More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4738 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4738  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 539 aa  1086    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256457  normal  0.674597 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3499  AMP-dependent synthetase and ligase  29.24 
 
 		 715 aa  167  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0487317 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4204  AMP-dependent synthetase and ligase  28.26 
 
 		 541 aa  158  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3976  AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 		 546 aa  159  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  29.84 
 
 		 528 aa  153  8.999999999999999e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2729  acyl-CoA synthetase  29.08 
 
 		 559 aa  152  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.181341  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2717  AMP-dependent synthetase and ligase  29.73 
 
 		 544 aa  151  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10561  acyl-CoA synthetase  27.98 
 
 		 571 aa  144  4e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0256349 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0015  acyl-CoA synthetase  26.99 
 
 		 547 aa  143  9e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 		 512 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  26.95 
 
 		 531 aa  141  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  29.43 
 
 		 520 aa  139  8.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  26.6 
 
 		 521 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0733  acyl-CoA synthetase  26.98 
 
 		 532 aa  137  4e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.747882  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0739  acyl-CoA synthetase  26.98 
 
 		 532 aa  137  4e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0753  acyl-CoA synthetase  26.98 
 
 		 532 aa  137  4e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.627426  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  27.27 
 
 		 526 aa  137  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  27.08 
 
 		 502 aa  137  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0953  acyl-CoA synthetase  26.68 
 
 		 532 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  28.4 
 
 		 529 aa  135  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  27.54 
 
 		 517 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  25.96 
 
 		 521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  30.94 
 
 		 516 aa  134  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  28.47 
 
 		 525 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  27.58 
 
 		 534 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  27.74 
 
 		 553 aa  131  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  27.95 
 
 		 520 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  27.66 
 
 		 523 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4107  AMP-dependent synthetase and ligase  27.1 
 
 		 519 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.102419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  29.52 
 
 		 519 aa  127  7e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0282  AMP-dependent synthetase and ligase  29.11 
 
 		 492 aa  126  8.000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.376129  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.58 
 
 		 509 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1189  AMP-dependent synthetase and ligase  29.66 
 
 		 548 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  26.71 
 
 		 515 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  27.38 
 
 		 520 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  27.07 
 
 		 508 aa  124  4e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  29.44 
 
 		 536 aa  124  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  30.19 
 
 		 534 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3648  AMP-dependent synthetase and ligase  26.97 
 
 		 519 aa  122  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  26.85 
 
 		 514 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1195  AMP-dependent synthetase and ligase  29.41 
 
 		 544 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  30.92 
 
 		 517 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6823  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase I  25.64 
 
 		 492 aa  120  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  27.17 
 
 		 517 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  28.53 
 
 		 517 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  28.53 
 
 		 517 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  25.81 
 
 		 517 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  28.84 
 
 		 545 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1196  AMP-dependent synthetase and ligase  27.98 
 
 		 515 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  25.22 
 
 		 549 aa  117  3.9999999999999997e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  25.45 
 
 		 518 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  26.04 
 
 		 520 aa  117  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  29.34 
 
 		 525 aa  117  5e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0582  AMP-binding domain protein  27.78 
 
 		 587 aa  117  7.999999999999999e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.44238  normal  0.647319 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  27.1 
 
 		 561 aa  116  8.999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  28.53 
 
 		 517 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  28.8 
 
 		 519 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  27.63 
 
 		 536 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  27.03 
 
 		 514 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2665  AMP-dependent synthetase and ligase  29.7 
 
 		 521 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.535194  decreased coverage  0.0000509999 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  25.83 
 
 		 516 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 518 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  27.32 
 
 		 505 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0350  acyl-CoA synthetase  28.1 
 
 		 574 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0361  acyl-CoA synthetase  28.1 
 
 		 577 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.171367  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0371  acyl-CoA synthetase  28.1 
 
 		 577 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0428  AMP-dependent synthetase and ligase  29.05 
 
 		 579 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0627658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  28.22 
 
 		 520 aa  114  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  28.7 
 
 		 551 aa  114  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  24.78 
 
 		 556 aa  114  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2126  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.45 
 
 		 546 aa  114  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0597043  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  25 
 
 		 549 aa  113  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  30.34 
 
 		 471 aa  113  8.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.459237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  25.21 
 
 		 545 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  27.14 
 
 		 517 aa  113  9e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  26.53 
 
 		 503 aa  113  9e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0413  AMP-dependent synthetase and ligase  28.72 
 
 		 579 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496898 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  25.67 
 
 		 662 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0119  AMP-dependent synthetase and ligase  30.5 
 
 		 506 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.976048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4229  AMP-dependent synthetase and ligase  32.73 
 
 		 512 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0397  acyl-CoA synthetase  28.14 
 
 		 564 aa  113  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.835434  normal  0.950858 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2482  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 559 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  25.15 
 
 		 519 aa  112  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  25.66 
 
 		 521 aa  112  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6078  AMP-dependent synthetase and ligase  26.92 
 
 		 553 aa  112  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0490  AMP-dependent synthetase and ligase  26.06 
 
 		 512 aa  111  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  25.11 
 
 		 537 aa  111  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2746  putative long chain fatty acid CoA ligase  25.14 
 
 		 543 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  30.24 
 
 		 515 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4068  acyl-CoA synthetase  24.49 
 
 		 579 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0302705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5528  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.2 
 
 		 509 aa  111  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  27.33 
 
 		 584 aa  110  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  30.62 
 
 		 524 aa  110  5e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  24.76 
 
 		 525 aa  110  5e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  25.25 
 
 		 525 aa  110  5e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  28.9 
 
 		 521 aa  110  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22610  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  27.25 
 
 		 548 aa  110  6e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4305  AMP-dependent synthetase and ligase  28.99 
 
 		 467 aa  110  6e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.315541  normal  0.51495 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0355  putative AMP-dependent synthetase and ligase  25.05 
 
 		 559 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000476101  hitchhiker  0.000011609 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  26 
 
 		 509 aa  110  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>