More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2022 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2022  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 282 aa  590  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0521834 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1151  helix-turn-helix domain-containing protein  40.35 
 
 		 265 aa  203  3e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0769  transcriptional regulator, AraC family  34.89 
 
 		 266 aa  167  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0654  transcriptional regulator, AraC family  36.68 
 
 		 264 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0490278 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2199  transcriptional regulator, AraC family  36.62 
 
 		 264 aa  159  3e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.379945  hitchhiker  0.00764507 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2080  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 271 aa  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.209158 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2823  transcriptional regulator, AraC family  46.02 
 
 		 285 aa  95.1  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3380  helix-turn-helix domain-containing protein  49.4 
 
 		 288 aa  87.4  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3379  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.57 
 
 		 285 aa  86.3  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2765  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0588178  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2858  transcriptional regulator, AraC family  23.46 
 
 		 270 aa  80.9  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141433  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2672  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 270 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2046  transcriptional regulator, AraC family  36.99 
 
 		 287 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.344929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2746  transcriptional regulator, AraC family  23.86 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.902284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 519 aa  73.9  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  32 
 
 		 530 aa  67.8  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 440 aa  67.4  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5369  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 288 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.239018 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 143 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 368 aa  65.9  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  31.68 
 
 		 242 aa  65.1  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1485  helix-turn-helix domain-containing protein  32.5 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.232503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 411 aa  64.7  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  23.31 
 
 		 270 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 287 aa  64.3  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 345 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  31.25 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 270 aa  63.5  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0893  putative HTH-type regulatory protein, AraC family  23.49 
 
 		 284 aa  63.2  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.364356  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0827  AraC family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000316121  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  23.51 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  31.31 
 
 		 257 aa  62.4  0.000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 334 aa  62.4  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  32.65 
 
 		 250 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1597  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 310 aa  62  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  27.72 
 
 		 326 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 196 aa  61.6  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 259 aa  62  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 409 aa  60.8  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  31.63 
 
 		 250 aa  60.8  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.17 
 
 		 289 aa  61.2  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  34.72 
 
 		 427 aa  61.2  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 409 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 295 aa  60.5  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 409 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 409 aa  60.1  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 409 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 318 aa  60.1  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 346 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 409 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  27.14 
 
 		 265 aa  59.7  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  31.36 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 311 aa  59.7  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  33 
 
 		 308 aa  59.3  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 294 aa  59.3  0.00000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  27.89 
 
 		 284 aa  58.9  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 240 aa  58.9  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 		 268 aa  58.9  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 285 aa  58.5  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2888  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 286 aa  58.9  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0357518  hitchhiker  0.0034345 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 344 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  31 
 
 		 126 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  30.5 
 
 		 287 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4910  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 388 aa  58.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.45379  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1584  two component AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 259 aa  58.5  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 287 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  22.01 
 
 		 294 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 287 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 129 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1772  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 281 aa  57.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  30.5 
 
 		 287 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  34.74 
 
 		 292 aa  57.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  25.76 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>