More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1172 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 201 aa  415  9.999999999999999e-116  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0372  30S ribosomal protein S4  78.61 
 
 		 201 aa  340  8e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05845  30S ribosomal protein S4  79.1 
 
 		 201 aa  336  1.9999999999999998e-91  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.16626  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  67.33 
 
 		 201 aa  288  5.0000000000000004e-77  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  66.83 
 
 		 202 aa  284  5e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4369  ribosomal protein S4  64.85 
 
 		 201 aa  274  6e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.663068  normal  0.672175 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1641  ribosomal protein S4  58.71 
 
 		 201 aa  266  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5761  ribosomal protein S4  62.87 
 
 		 201 aa  265  2.9999999999999995e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3137  30S ribosomal protein S4  60.89 
 
 		 201 aa  265  4e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0424686  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  61.69 
 
 		 200 aa  258  4e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0171  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.4 
 
 		 200 aa  253  1.0000000000000001e-66  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.295675 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1391  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.89 
 
 		 201 aa  240  1e-62  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  51.24 
 
 		 200 aa  218  5e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  51.74 
 
 		 200 aa  213  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  50.95 
 
 		 208 aa  213  9.999999999999999e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 206 aa  208  4e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 206 aa  205  4e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  54.68 
 
 		 201 aa  204  6e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  50.49 
 
 		 203 aa  203  1e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  54.41 
 
 		 202 aa  202  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  51.43 
 
 		 208 aa  202  2e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 206 aa  203  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0445  SSU ribosomal protein S4P  54.81 
 
 		 206 aa  202  3e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.189793  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0456  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 208 aa  202  4e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.189833  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 206 aa  201  5e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  52.4 
 
 		 207 aa  201  6e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0517  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 208 aa  201  7e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 203 aa  201  7e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  51.92 
 
 		 206 aa  201  7e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  51.18 
 
 		 207 aa  200  9e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  52.71 
 
 		 201 aa  200  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  52.71 
 
 		 201 aa  200  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  52.71 
 
 		 201 aa  200  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  51.23 
 
 		 202 aa  200  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  48.53 
 
 		 203 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 203 aa  199  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  49.02 
 
 		 203 aa  199  3e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 206 aa  198  5e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0437  ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 203 aa  198  5e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000069036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  51.2 
 
 		 206 aa  198  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  49.02 
 
 		 203 aa  198  6e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 206 aa  197  9e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 206 aa  197  9e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  46.19 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0834  ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 207 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2301  ribosomal protein S4  50.95 
 
 		 208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0792347  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  51.18 
 
 		 207 aa  196  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 206 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0318  ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 206 aa  196  3e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.665336  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  47.76 
 
 		 200 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  47.26 
 
 		 200 aa  194  6e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  47.26 
 
 		 200 aa  194  6e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  47.26 
 
 		 200 aa  194  6e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  47.26 
 
 		 200 aa  194  6e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  47.26 
 
 		 200 aa  194  6e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  47.26 
 
 		 200 aa  194  6e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  48.53 
 
 		 203 aa  194  6e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2607  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 207 aa  194  7e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3751  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 207 aa  194  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379241  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  47.26 
 
 		 200 aa  194  7e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3144  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 207 aa  194  7e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.171557  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3503  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 207 aa  194  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1949  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 207 aa  194  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3721  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 207 aa  194  7e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.471129  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  194  8.000000000000001e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 209 aa  194  8.000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 207 aa  193  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3779  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 207 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  192  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0344  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  192  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.311272  decreased coverage  0.0000419462 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  47.26 
 
 		 200 aa  193  2e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3472  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  193  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 207 aa  193  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  192  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0779  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 209 aa  192  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0600575 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5046  30S ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 207 aa  192  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 207 aa  193  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0482  SSU ribosomal protein S4P  48.56 
 
 		 206 aa  192  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  192  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  48.04 
 
 		 203 aa  193  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  192  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 207 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 208 aa  192  3e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0500  30S ribosomal protein S4  49.53 
 
 		 207 aa  192  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1435  30S ribosomal protein S4  50.74 
 
 		 201 aa  192  4e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>