More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4892 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4892  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
188 aa  388  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0623356  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2356  RNA polymerase sigma factor  65.76 
 
 
195 aa  242  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.983663  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2961  RNA polymerase sigma factor  57.47 
 
 
198 aa  214  7e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0346272  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0179  RNA polymerase sigma factor  53.16 
 
 
199 aa  200  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3393  RNA polymerase sigma factor  47.69 
 
 
197 aa  194  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3716  RNA polymerase sigma factor  47.67 
 
 
197 aa  192  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0034  RNA polymerase sigma factor  47.45 
 
 
197 aa  188  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.797187 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2535  RNA polymerase sigma factor  57.38 
 
 
189 aa  187  9e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000915947 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2737  RNA polymerase sigma factor  43.96 
 
 
203 aa  153  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1603  RNA polymerase sigma factor  43.09 
 
 
208 aa  153  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3150  RNA polymerase sigma factor  41.85 
 
 
200 aa  150  8e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.117727  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5514  RNA polymerase sigma factor  45.71 
 
 
198 aa  147  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000443583  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4961  RNA polymerase sigma factor  45.14 
 
 
198 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319566  normal  0.0167527 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7017  RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
202 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00149668  hitchhiker  0.00221068 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0008  RNA polymerase sigma factor  45.14 
 
 
199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310546  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4546  RNA polymerase sigma factor  44.2 
 
 
199 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107247  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5690  RNA polymerase sigma factor  44.2 
 
 
217 aa  143  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000954295  decreased coverage  0.000200848 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5169  RNA polymerase sigma factor  44.2 
 
 
199 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225682  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1016  RNA polymerase sigma factor  41.11 
 
 
196 aa  142  3e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0318  RNA polymerase sigma factor  39.78 
 
 
209 aa  142  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829638  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2703  RNA polymerase sigma factor  47.19 
 
 
202 aa  142  4e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.37559 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2368  RNA polymerase sigma factor  43.43 
 
 
201 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000117265  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2111  RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000159865  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1420  RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000213618  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1140  RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.000000000000156009  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1499  RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
201 aa  125  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000288475  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3172  RNA polymerase sigma factor  42.29 
 
 
201 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000646713  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3285  RNA polymerase sigma factor  42.29 
 
 
201 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000025139  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3097  ECF family RNA polymerase sigma factor  31.67 
 
 
193 aa  96.3  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.84 
 
 
220 aa  88.6  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07625  RNA polymerase sigma-70 factor  28.73 
 
 
183 aa  82.4  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  25 
 
 
236 aa  72.8  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3622  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.65 
 
 
218 aa  69.3  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0119319 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  29.17 
 
 
223 aa  67.4  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  30.25 
 
 
226 aa  67.4  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  24.58 
 
 
237 aa  66.2  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.65 
 
 
243 aa  66.2  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.09 
 
 
243 aa  65.1  0.0000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  29.44 
 
 
239 aa  64.7  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0335  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.11 
 
 
227 aa  64.7  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0236127  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  27.54 
 
 
229 aa  63.2  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  30.82 
 
 
244 aa  63.5  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.87 
 
 
200 aa  62.8  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.97 
 
 
259 aa  62.8  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  26.7 
 
 
230 aa  62.4  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  29.12 
 
 
241 aa  61.2  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  30.11 
 
 
228 aa  61.2  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  30.11 
 
 
228 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21550  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.61 
 
 
203 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.65 
 
 
219 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  29.48 
 
 
229 aa  59.3  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  28.89 
 
 
239 aa  58.9  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1834  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.93 
 
 
203 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4668  RNA polymerase sigma factor  25.73 
 
 
203 aa  58.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.488765  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.38 
 
 
185 aa  58.2  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4377  RNA polymerase sigma factor  25.73 
 
 
203 aa  58.2  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3933  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.23 
 
 
214 aa  57.8  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.622801  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.26 
 
 
185 aa  57.8  0.00000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  27.12 
 
 
203 aa  57.8  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.95 
 
 
225 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  25 
 
 
183 aa  56.2  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.68 
 
 
292 aa  55.8  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  25.73 
 
 
203 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.68 
 
 
288 aa  55.8  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.81 
 
 
201 aa  55.8  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4055  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.58 
 
 
172 aa  55.5  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  27.68 
 
 
285 aa  55.5  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.82 
 
 
222 aa  55.1  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1546  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.38 
 
 
200 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.818865  normal  0.434033 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 
235 aa  54.7  0.0000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  24.42 
 
 
190 aa  54.3  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1422  sigma-24 (FecI)  27.33 
 
 
203 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.555265 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.48 
 
 
226 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.83 
 
 
192 aa  53.1  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  30.91 
 
 
179 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0703  RNA polymerase sigma factor  26.29 
 
 
185 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.71 
 
 
187 aa  53.9  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.26 
 
 
186 aa  53.1  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7655  RNA polymerase factor sigma-70  28.09 
 
 
333 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1212  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.35 
 
 
192 aa  53.5  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000198211  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0560  RNA polymerase sigma factor  26.29 
 
 
185 aa  53.1  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000134695  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0714  RNA polymerase sigma factor  25.71 
 
 
185 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000248853  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0529  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.32 
 
 
322 aa  52.4  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.954503 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5300  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.34 
 
 
351 aa  52.4  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6011  RNA polymerase sigma factor  30.49 
 
 
179 aa  52  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784268  normal  0.0725494 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0222  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.04 
 
 
183 aa  52  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.805542  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1195  RNA polymerase sigma-24 factor  28.1 
 
 
208 aa  52  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.336736  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3056  RNA polymerase sigma factor  24.26 
 
 
203 aa  51.6  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331913  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.72 
 
 
193 aa  51.6  0.000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0682  RNA polymerase sigma factor  25.14 
 
 
185 aa  51.6  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000230027  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2867  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.98 
 
 
167 aa  51.6  0.000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.208215 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  28.25 
 
 
234 aa  51.2  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0385  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.04 
 
 
362 aa  51.2  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4656  RNA polymerase sigma factor  25.71 
 
 
185 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000655205  unclonable  5.72344e-26 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.81 
 
 
192 aa  50.4  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4403  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.86 
 
 
192 aa  50.8  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0790596  normal  0.211953 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  27.53 
 
 
230 aa  50.8  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0519  RNA polymerase factor sigma-70  26.62 
 
 
330 aa  49.7  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.503783  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3681  RNA polymerase sigma factor  24.26 
 
 
207 aa  50.1  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.911534  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.26 
 
 
222 aa  50.1  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>