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 
230 aa  188  5e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 
232 aa  188  5.999999999999999e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1833  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.1 
 
 
227 aa  187  9e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4400  DNA-binding response regulator  40.09 
 
 
233 aa  187  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>