More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0437 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  100 
 
 		 326 aa  685    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  78.7 
 
 		 337 aa  554  1e-157  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  59.63 
 
 		 324 aa  424  1e-118  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  59.13 
 
 		 327 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  57.76 
 
 		 324 aa  413  1e-114  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  57.19 
 
 		 351 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  49.23 
 
 		 326 aa  351  8e-96  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  38.18 
 
 		 336 aa  229  6e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  36.51 
 
 		 330 aa  203  3e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.54 
 
 		 327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.47 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  33.96 
 
 		 323 aa  189  7e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  34.34 
 
 		 339 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.99 
 
 		 334 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  30.87 
 
 		 323 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 323 aa  159  9e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.06 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  31.33 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.43 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.43 
 
 		 327 aa  149  5e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  29.53 
 
 		 324 aa  139  6e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.31 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.31 
 
 		 352 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  26.01 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  34.42 
 
 		 229 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.8 
 
 		 330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.48 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.74 
 
 		 333 aa  114  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  28.31 
 
 		 332 aa  113  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.84 
 
 		 333 aa  112  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.28 
 
 		 321 aa  112  9e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.3 
 
 		 326 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.59 
 
 		 347 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  28.47 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.78 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.48 
 
 		 323 aa  109  6e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  27.85 
 
 		 349 aa  108  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  27.97 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  26.01 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.77 
 
 		 351 aa  108  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.1 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.29 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  25.26 
 
 		 334 aa  102  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.33 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  25.8 
 
 		 326 aa  99  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  26.42 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  25.71 
 
 		 336 aa  99  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.78 
 
 		 322 aa  98.6  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  28.47 
 
 		 350 aa  99  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.53 
 
 		 312 aa  97.4  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  32.18 
 
 		 326 aa  92  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.74 
 
 		 336 aa  91.7  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  26.41 
 
 		 322 aa  90.9  3e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  26.78 
 
 		 322 aa  90.1  5e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  27.04 
 
 		 313 aa  89.7  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.33 
 
 		 324 aa  89.4  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  26.18 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  26.42 
 
 		 313 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  24.85 
 
 		 335 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  25.77 
 
 		 331 aa  87.4  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.19 
 
 		 333 aa  86.7  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4566  transcriptional regulator protein-like protein  23.77 
 
 		 360 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.439608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.27 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.46 
 
 		 320 aa  79.3  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.48 
 
 		 313 aa  77.8  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.64 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2910  transcriptional regulator  24.42 
 
 		 359 aa  77  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.246584 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4015  transcriptional regulator protein-like protein  22.26 
 
 		 512 aa  76.3  0.0000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.99 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21970  predicted transcriptional regulator  25.51 
 
 		 326 aa  76.3  0.0000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.375543 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  29.36 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.12 
 
 		 317 aa  75.9  0.0000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  22.12 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  26.01 
 
 		 342 aa  73.2  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  23.56 
 
 		 351 aa  72.8  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.52 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1468  transcriptional regulator-like protein  23.34 
 
 		 341 aa  72  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.125958  normal  0.997916 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4751  transcriptional regulator-like protein  24.78 
 
 		 345 aa  72  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0885788  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 322 aa  72.4  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 318 aa  72.4  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.91 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 322 aa  71.6  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  23.33 
 
 		 329 aa  71.6  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  24.86 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.09 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.41 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  24.53 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  28.09 
 
 		 323 aa  69.7  0.00000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25 
 
 		 324 aa  69.7  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.44 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  29.52 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1880  hypothetical protein  24.04 
 
 		 344 aa  69.3  0.00000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2368  hypothetical protein  25.54 
 
 		 340 aa  68.6  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2885  transcriptional regulator protein-like protein  29.5 
 
 		 329 aa  68.9  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379735  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  25.15 
 
 		 326 aa  68.9  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 333 aa  68.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4455  hypothetical protein  21.91 
 
 		 317 aa  67.8  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.495976  normal  0.176655 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.67 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>