More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0770 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0770  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  613  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0385  LysR family transcriptional regulator  65.02 
 
 		 290 aa  384  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0236  LysR family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 305 aa  367  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.859767 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0940  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 317 aa  179  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1672  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.127951  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  30.71 
 
 		 291 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 299 aa  145  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  32.13 
 
 		 291 aa  145  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01722  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 309 aa  145  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0448  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 306 aa  143  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 290 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3117  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.396466  normal  0.0204094 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.86 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0128  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  30.07 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  32.64 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 303 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 335 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3843  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 348 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  31.16 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  32.12 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3101  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 297 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 312 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3033  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.25 
 
 		 299 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1086  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.869199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.05 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  30.04 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  30.63 
 
 		 291 aa  133  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 303 aa  133  5e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 315 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 344 aa  132  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 305 aa  132  9e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  27.43 
 
 		 309 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  30.51 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  31.63 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3680  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.34 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>