More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_2534 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 416 aa  848    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  59.81 
 
 		 421 aa  514  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  57.18 
 
 		 421 aa  508  1e-143  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  55.26 
 
 		 434 aa  481  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  54.13 
 
 		 425 aa  456  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  36.78 
 
 		 409 aa  285  8e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  36.2 
 
 		 424 aa  270  2e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  38.54 
 
 		 410 aa  268  2e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  37.88 
 
 		 407 aa  267  2e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  37.53 
 
 		 398 aa  261  2e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  35.52 
 
 		 406 aa  250  3e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  35.82 
 
 		 429 aa  249  5e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  35.84 
 
 		 406 aa  248  1e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  35.19 
 
 		 430 aa  248  1e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  34.61 
 
 		 413 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  35.19 
 
 		 412 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  35.63 
 
 		 430 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  37.08 
 
 		 386 aa  243  6e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  38.07 
 
 		 440 aa  243  7e-63  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  36.84 
 
 		 386 aa  241  1e-62  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  35.37 
 
 		 430 aa  241  2e-62  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  34.77 
 
 		 412 aa  239  8e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  34.77 
 
 		 412 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  34.77 
 
 		 412 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  34.3 
 
 		 420 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  35.63 
 
 		 416 aa  236  6e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  34.87 
 
 		 412 aa  235  8e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  34.06 
 
 		 420 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  34.3 
 
 		 420 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  34.06 
 
 		 420 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  36.95 
 
 		 418 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  35.47 
 
 		 878 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  34.53 
 
 		 412 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 418 aa  232  8.000000000000001e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 		 420 aa  232  9e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  32.75 
 
 		 420 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  32.75 
 
 		 420 aa  231  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  32.75 
 
 		 420 aa  231  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  32.75 
 
 		 420 aa  231  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  32.75 
 
 		 420 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  33 
 
 		 420 aa  231  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  32.75 
 
 		 420 aa  231  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  33 
 
 		 420 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  34.96 
 
 		 417 aa  230  3e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  33.89 
 
 		 417 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  32.94 
 
 		 420 aa  230  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  34.17 
 
 		 416 aa  230  4e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  32.75 
 
 		 420 aa  229  5e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  33.57 
 
 		 420 aa  229  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  35.31 
 
 		 435 aa  229  8e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  32.3 
 
 		 412 aa  229  9e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  34.65 
 
 		 434 aa  228  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  36.19 
 
 		 420 aa  227  2e-58  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  33.57 
 
 		 453 aa  227  3e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 420 aa  227  3e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  35.31 
 
 		 859 aa  225  9e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  35.04 
 
 		 859 aa  225  1e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  33.5 
 
 		 417 aa  225  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  34.8 
 
 		 416 aa  225  1e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  33.83 
 
 		 422 aa  224  3e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  33.75 
 
 		 417 aa  224  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  34.74 
 
 		 417 aa  222  9.999999999999999e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  35.14 
 
 		 423 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  35.73 
 
 		 402 aa  220  3e-56  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  32.58 
 
 		 382 aa  219  6e-56  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  34.89 
 
 		 423 aa  219  7e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 433 aa  218  2e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  33.65 
 
 		 415 aa  217  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  33.58 
 
 		 417 aa  217  4e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 420 aa  216  5.9999999999999996e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 420 aa  216  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2086  diaminopimelate decarboxylase  34.93 
 
 		 447 aa  216  8e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000557843  normal  0.888186 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  33.88 
 
 		 416 aa  215  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  34.48 
 
 		 416 aa  215  9.999999999999999e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 423 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  31.43 
 
 		 445 aa  215  9.999999999999999e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  32.52 
 
 		 447 aa  215  9.999999999999999e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  34.55 
 
 		 417 aa  214  1.9999999999999998e-54  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  35.77 
 
 		 412 aa  214  1.9999999999999998e-54  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  34.48 
 
 		 407 aa  214  1.9999999999999998e-54  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  31.43 
 
 		 420 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  32.67 
 
 		 427 aa  213  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1042  diaminopimelate decarboxylase  34.43 
 
 		 445 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000128402  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  34.07 
 
 		 419 aa  213  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0534  diaminopimelate decarboxylase  34.12 
 
 		 434 aa  211  1e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  33.66 
 
 		 451 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  32.18 
 
 		 427 aa  212  1e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 420 aa  211  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 		 437 aa  211  2e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  32.43 
 
 		 427 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  32.11 
 
 		 416 aa  210  3e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  32.6 
 
 		 420 aa  210  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  32.84 
 
 		 402 aa  210  3e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  33.99 
 
 		 419 aa  210  4e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  33.98 
 
 		 435 aa  210  4e-53  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  32.84 
 
 		 402 aa  210  5e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  33.88 
 
 		 419 aa  210  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  30.95 
 
 		 420 aa  210  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  33 
 
 		 411 aa  209  6e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>